MotDB


AJACS7/oreno のバックアップソース(No.3)

[[AJACS7]]へもどる

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目次

#contents
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*講習用パソコンのログインアカウントについて [#y9376bda]
-アカウントを持っていない方は申し出てください。
-アカウントを持っている方は、ご自分のアカウントを使ってログインしてください

*自己紹介 [#n9b9add5]
- [[河野 信>http://www.dragonsnakers.com/ryu-ja/?%B2%CF%CC%EE%A1%A1%BF%AE]](かわの しん)といいます
-旭川出身
-北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

*参加者アンケート [#v8f29a62]
- おもにMacの人:
- おもにWindowsの人:
- ウェブブラウザはInternet Explorerの人:
- ウェブブラウザはFireFoxの人:
- ウェブブラウザはSafariの人:
//- データベースを良く利用する人:
//- バイオインフォマティクスを使っている人:
//- プログラミングをたしなむ人:
//- データベースを構築している人:
//- データベースを構築したい人:
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:


* 統合データベースを使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術 [#v1bccd73]

** PC操作の基本中の基本 [#j787758e]
:クリック|マウスのボタンを押すこと。左側のボタンを押せば「左クリック」、右側のボタンを押せば「右クリック」
:ダブルクリック|マウスのボタンを2回連続で押すこと
:ドラッグ|マウスのボタンを押したままマウスを動かすこと
:部分選択|選択したい部分で、マウスの左ボタンを押しながらドラッグする
:全選択|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「A」を押す(Macの場合は「Ctrl」の代わりに「command」ボタンを押しながら「A」)
:コピー|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「C」を押す
:ペースト|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「V」を押す

**まずはこのページにたどり着く [#q9564627]
-ウェブブラウザ(Internet Explorer?)を開いて
-- http://motdb.dbcls.jp/?AJACS7 を直接入力
-- もしくは、"AJACS7" で検索
-ページの下の方に講習会のプログラムがあります。タイトルをクリックすると、各講習の資料のページに行けます。

-このページを開いたまま、他のページを開くには
--リンクをクリックするときに「右クリック」でクリックするとメニューが出てきます
--「新しいウインドウで開く」もしくは「新しいタブで開く」を選ぶと、元のページを残したまま新しいページを開けます。

** インターネット検索 [#e418d273]

&size(30){ま、とにかく、まずは「ググれ」};

> http://www.google.co.jp/

*** Google [#lb6a596e]

詳しくは[[AJACS湘南/講習内容/part1]]を。
 
// DBCLS
 Database Center for Life Science
でググると、

- 「日本語のページを検索」 50,900件
- 「ウェブ全体から検索」 2,880,000件

- 【演習】上記語句で検索してみましょう
- 【演習】検索窓の右にある「検索オプション」をクリックして絞り込みをかけてみましょう。「フレーズを含む」に上記語句を入力して検索すると、結果はどうなりますか?
- 【演習】「キーワードを含めない」に dbcls と入力して検索すると、結果はどうなりますか?
- 【演習】[[Yahoo!JAPAN>http://www.yahoo.co.jp]]の検索エンジンでは何件?

&br;
&br;
&br;


 blast
について調べてみる。

- 【演習】[[google>http://www.google.co.jp/]]に戻って、上記語句で検索してみましょう
- 【演習】「検索オプション」の「filetype」に ppt を指定して検索すると、結果はどうなりますか?

-特殊検索
--下記のページに特殊な検索方法の例が紹介されています。いろいろ使い倒して遊んでみてください。
---http://www.google.co.jp/intl/ja/help/features.html

**[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp]] [#j0671116]
-データベースやツールの使い方を動画で解説
-http://togotv.dbcls.jp
--キーワード検索、カテゴリ別の検索が可能
--QuickTimeムービー or Flashムービーで閲覧可能
--2008年10月現在、約100番組
--[[ライフサイエンス統合データベースプロジェクト>http://lifesciencedb.jp]]で提供するサービスの説明動画もあります
--[[Videocast>http://togotv.dbcls.jp/videocast/togotv_videocast/togotv_videocast/togotv_videocast.html]]で配信 → iTunesで自動受信できます
--[[Youtube>http://jp.youtube.com/profile_videos?user=togotv]]や[[ニコニコ動画>http://www.nicovideo.jp/myvideo]]からも見れたりする
--ツッコミを入れたり、メールを送ったりすると喜ばれる
-統合DBセンターの関係者が行った[[講演の様子>http://togotv.dbcls.jp/?category=presentation]]も配信されています


- 【演習】「番組を検索する」に blast と入力して検索してみましょう

- 【演習】統合TVのトップページに戻って、「番組カテゴリから探す」の「発現情報をクリックしてみましょう」


//*** さまざまなインターネット検索エンジン [#bddb0637]

//- 【演習4】Firefox検索プラグインを利用して'DBCLS'を様々な検索エンジンで検索してみなさい。


* NCBI Entrez [#j8bb45da]
「NCBIのデータベース」の入り口。

> http://www.ncbi.nih.gov/ 


- 【演習】NCBI Entrezで'E. coli'を検索してみましょう。
--【小技】FireFoxの場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Entrez search」を検索バーに登録できます

*[[PubMed:http://pubmed.gov]] [#rf958914]

&color(green){泣く子も黙るNational Center for Biotechnology Information (NCBI)提供の学術論文検索の総本山};

>Site: http://pubmed.gov (pubmed.org でも可)

-【演習】E. coli O157のゲノム決定論文を探してみよう
++検索窓に E. coli と入れてGoをクリック&br;
---「Items of」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数
++O157 を追加して「E. coli O157」で絞り込み検索する
++さらにgenome を追加して「E. coli O157 genome」で検索する&br;
次第に絞り込まれ数が減少していく
++completeを追加して完全ゲノムの論文を絞り込む。&br;
これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。
++【小技】実際にどのようなタームに展開されて検索されているかは「Datails」タブをクリックするとわかる&br;
「MeSH (Medial Subject Headings)」とはデータベース側で定義されたキーワード(メタデータ=タグ)&br;
「Query Translation」を編集すれば、自分の思い通りの検索ができるが、素人にはお勧めできない。
++【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
//++「History」タブをクリックすると、今までの検索ワードとヒット件数が一覧表示される。


--【小技】FireFoxの場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

-【応用】: RSS feedを使って、定点観測するには
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20070920.html ([[YouTube>http://www.youtube.com]]版: http://www.youtube.com/watch?v=5K8-xnkcClo ) を参照
--「Send to」のタブから「RSS feed」を選択すると、データが更新されたときに自動的に通知してくれます。

*研究を円滑に?進めるための情報共有ツール [#c21d717b]
** ローカルで(or 共同研究者と)のファイルのやり取り [#sb2245ca]
- Wiki
--ブラウザから書き込める掲示板。アクセスコントロールすることで、特定の人だけが使えるようにできる。

- IP Messenger [#zcf7a76a]
--LAN用メッセージングソフト。要するに研究室内の他の人にファイルを送るためのソフト。
--http://www.ipmsg.org/

//- 【演習5】講師の坊農がファイルを皆さんにこのツールを使ってお送りします。そのファイルを開いてみよ。
//-- 開けない?開けるアプリケーションがわからない?そういうときは!

//教訓:
//&size(30){ウェブブラウザ最強};

- Skype, AIM/iChat [#hf107430]
--アカウントを取る必要がありますが、LAN以外の共同研究者とメッセージやファイルををやりとりしたりできます。
:skype|http://www.skype.com/intl/ja/
:AIM|http://www.jp.aol.com/aim/index.html

- Google Docs
--オンライン上で文章を共有できます
--http://docs.google.com/

- RSSリーダー
--RSSに対応しているページを登録しておくと、ウェブを定期的に巡回して最新の情報を集めてくれる
--FireFoxやSafariだとブラウザに登録できる
--ウェブ上に登録することもできる
---例えば、はてなRSS http://r.hatena.ne.jp/taro-2_0

-Twitter
--日常の些細なことをつぶやく。質問をぼそっとつぶやくと、誰かが答えてくれることも?
--http://twitter.com