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AJACS21/so のバックアップ差分(No.4)


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[[AJACS21]]

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目次 

#contents
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* ゲノム情報の可視化 [#rb06956a]
** Cytoscapeとは [#o39ff2f1]
- Cytoscapeは、グラフ(ネットワーク)の可視化と解析のためのオープンソース・プラットフォームです
-- [[Cytoscapeプロジェクト公式ページ:http://www.cytoscape.org/]]
-- [[Cytoscape Web:http://cytoscapeweb.cytoscape.org/]]
-- [[Cytoscape Wiki:http://cytoscape.wodaklab.org/wiki/]]
-- [[Cytoscape公式日本語Wiki:http://cydoc.sourceforge.jp/cydocwiki/index.php?Cytoscape%20Japanese%20Documentation%20Project]]

**【実習1】Cytoscape Webを使って、ヒトのタンパク質相互作用のデータを表示してみましょう [#d2e5eec6]
+1. Cytoscape Wikiの[[Example Data Set:http://cytoscape.wodaklab.org/wiki/Data_Sets]]のRual et al. (Nature 2005 437 (7062):1173-8)のデータを使います。
+2. データ:RUAL.sifは、そのままだと大きすぎるので、今回は100個の相互作用に絞ったデータ:[[RUALsubset.sif:http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/RUALsubset.sif]]を使います。
+3. [[ここから:http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/]]RUALsubset.sifをローカルにダウンロードするか、適当なファイルとして保存してください。
+3. [[Cytoscape Web:http://cytoscapeweb.cytoscape.org/]]のページにアクセスして「[[View showcase demo:http://cytoscapeweb.cytoscape.org/demo]]」をクリックします。
+4. Open fileをクリックして、先程のデータRUALsubset.sifを読み込み、ヒトタンパク質のタンパク質相互作用を表示させます。
+5. Layout > Mechanism から、異なったグラフ配置のアルゴリズムを試してみましょう。
+6. Visual styleからデザインを変更してみましょう。


**【実習2】様々なゲノムブラウザーを眺めてみましょう [#c2f85954]
- [[Ensembl:http://www.ensembl.org/index.html]]
- [[UCSC Genome Browser:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway]]
- [[WormBase:http://www.wormbase.org/db/gb2/gbrowse/c_elegans/]]
-- [[GBrowse:http://gmod.org/wiki/Ggb/]]
-- [[WebGBrowser2.0:http://webgbrowse.cgb.indiana.edu/cgi-bin/uploadData]]

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* 参考資料 [#f02ddc53]

**【参考1】光合成微生物の遺伝子と論文の関係を[[Cytoscape:http://www.cytoscape.org/]]で俯瞰する [#h2fb38af]
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_allgenes_ajacs.cys:Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_allgenes_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis全遺伝子
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_path00195_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis光合成関連遺伝子

**【参考2】情報可視化関連ページ [#wd00edc4]
- Powers of ten
-- [[本家のページ:http://www.powersof10.com/]]
-- [[Powers of ten展覧会:http://www.calacademy.org/exhibits/powers_of_ten/]]
-- [[動画:http://vimeo.com/819138]]
- Deep Zoom
-- [[Seadragon:http://www.seadragon.com/]]

**【参考3】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:[[genoDive >http://genodive.org/]] [#vfefaf42]
- 我々のプロジェクトで開発している、ゲノムブラウザー。リアルタイム性の高いズーム機能、直感的なユーザーインターフェースなどを念頭におき、ゲノム情報可視化の研究として開発中。
- [[デモムービー:http://www.youtube.com/watch?v=FEQlVEAJe2k]]
- [[操作マニュアル:http://wiki.kazusa.or.jp/Projects:genoDive_Pro_manual_j]]
-- [[デモムービー:http://www.youtube.com/watch?v=FEQlVEAJe2k]]
-- [[操作マニュアル:http://wiki.kazusa.or.jp/Projects:genoDive_Pro_manual_j]]

** 【参考4】ゲノムブラウザーの使い方動画 [#mef63c8a]
- [[TogoTV Curated:http://togotv-curated.dbcls.jp/]]で、「ensembl」「 UCSC」などで検索する
- 米国のマニュアル作製企業 OpenHelxによるGBrowseの[[使い方:http://www.openhelix.com/gbrowse]]

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(for presentation ver. 0.4  2009-11-05 modified)
[[AJACS14]]