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AJACS10/thecla の変更点


「文献検索にまつわる各種ツールの使いこなし術」

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[[AJACS湘南2>AJACS10]] > 「文献情報を効率的に活用する」
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*なぜ文献の検索をするのか [#e9b46c57]
-今までに何がわかっているのか知る
--すでに知られていることをやっても意味がないのだ(新規性)
--今までにやられていることを前提に自分の研究を進める

*文献検索の実際 [#n594cead]
**文献を読むってどういうこと? [#e4816254]
-目的の文献(などのリソース)を探し出す
-目的の文献(などのリソース)に何が書いてあるか理解する(あるいは、そのための整理をする)
**文献を読むまでの流れ [#y38172c7]
--あとでやる
--みんな知っていたら飛ばす
-[前提] 研究の世界で文献、というと学術雑誌に載っている学術論文のことです
-パターン1:各雑誌社のサイトに行く → 論文を見つける → PDF落としてくる → 画面で読むとか印刷して読むとか
--雑誌の例
---nature http://www.nature.com/nature/
---science http://www.sciencemag.org/
---パスワードがかかっているものもある(学術機関内は不要の場合も多い)
-パターン2:学術雑誌リストからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)
-パターン3:学術論文データベースからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)

**PubMed http://pubmed.gov/ [#j092d16e]
--泣く子も黙るライフサイエンス系学術論文検索の総本山
--[ナニコレ] NIHの下の図書館部門NLM (National Library of Medicine:[[場所:http://maps.google.co.jp/maps?f=q&source=s_q&hl=ja&geocode=&q=U.S.+National+Library+of+Medicine,+8600+Rockville+Pike,+Bethesda,+MD+20894&sll=36.5626,136.362305&sspn=43.597785,76.640625&ie=UTF8&ll=38.995215,-77.096577&spn=5.335735,9.580078&z=7]])の提供するライフサイエンス系学術論文データベース検索サイト
--http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed からもアクセスできる(というか、こちらが本来のもの)

-【演習】スペイン風邪でのインフルエンザウイルス(A型)のゲノム決定論文を探してみよう
--1918年にはやった。H1N1型(今回のと同じ)。
++http://pubmed.gov/ にアクセス
++検索窓に influenza と入れてGoをクリック&br;
---「Items of」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数
++A型だけで絞り込み検索。「"influenza A"」で検索する&br;
次第に絞り込まれ数が減少していく
++さらに「1918」をキーワードに加えて絞り込む
++さらにgenome を追加&br;
これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。
++[[こいつ:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16208372]]
++ → この先、実際に雑誌社のサイトに行って、PDFを落として読んだりする

-【トリビア】PubMedには全部で何件の論文が登録されているでしょう。
--→「All[Filter]」で検索してみる。
#fold(←こたえはここをクリック,およそ1900万件。正確には、18856879件[5/14現在])
-【トリビア】一番、古いものは?
--→「All[Filter]」で検索した後、「Sort by」を「Pub Date」にして、最後のページにアクセス
#fold{{{
←こたえはここをクリック
1865年[5/14現在]&br;
元々は、1950年代からの論文をカバーしていたのですが、最近は、さらにさかのぼって古いのも入れるようになっています。
}}}

-人名からの検索
--基本:苗字+イニシャル … Nakazato T
--応用:フルネームで(ただし、2003年くらい以降。とりこぼしあり)… Nakazato, Takeru(苗字+コンマ+スペース+名前)
-【演習】(人名からの検索)山中伸弥 京大教授のiPS細胞の論文を検索してみよう
--ヒント:2006年 Cell(雑誌)に掲載
++http://pubmed.gov/ にアクセス
++Yamanaka, Shinya と入力
++探してみる
--【さらに】自分の先生の名前などで検索してみよう
--【参考】「09.04/13 秋篠宮文仁殿下が本学部博物館をご見学になりました」([[情報元:http://www.brs.nihon-u.ac.jp/news_contents/news/20090413/aki_news.html]])とのことなので、秋篠宮文仁殿下の論文を検索してみよう
---皇室の方の名前は特殊なので、「Akishinonomiya, Fumihito」でなくて「Fumihito, Akishinonomiya」です(姓と名が逆)。その理由は、、、[[ここ:http://blog.dbcls.jp/portal/20081227.html]]
---これで出てきたものだけが結果ではないです(フルネームでひけない古いものがあるが、Fumihito Aでひくとノイズが混じる)

-【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。
--たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
--First Author や Last Author でも絞り込みが可能

-MeSH  (Medial Subject Headings)
--遺伝子や病気、生物種などは、名前がたくさんあるので、キーワードに対応づけて、そのキーワードのついている文献も検索されるようになっている。
--そのキーワードが「MeSH」。メタデータ、タグと理解してもよい
--実際にどのようなキーワードに展開されて検索されているかは「Datails」タブをクリックするとわかる&br;
--どんなMeSHがついているかは、DisplayのSummaryやAbstractPlusのところをCitationにすると見える(ただし、新しい論文にはまだついていない。いずれつく)
--そのキーワードを使って検索するには、「AND キーワード[MeSH Terms]」と付け加える

//++「History」タブをクリックすると、今までの検索ワードとヒット件数が一覧表示される。

-【小技】FireFoxの場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

-【応用】: RSS feedを使って、定点観測するには
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20070920.html ([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://www.youtube.com/watch?v=5K8-xnkcClo ) を参照
--「Send to」のタブから「RSS feed」を選択すると、データが更新されたときに自動的に通知してくれます。

**PubMed Central http://pubmedcentral.gov/ [#a814ca24]
-PubMedはアブストラクト(要約)のみ。フルテキストを収載。
-とりあえずPubMedで検索してみる。PMC収載のものは、リンクがある

**Google scholar http://scholar.google.com/ [#r2f2ad47]
-世の中のGoogleが取得できる(パスワードなど要求されない)論文を集めて検索できるようにしたサイト
-メリット
--その論文を引用している論文も見ることができる(図書館では有料でそういったサービスを買っていたりもする)

**大学の図書館サイト [#t3b55eea]
-雑誌や号がわかっている場合は、そこからアクセス
--参考:[[日本大学生物資源科学部図書館 契約電子ジャーナル:http://hp.brs.nihon-u.ac.jp/~tosyo/e-journal.html]]


**蛋白質核酸酵素検索 http://lifesciencedb.jp/pne/ [#e291341e]
-ライフサイエンス系総説雑誌。日本語リソースが検索できる。すごい!

**NACSIS WebCat http://webcat.nii.ac.jp/ [#d5498d79]
-DBCLSの兄貴分にあたるNII(国立情報学研究所)がやっている大学などの図書館の収載書籍/雑誌の横断検索
-自分の図書館が契約していないものや、PDF化されていない昔のものは、とりよせるとか、自分が図書館に出向くとか
-で、どの図書館に冊子体があるか、を検索できる

**口コミ [#f6d15c36]
-論文を紹介しているブログをウォッチする
-オンラインブックマーク、twitterなど

*文献を読みこなすために [#uf0db43b]
**WebLSD (Life Science Dictionary)  http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/ [#ke45083b]
-生命科学向け英日対訳辞書(京大薬・金子周司先生 他)
-統合TV:http://togotv.dbcls.jp/20090227.html (オンライン辞書の利用)



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