MotDB


AJACS21/so のバックアップ差分(No.1)


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[[AJACS14]]

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目次 

#contents
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* Genome AnnotationとKazusa Annotation(かずさDNA研・○岡本忍、中尾光輝、藤澤貴智、中村保一) [#fe606923]

**【実習1】ゲノムアノテーションの検索例その2:UniProtKBで光合成系2のタンパク質のアノテーション(注釈)を眺めてみましょう [#m300b552]

-UniProtKBのページ
-http://www.uniprot.org/help/uniprotkb

+1. 左側のプルダウンメニュー「Search in」を「Protein Knowledgebase」にする。
+2. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II&sort=score
+3. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II AND Synechocystis AND PsbA2"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II+AND+Synechocystis+AND+PsbA2&sort=score
+4. エントリー P16033を眺めてみよう →  http://www.uniprot.org/uniprot/P16033
+5. P16033の更新履歴を見てみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=*
+6. version 74と80を比較してみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=74&version=80

**【実習2】KazusaAnnotationの利用例 [#v8254157]
+1. http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%201.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. 酸素発生型光合成細菌の'''Synechocystis'''の光センサー、バクテリオフィトクロームの遺伝子cph1のアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis cph1」と入れて「検索」を押します。
+3. このように検索結果が表示されます→ http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=Synechocystis+cph1
+4. 検索結果のなかの遺伝子 slr0473 の赤い字でしめされた「366 annotations」をクリックするとslr0473遺伝子につけたアノテーション(ブックマーク)が一覧されます。→ http://a.kazusa.or.jp/annotations/1
+5. Pubmed ID: のなかから、15641769 をクリックすると、論文の情報が表示されます。→http://a.kazusa.or.jp/tags/3
+6. 論文情報の下部分「アノテーション数:20」は、この論文PubMed ID 9154987にGene Indexingが20個つけられてることを表しています。
数字の「20」の部分をクリック。この論文では、slr0473以外に、slr0474の遺伝子にもIntroductionとDiscussionで言及してることがわかります。
+7.論文情報の下部分「GeneIndexingView」をクリックすると、文献書式(Title, Abstract, Introduction...)のどこに、どの遺伝子が記述されているのかが参照できます。タイトルやアブストラクト、ディスカッションに出てる遺伝子は、この論文のメインテーマであると類推できます。→ http://a.kazusa.or.jp/tag/geneindex/pmid:15641769

- かずさDNA研究所が提供している、シアノバクテリア(光合成細菌)、根粒菌のデータベース → http://genome.kazusa.or.jp/
-- CyanoBase(光合成細菌)→ http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase
- CyanoBaseでバクテリオフィトクローム遺伝子 slr0473をみてみよう。→ http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr0473
-- CyanoBaseのGeneViewページの[[ Gene Annotation >http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr0473#gene_annotations]]のところにはKazusaAnnotationへのリンクがある。
-- CyanoBaseのGeneViewページの[[ References >http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/slr0473#gene_annotations]]の情報はKazusaAnnotationのGene Indexingから作成している。

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* 参考資料 [#f02ddc53]

**【参考1】Biocuratorについて [#w5898d27]
-生物に関する様々な情報を整理、統合、付与、修正しゲノム情報の価値を高めるスペシャリスト
-学会サイト →  http://www.biocurator.org/

**【参考2】OpenID について [#z91944ad]
-OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
-こちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
-[[openid.dbcls.jp>http://openid.dbcls.jp]]
 DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
 統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
 ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
 使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
 (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
-ご自身のメールを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
-統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ などで活用できます。

**【参考3】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:[[Cytoscape >http://www.cytoscape.org/]] でみる KazusaAnnotation/Gene Indexing [#m24a6614]
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_allgenes_ajacs.cys:Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_allgenes_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis全遺伝子
-http://charles.kazusa.or.jp/~so/ajacs/syn_path00195_cyt.txt:syn_allgenes_ajacs5.cysを描画するための遺伝子-文献(言及頻度)の二項関係データ、Synechocystis光合成関連遺伝子

**【参考4】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:[[genoDive >http://genodive.org/]] [#vfefaf42]
- 遺伝子ごとに出版されている文献、遺伝子発現データ、アノテーションなどをリアルタイムに俯瞰できるゲノムビューア
- [[デモムービー >http://www.youtube.com/watch?v=FEQlVEAJe2k]]
- [[操作マニュアル >http://navi.kazusa.or.jp/genodive/weblog/1457.html]]

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* KazusaAnnotation Suite: かずさでのコミュニティー/ソーシャルアノテーションのこころみ [#geb4c8e7]

** [[KazusaAnnotation>http://a.kazusa.or.jp/]] 【http://a.kazusa.or.jp】 [#c1ffffba]
-ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
-10生物種, 4003論文 131723 タグ (2009年7月3日0時現在) 


**[[KazusaNavigation>http://navi.kazusa.or.jp/]] 【http://navi.kazusa.or.jp】 [#d0165f4e]
-コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
-ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

***KazusaNavigationの利用例 [#kd71de03]
+1. http://navi.kazusa.or.jp を開き [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%208.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%209.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+3. あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
+4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2010.png&refer=AJACS5%2Fyn]] [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2011.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。

-&ref(rss.png); RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
--RSSとは? see → http://ja.wikipedia.org/wiki/RSS

-OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

**[[KazusaWiki>http://wiki.kazusa.or.jp/]] 【http://wiki.kazusa.or.jp】 [#xab70c0a]
Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

***KazusaWikiの利用例 [#j225a4e9]
+1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2012.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+2. あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2013.png&refer=AJACS5%2Fyn]]
+3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる [[(画像)>http://MotDB.DBCLS.jp/?plugin=attach&pcmd=open&file=%A5%D4%A5%AF%A5%C1%A5%E3%2014.png&refer=AJACS5%2Fyn]]

-OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

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(for presentation ver. 0.4  2009-11-05 modified)
[[AJACS14]]