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AJACS27/thecla のバックアップソース(No.3)

*「Sequence Read Archive(SRA)の活用術:その統計と検索」 [#p3804c20]

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[[AJACS本郷9>AJACS27]] > 「Sequence Read Archive(SRA)の活用術:その統計と検索」
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-Sequence Read Archive (SRA) は、新型シーケンサーによるデータを集めたデータベースです。

**新型シーケンサー (NGS) とは [#vb0a8f56]
-そもそも言葉が
--新型シーケンサー
--次世代シーケンサー
--New-generation Sequencing (NGS)
--Next-generation Sequencing (NGS)
--他にmassively parallel DNA sequencing とか...
-何が新型なのか?
--90年代
---ゲル板で
#ref(http://bunseiserver.pharm.hokudai.ac.jp/img/seuencer-monitar.jpg)
[[DNAシーケンス解析(北大・薬・分子生物)より:http://bunseiserver.pharm.hokudai.ac.jp/gihou/sequence.html]]
[[DNAシークエンシング - Wikipedia -- 検出:http://ja.wikipedia.org/wiki/DNA%E3%82%B7%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B7%E3%83%B3%E3%82%B0#.E6.A4.9C.E5.87.BA]]も参照

--00年代
---キャピラリ
#ref(66414.jpg)
[[ABI PRISM® 3100-Avant Genetic Analyzerより:http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/product/modelpage.jsp?MODELCD=50768&MODELPGCD=66447]]

--10年代
---NGSの登場
---参考:http://www.hssnet.co.jp/2/2_3_10_1.html

**SRAとは [#a5364707]
-NGSのデータのレポジトリサイトです
-SRA = Sequence Read Archive
--昔は「Short Read Archive」だったが、shortでなくなってきたので
-誰(どこ)が集めているのか?
--NCBI: [[SRA:http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?]]
--EBI: [[ENA:http://www.ebi.ac.uk/ena/home]] (European Nucleotide Archive)
--DDBJ: [[DRA:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.shtml]] (DDBJ Sequnece Read Archive)
--3局でデータの交換をしている

-デモ的に:とりあえずSRAにいってみる(やっぱしNCBIかなー)
-(予算問題)
-とりあえず検索してみる(クエリ:要検討)
-???
-DDBJにあるドキュメント見てみる
--データ構造(StudyとかExpとかRunとか)
#ref(http://trace.ddbj.nig.ac.jp/images/doc/objects.png)
[[DDBJ Sequence Read Archive - Document - Metadata:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/documentation.shtml]]より
-DRASearchを使ってみる( http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/ )

-統計情報から検索 (SRAs: http://sra.dbcls.jp/ )
--目的別
--Platform別
--生物種別
-データの増加具合を確認
-文献から
-鎖鋸(どういうクエリで検索さすか)

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[[AJACS本郷9>AJACS27]] > 「Sequence Read Archive(SRA)の活用術:その統計と検索」
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