MotDB


AJACS32/bono のバックアップソース(No.2)

[[講習会のページに戻る>AJACS32]]

&size(36){コマンドラインで遺伝子配列を解析する};

----
~目次
#contents
----

* はじめに: 参加者アンケート [#r2e170d6]
- おもにMacの人:x
- おもにWindowsの人:
- iPhoneの人:
--そのうちiPhoneは体の一部の人:
- iPadの人:
- バイオインフォマティクスを使っている人:
- プログラミングをたしなむ人:
- データベースを構築している人:
- データベースを構築したい人:
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:

* 前準備: 必要なコンピュータリテラシー [#xf9175d0]

** Google [#e3077b51]

> http://www.google.co.jp/

Google(「グーグル」と読みます)検索することを「ググる」といいます。そこでインターネット上では、自分でインターネット検索もせずにあれこれと質問をしてくるユーザーに対して以下のようにいうことがあります。

&size(30){ググれカス};

- 【実習B1】''DBCLS''でググりなさい。何件ヒットがありますか?
#fold(←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます,2011年5月17日現在、約 227,000 件)

でもこれは「ウェブ全体から検索」した結果なのです。

- 【実習B2】ググった結果のページ中で「日本語のページを検索」のリンクを探してクリックしなさい。
#fold(←こたえ。上記の結果と比較してどう変化するでしょうか?,2011年5月17日現在、約 252,000 件)

- 【実習B3】さらに検索窓右下の「検索オプション」をクリックして絞り込みをかけてみなさい。''ドメイン''で'''.ac.jp'''を指定すると何件ぐらいに絞り込まれますか?
#fold(←こたえ。得られる結果にはどういった特徴があるだろうか?,2011年5月17日現在、約17,000 件で、ドメインがdbcls.rois.ac.jpのサイトばかりがヒットしてくるといった特徴がある)

- 【応用B4】さらに見るべきヒットを絞り込むにはどういうオプションを指定すればいいだろうか?
#fold(←こたえ。,例えば、「キーワードを含めない」オプションで'''rois'''を指定してみる)

- 【応用B5】'DBCLS' は「ライフサイエンス統合データベースセンター」の略号であるが、たまに「ライフサイエンス総合データベースセンター」と間違えられる。そう間違えられている例を"で囲うことでインターネット検索エンジンを用いて抽出しなさい。
#fold(←こたえ。,"ライフサイエンス総合データベースセンター”でググって、「キーワードを含めない」オプションで'''ライフサイエンス統合データーベースセンター'''を指定してみる)

- 【実習D1】'SPF'でググリなさい。どういったことが起こるか?
#fold(←こたえ。,例えば、'DBCLS'でGoogle検索しても「ライフサイエンス統合データベースセンター」以外の'DBCLS'はインターネット上にそれほどないため困らないのであるが、短い略語の場合は同義語がインターネット上に多数存在して調べたい情報に行き着くまでに非常に苦労することになります。)

つまり、こういうことです。

&size(30){[[ググるなあぶない>http://motdb.dbcls.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=donotgoogle.jpg&refer=AJACS26%2Fbono]]};

** GGRNA [#y1eedffd]

「ぐぐるな」とよみます。
> http://ggrna.dbcls.jp/

** cygwin(windowsの人のみ) [#vef33a7b]

** UNIX command [#de3fd902]

* Local BLAST [#e17b6eed]

できる人は統合TVみてどんどん進めてってください。

* データ後処理 [#z7c0084b]
** トップヒットだけを抽出 [#dcf9cf96]