MotDB


AJACS7/oreno のバックアップの現在との差分(No.7)


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目次

#contents
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*講習用パソコンのログインアカウントについて [#y9376bda]
-アカウントを持っていない方は申し出てください。
-アカウントを持っている方は、ご自分のアカウントを使ってログインしてください

*自己紹介 [#n9b9add5]
- [[河野 信>http://www.dragonsnakers.com/ryu-ja/?%B2%CF%CC%EE%A1%A1%BF%AE]](かわの しん)といいます
-旭川出身
-北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

*参加者アンケート [#v8f29a62]
- おもにMacの人:
- おもにWindowsの人:
- ウェブブラウザはInternet Explorerの人:
- ウェブブラウザはFireFoxの人:
- ウェブブラウザはSafariの人:
- データベースを良く利用する人:
- バイオインフォマティクスを使っている人:
- プログラミングをたしなむ人:
- データベースを構築している人:
- データベースを構築したい人:
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:
- おもにMacの人:10
- おもにWindowsの人:15
- ウェブブラウザはInternet Explorerの人:8
- ウェブブラウザはFireFoxの人:9
- ウェブブラウザはSafariの人:2
- ウェブブラウザはOperaの人:1
- データベースを良く利用する人:8
- バイオインフォマティクスを使っている人:9
//- プログラミングをたしなむ人:
//- データベースを構築している人:
//- データベースを構築したい人:
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:10

* 統合データベースのサービスの概要 [#qd19ae10]
> http://lifesciencedb.jp

-''ポータル''
--[[データベースカタログ>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=1]]
---文字通り「データベースのデータベース」です。&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080508.html を参照//([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=vAcuL1c3nto )
---データベースにメタデータ(≒アノテーション、タグ)を付けて検索をしやすく
---日本国内で作られたものが中心
---DBの形式、対象、生物種、提供機関などで分類されている
//-【課題】: かずさDNA研究所は世界有数の植物関係のゲノム決定機関です。最近、「ミヤコグサ」というマメ科植物のゲノムが決定されました。ミヤコグサのゲノムDBを探しなさい
//-【解答】: 
//&color(white){DB型の「プロジェクト」もしくは対象の「DNA,配列」、生物種の「植物,マメ科」、機関の「かずさDNA研究所」からたどって「Lotus japonicus Genome Sequence Project」のページに至る。もしくは右上、下の検索窓から「ミヤコグサ」で検索する};

--[[生命科学学会・協会検索>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=tool_academy]]
---国内の学協会を検索できます。年会の予定や、学会の規模、会費などを調べられる。
//-【課題】: 分子生物学会の現在の会員数はどれくらいか?会費は?また、年会はいつ、どこで開催されるか?調べなさい

--[[ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=project]]
---省庁毎のプロジェクト一覧。プロジェクトの目的や成果が調べられる。


-''DB検索''
--[[横断検索>http://lifesciencedb.jp/dbsearch/]]
---調べたいことを、いろいろなデータベースを串刺しにして一括検索!&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080603.html を参照//([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=FwQGVejowHE )
---入力キーワードに関連する遺伝子、文献、特許などを一括で検索できる
//---上の方にある「〜向け」を切り替えて、自分の関連分野の情報が上位にくるように設定できます
---左側のタブから項目別の検索結果を表示可能(特許など)
---日本語でも英語でも入力可能([[ライフサイエンス辞書>http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/]]で自動的に翻訳して検索している)
---自動補完(サジェスト機能)付き
---右上の検索窓から検索可能
---ブラウザとしてFire Foxを使っている場合、検索バーに登録することでブラウザの検索窓からも検索することが可能&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080610.html を参照([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=SRfLOiMVdJs )

//-【課題】: 平成19年に「糖尿病」関係で取得された特許は何件あるか?新聞記事にはどのようなものがあるか?

--[[DNAデータベース総覧と検索>http://lifesciencedb.jp/ddbj/]]
---DDBJ/EMBL/GenBank(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080514.html を参照//([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=VysWWfSyqVE )
---「生物種」と「研究の型」の二次元で分類
---データを一括ダウンロード可能

//-【課題】: 「植物」の「EST」プロジェクトの中で最もデータの登録件数が多いものは登録件数が何件か?

--[[遺伝子発現バンク(GEO)目次>http://lifesciencedb.jp/geo/]]
---[[GEO>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/]](Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080623.html を参照
---「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類
---データを一括ダウンロード可能



-''文献検索''
--[[蛋白質核酸酵素 全文検索>http://lifesciencedb.jp/pne/]]
---共立出版より出版されている月刊紙「[[蛋白質核酸酵素>http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/index.html]]」の過去記事を検索・閲覧できます
---3年前より前の''レビュー記事''の閲覧ができます(出版社との契約の関係でダウンロード・印刷はできません)
---増刊号や連載記事などは検索の対象外
---最新の記事についても全文検索を可能にする予定 → 該当する号へリンク

--[[文科省「ゲノム」研究報告書 全文検索>http://lifesciencedb.jp/houkoku/]]
---文部科学省 科学研究費補助金(科研費)の特定領域研究「ゲノム」の研究報告書を検索・閲覧できる

--[[学会要旨統合検索>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=tool_tproc]]
---遺伝学会、進化学会などの年会要旨を検索できる
---年会要旨は冊子なので、検索が難しい。しかも分厚い
---国内の研究動向を調べるのに便利。(どこの大学でどんな研究が行われているか)

--[[新聞記事検索>http://lifesciencedb.jp/mainichi/]]
---毎日新聞に掲載された生命科学系の記事を検索できます&br;

これらの文献検索については、[[横断検索>http://lifesciencedb.jp/dbsearch/]]からまとめて検索できます


-''自然言語処理によるサービス''
--[[OReFiL:an Online Resource Finder for Lifesciences>http://orefil.dbcls.jp/]]
---ライフサイエンス分野の文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20070831.html //([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=gF1wyc9SF8Q ) を参照

//-【課題】: codon usage をアレコレするためのWWWサイトで、報告されているものに、どのようなものがあるだろうか?OReFiLで調べなさい

//-【課題】: primerをアレコレするためのWWWサイトで、報告されているものに、どのようなものがあるだろうか?OReFiLで調べなさい

--[[Allie>http://allie.dbcls.jp/]]
---科学論文で出てくる略語の正式名称を調べることができる&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080522.html ([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=6buUvtFj2zQ ) を参照
---正式名称のほか、使われている数、一緒に出てきやすい略語、その略語が最初に使われた論文も表示される
---もともとは違う言葉なのに同じ略語が使われている場合、どれが優勢か?いつ頃からその略語が使われているのか?なども調べることができる
---使用されている回数や、初めて使われた年などで表示順の並べ替えができる

//-【課題】: 「PCR」の正式名称にはどのようなものがあるか?それらはいつ頃から使われていて、今までどれくらいの回数使われているか?Allieで調べなさい

--遺伝子名シソーラス検索
--遺伝子名ゆらぎ吸収システム 遺伝子・タンパク質名辞書
---同じ遺伝子・タンパク質なのに、研究分野によって違う名前で呼ばれることがよくある
---辞書を作って名前を変換

-''統合ツール''
--[[アナトモグラフィー/BodyParts3D>http://lifesciencedb.jp/ag/]]
---オンライン3D人体地図サービス&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080606.html //([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=vcWtNATsODg ) を参照
---人体の器官のデータベース(かたちと名前の辞書)
---器官のかたちや場所を視覚的に見ることができる
---数字のデータを人体にマッピングすることも可能

--[[Wired Maker>https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/6219]]
---ウェブページに引く「消えないマーカー」
---Fire Foxのアドオンとして利用可能
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080512.html //([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=BGojumQ20Co ) を参照
---引いたマーカーはいつでも再検索可能

-''リソース''
--[[辞書>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=4]]
---統合データベースセンターで提供している辞書、ツールなどをダウンロードできる
--[[生物アイコン>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=resource_icon]]
---生物の写真や絵を発表などで使う場合、著作権関係が問題になったりする場合有り → 再配布可能な写真・絵の提供(クリエイティブコモンズライセンス)
---学名の生物がどんな奴かを調べたり、学名を調べたりもできる

//-【課題】: ネコの学名を調べなさい


-''教育・人材育成''
--[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp]]
---データベースやツールの使い方を動画で解説
//---キーワード検索、カテゴリ別の検索が可能
//---QuickTimeムービー or Flashムービーで閲覧可能
//---2008年6月現在、約80番組
//---[[Videocast>http://togotv.dbcls.jp/videocast/togotv_videocast/togotv_videocast/togotv_videocast.html]]で配信 → iTunesで自動受信できます
//---Youtubeやニコニコ動画からも見れたりする
//---ツッコミを入れたり、メールを送ったりすると喜ばれる
---統合データベースセンターが提供するサービスの解説動画
---統合DBセンターの関係者が行った[[講演の様子>http://togotv.dbcls.jp/?category=presentation]]も配信されています

--[[MotDB (Master of the DataBases)>http://motdb.dbcls.jp]]
---講習会のお知らせや、長浜バイオ大学、お茶の水女子大学、東京大学で実施されている人材養成講義の資料を見ることができます
---長浜バイオ大学での[[アノテーター養成講座テキスト>http://motdb.dbcls.jp/?MotDB%2FNagahama-i-Bio]]
---お茶の水女子大学での[[DB高度利用者養成>http://togodb.sel.is.ocha.ac.jp/pukiwiki/index.php?FrontPage]]
---東京大学での[[DB構築者養成>http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~mkasa/ensemblmirror/index.php?EnsemblMirror]] 超難関です!


-''共通基盤技術''
--[[TogoDB>http://togodb.dbcls.jp/]]
---Excelの表などからもデータベースを作成して公開できる
---サーバの準備や設定が不要
--[[TogoWS>http://togows.dbcls.jp/site/ja/index.html]]
---DDBJ, KEGG, PDBj などのデータベースや解析サービスをウェブを通じて一元的に利用可能にする
---プログラマ向けのサービスです
--[[OpenID>http://openid.dbcls.jp/]]
---ひとつのIDで複数のサイトにログインできるサービス&br;
//統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080507.html ([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://jp.youtube.com/watch?v=WpQ1LjD-F_4 ) を参照
---センターに関連するサービスはこのIDひとつで利用可能(ほとんどのサービスはIDなしで利用できる)


-''統合DB事業''
--統合データベース事業の情報公開・外部評価
--ぜひ「統合データベースプロジェクト」事業成果の評価にご協力下さい!!


-''参画分担機関・補完課題の成果''
--各参画機関の成果を集めたリンク集
--本日はかずさDNA研究所での成果を中村先生に紹介していただく予定です


* 統合データベースを使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術 [#v1bccd73]

** PC操作の基本中の基本 [#j787758e]
:クリック|マウスのボタンを押すこと。左側のボタンを押せば「左クリック」、右側のボタンを押せば「右クリック」
:ダブルクリック|マウスのボタンを2回連続で押すこと
:ドラッグ|マウスのボタンを押したままマウスを動かすこと
:部分選択|選択したい部分で、マウスの左ボタンを押しながらドラッグする
:全選択|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「A」を押す(Macの場合は「Ctrl」の代わりに「command」ボタンを押しながら「A」)
:コピー|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「C」を押す
:ペースト|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「V」を押す

**まずはこのページにたどり着く [#q9564627]
-ウェブブラウザ(Internet Explorer?)を開いて
-- http://motdb.dbcls.jp/?AJACS7 を直接入力
-- もしくは、"AJACS7" で検索
-ページの下の方に講習会のプログラムがあります。タイトルをクリックすると、各講習の資料のページに行けます。

-このページを開いたまま、他のページを開くには
--リンクをクリックするときに「右クリック」でクリックするとメニューが出てきます
--「新しいウインドウで開く」もしくは「新しいタブで開く」を選ぶと、元のページを残したまま新しいページを開けます。

** インターネット検索 [#e418d273]

&size(30){ま、とにかく、まずは「ググれ」};

> http://www.google.co.jp/

*** Google [#lb6a596e]

詳しくは[[AJACS湘南/講習内容/part1]]を。
 
// DBCLS
 Database Center for Life Science
でググると、

- 「日本語のページを検索」 50,900件
- 「ウェブ全体から検索」 2,880,000件
- 「日本語のページを検索」 43,100件
- 「ウェブ全体から検索」 399,000件

- 【演習】上記語句で検索してみましょう
- 【演習】検索窓の右にある「検索オプション」をクリックして絞り込みをかけてみましょう。「フレーズを含む」に上記語句を入力して検索すると、結果はどうなりますか?
- 【演習】「キーワードを含めない」に dbcls と入力して検索すると、結果はどうなりますか?
- 【演習】「ドメイン」に mext.go.jp と入力して検索すると、結果はどうなりますか?
- 【演習】[[Yahoo!JAPAN>http://www.yahoo.co.jp]]の検索エンジンでは何件?

&br;
&br;
&br;


 blast
について調べてみる。

- 【演習】[[google>http://www.google.co.jp/]]に戻って、上記語句で検索してみましょう
- 【演習】「検索オプション」の「filetype」に ppt を指定して検索すると、結果はどうなりますか?

-特殊検索
--下記のページに特殊な検索方法の例が紹介されています。いろいろ使い倒して遊んでみてください。
---http://www.google.co.jp/intl/ja/help/features.html

//*** さまざまなインターネット検索エンジン [#bddb0637]

//- 【演習4】Firefox検索プラグインを利用して'DBCLS'を様々な検索エンジンで検索してみなさい。


*** NCBI Entrez [#j8bb45da]
「NCBIのデータベース」の入り口。

> http://www.ncbi.nih.gov/ 


- 【演習】NCBI Entrezで'E. coli'を検索してみましょう。
--【小技】FireFoxの場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Entrez search」を検索バーに登録できます

***[[PubMed:http://pubmed.gov]] [#rf958914]

&color(green){泣く子も黙るNational Center for Biotechnology Information (NCBI)提供の学術論文検索の総本山};

>http://pubmed.gov
>http://pubmed.org でも可

-【演習】E. coli O157のゲノム決定論文を探してみよう
++検索窓に E. coli と入れてGoをクリック&br;
---「Items of」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数
++O157 を追加して「E. coli O157」で絞り込み検索する
++さらにgenome を追加して「E. coli O157 genome」で検索する&br;
次第に絞り込まれ数が減少していく
++completeを追加して完全ゲノムの論文を絞り込む。&br;
これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。
++【小技】実際にどのようなタームに展開されて検索されているかは「Datails」タブをクリックするとわかる&br;
「MeSH (Medial Subject Headings)」とはデータベース側で定義されたキーワード(メタデータ=タグ)&br;
「Query Translation」を編集すれば、自分の思い通りの検索ができるが、素人にはお勧めできない。
++【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
//++「History」タブをクリックすると、今までの検索ワードとヒット件数が一覧表示される。


--【小技】FireFoxの場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

-【応用】: RSS feedを使って、定点観測するには
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20070920.html ([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://www.youtube.com/watch?v=5K8-xnkcClo ) を参照
--「Send to」のタブから「RSS feed」を選択すると、データが更新されたときに自動的に通知してくれます。


***Google Scholar[#qcebea80]

&color(green){学術系のgoogle検索};

> http://scholar.google.com

学術専門誌、論文、書籍、要約など、さまざまな分野の学術資料を検索。ISIと契約するお金がなくても、論文引用数の概数を知ることは可能。たとえば、Kawano, S. さんの発表論文や講演要旨をさがしてみよう。

 author:s-kawano

s kawano さん、多すぎです。以前の所属である Kyoto university を追加してみよう。

 author:s-kawano Kyoto university

-【課題】: s-kawano さんが、京都大学で発表した論文のなかで、いちばん引用されてるのはどれだろうか。

//-【課題】: あなたの知り合いの先生の論文で一番引用されているのはどれだろうか。たとえば、どんな論文からそれが引用されているだろうか。

//-【課題】: BLAST ( basic local alignment search tool ) の初出論文を引用している論文数は膨大なモノだと考えられるが、その数を調はどのくらいか?
//-【解答】:
&color(white){basic local alignment search tool で検索し、引用元を確認};&br;
文献管理ソフトであるBibTeXやEndnoteに取り込むためのファイルダウンロードが可能。see. 検索設定

***書籍検索 [#p25f6e54]
> http://books.google.com

-本の一部を読むこともできる。
-【課題】: 「実験法」で検索するとどのような本がヒットするか?

***特許検索 [#p25f6e54]
> http://www.google.com/patents

-残念ながら日本語入力不可 → 日本の特許は[[統合ページから>http://lifesciencedb.jp]]

*EMBOSS [#xd96cb0f]
-統合データベースセンターによるミラー 
> http://emboss.dbcls.jp

-配列解析のツール集
--ここには151個のツールがあった
-こっそり公開中(日本語化の途中)
 wossname
というプログラムでEMBOSSにあるプログラムが検索可能
-【課題】: 「翻訳」で検索するとどのようなツールがヒットするか?
-【課題】: 以下の配列を翻訳してみましょう
 TACGAGAGCTGGGAGTGCGCCAAC

このほかにも本当にいろいろなツールがあるのでぜひ使い倒してみてください

*研究を円滑に?進めるための情報共有ツール [#c21d717b]
** ローカルで(or 共同研究者と)のファイルのやり取り [#sb2245ca]
- Wiki
--ブラウザから書き込める掲示板。アクセスコントロールすることで、特定の人だけが使えるようにできる。

- IP Messenger
--LAN用メッセージングソフト。要するに研究室内の他の人にファイルを送るためのソフト。
--http://www.ipmsg.org/

//- 【演習5】講師の坊農がファイルを皆さんにこのツールを使ってお送りします。そのファイルを開いてみよ。
//-- 開けない?開けるアプリケーションがわからない?そういうときは!

//教訓:
//&size(30){ウェブブラウザ最強};

- Skype, AIM/iChat
--アカウントを取る必要がありますが、LAN以外の共同研究者とメッセージやファイルををやりとりしたりできます。
:skype|http://www.skype.com/intl/ja/
:AIM|http://www.jp.aol.com/aim/index.html

- Google Docs
--オンライン上で文章を共有できます
--http://docs.google.com/


**情報収集 [#w0d45516]
- RSSリーダー
--RSSに対応しているページを登録しておくと、ウェブを定期的に巡回して最新の情報を集めてくれる
--FireFoxやSafariだとブラウザに登録できる
--ウェブ上に登録することもできる
---例えば、はてなRSS http://r.hatena.ne.jp/taro-2_0

-Twitter
--日常の些細なことをつぶやく。質問をぼそっとつぶやくと、誰かが答えてくれることも?
--http://twitter.com

-統合グルメ
--[[DBCLS周辺の食堂情報>http://maps.google.co.jp/maps/ms?ie=UTF8&hl=ja&msa=0&msid=100111965287596124519.0004360f70d8da64b638b&ll=35.715908,139.765395&spn=0.007631,0.010793&z=17]]