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AJACS5/yn のバックアップの現在との差分(No.3)


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[[AJACS5]]

'''このページのコンテンツは作成中です。完成品ではありません'''

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目次

#contents
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*Kazusa Annotation Suiteの活用(かずさDNA研・岡本忍、中尾光輝、藤澤貴智、○中村保一) [#i56aa258]

** [[KazusaAnnotation>http://a.kazusa.or.jp/]] [#rf4c8f08]

** [[KazusaAnnotation>http://a.kazusa.or.jp/]] 【http://a.kazusa.or.jp】 [#rf4c8f08]
-ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
-63,471 エントリ 982,521 アノテーション 194,165 タグ (2008年10月18日7時現在) 

-利用例
--最近のエントリ(a.kazusa.or.jp 下部から「最近のエントリ」)
--遺伝子 (a.kazusa.or.jp 下部から「遺伝子」)
--論文(a.kazusa.or.jp 下部から「論文」)

-応用例
--Synechocystis sp. PCC6803の特定の遺伝子に言及したすべての論文を確認する
***【実習1】KazusaAnnotationの利用例 [#te1a8813]
+1. http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%201.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. 酸素発生型光合成細菌の'''Synechocystis'''の光合成系IIの遺伝子psbAのアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis psbA」と入れて「検索」を押します
+3. このように検索結果が表示されます→ http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=Synechocystis+psbA [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%202.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+4. http://www.google.co.jp で sll1867 を検索すると KazusaAnnotation のエントリも検索結果にでてきます→ http://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=sll1867 [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%203.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+5. KazusaAnnotationにもどり sll1867 の赤い字でしめされた「1116 annotations」をクリックするとsll1867遺伝子につけたアノテーション(ブックマーク)が一覧されます。→ http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FSynechocystis%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dsll1867%26iden%3D1 [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%204.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+6. Pubmed ID: のなかから、12228353 をクリックすると、論文の情報が表示されます。そこからPubmedに行くこともできます。→ http://a.kazusa.or.jp/tags/show?name=pmid%3A12228353 [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%205.png&refer=AJACS5%2Fyn]] [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%206.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+7. 右下の Tableview リンクをたたくと、この論文へのアノテーションの一覧がテーブル形式で表示されます。論文中のどこにこの遺伝子名がでてきたかが登録されています→ http://a.kazusa.or.jp/annotation/table?q=tag%3Apmid%3A12228353 [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%207.png&refer=AJACS5%2Fyn]]

-OpenID について
--[[openid.dbcls.jp>http://openid.dbcls.jp]]
***【実習2】遺伝子の検索例:google で以下の遺伝子名/遺伝子IDで検索し、KazusaAnnotationでも検索して上記のように眺めてみましょう [#y0ea02a6]

-以下のように、Synechocystisの特定の遺伝子に言及したすべての論文を確認することができます

-Ljnin:ミヤコグサ根粒(窒素固定バクテリアの共生場所)の形成初期段階で働く転写因子 (for Nodule INception)
-http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fwww.kazusa.or.jp%2Flotus%2Fpredict%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Fdb%3Dclone%26id%3Dchr2.CM0102.390.nc

-Ljenod40:ミヤコグサ根粒形成を増幅させる因子(Enhanced NODulation)
-http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fwww.kazusa.or.jp%2Flotus%2Fpredict%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Fdb%3Dclone%26id%3Dchr2.CM0008.380.nc

-slr0473:ラン藻Synechocystis(酸素発生型光合成細菌)の光受容体、ファイトクローム
-http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FSynechocystis%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dslr0473%26iden%3D1

-HetR, alr2339:ラン藻アナベナ(酸素発生型光合成細菌・窒素固定も行う)で窒素固定を行う細胞(ヘテロシスト)の形態形成に関与する転写因子
-http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FAnabaena%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dalr2339%26iden%3D1


***論文の検索例:特定の遺伝子に言及したすべての論文を確認する [#hb204c23]
-slr0473に言及するすべての論文を確認
-http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FSynechocystis%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dslr0473%26iden%3D1
--48報あり
--Pubmed ID 15641769では18回言及している、この論文の中ではsll0821に関しても2回言及している。
--http://a.kazusa.or.jp/tags/show?name=pmid%3A15641769

***【応用編】論文と遺伝子の関係性を図示:Cytoscape 2.6.0 でみる KazusaAnnotation [#d2ad46e0]
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs5/syn_allgenes_ajacs5.cys:Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs5/syn_allgenes_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis全遺伝子
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs5/syn_path00195_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis光合成関連遺伝子

***【参考】OpenID について [#q5e29f79]
-OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
-こちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
-[[openid.dbcls.jp>http://openid.dbcls.jp]]
 DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
 統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
 使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介(統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
--ご自身のメイルを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
--統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ ナドで活用できます。
--統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
 統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
 ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
 使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
 (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
-ご自身のメイルを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
-統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ ナドで活用できます。

**[[KazusaNavigation>http://navi.kazusa.or.jp/]] [#l7dd3d35]
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**[[KazusaNavigation>http://navi.kazusa.or.jp/]] 【http://navi.kazusa.or.jp】 [#l7dd3d35]
-コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
-ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

-利用例
--http://navi.kazusa.or.jp を開き、右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます
--あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
--「植物研究関連イヴェント」を閲覧する
--「植物研究者人材募集」を閲覧する
--RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
---RSSとは? http://ja.wikipedia.org/wiki/RSS
***【実習3】KazusaNavigationの利用例 [#v3c5566b]
+1. http://navi.kazusa.or.jp を開き [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%208.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%209.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+3. あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
+4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2010.png&refer=AJACS5%2Fyn]] [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2011.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。

**[[KazusaWiki>http://wiki.kazusa.or.jp/]] [#ee2c9afe]
Wikipediaと同じ、Mediawikiを利用した、情報集積サイト
-&ref(rss.png); RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
--RSSとは? see → http://ja.wikipedia.org/wiki/RSS

-Wikiってなに?
-メモを書き込んでみる ( OpenID 必須 )
-OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

-利用例
--http://wiki.kazusa.or.jp を開く
--あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し、JSOL を開いてみる
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**[[KazusaWiki>http://wiki.kazusa.or.jp/]] 【http://wiki.kazusa.or.jp】  [#ee2c9afe]
Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

***【実習4】KazusaWikiの利用例 [#wf8c29d9]
+1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2012.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2013.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2014.png&refer=AJACS5%2Fyn]]

-OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

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