MotDB


AJACS15/sk2 のバックアップ差分(No.4)


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[[講習会のページに戻る>AJACS15]]

*前置き [#g5e98aa4]
** 自己紹介 [#n93a022e]
- [[河野 信>http://www.dragonsnakers.com/ryu-ja/?%B2%CF%CC%EE%A1%A1%BF%AE]](かわの しん)といいます
-旭川出身
-北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

** まずは講習会のページを開きましょう [#sb63a16d]
-講習会のページに本日の講習内容や演習内容が書かれています。これにそって、本日の講習は進めます。
+「MotDB」で検索、もしくは直接 http://motdb.dbcls.jp/
+ 講習会のポスターをクリックして、今回の講習会のページに行きます
+ プログラムのタイトルをクリックすると、各講習の資料ページが開きます


** 講習会ページにそって操作する際の基本事項 [#e4a0bf8a]
:部分選択|選択したい部分で、マウスの左ボタンを押しながらドラッグする
:全選択|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「A」を押す(Macの場合は「Ctrl」の代わりに「command」ボタンを押しながら「A」)
:コピー|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「C」を押す
:ペースト|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「V」を押す

:このページを開いたまま、他のページを開くには|
--リンクをクリックするときに「右クリック」でクリックするとメニューが出てきます
--「新しいウインドウで開く」もしくは「新しいタブで開く」を選ぶと、元のページを残したまま新しいページを開けます。

** 参加者アンケート [#b01e1675]
*** メインで使っているOSは [#n811820c]
- Windows:
- Mac:
- その他:

***メインで使っているブラウザは [#ge45c80d]
- Internet Explorer:
- FireFox:
- Safari:
- Google Chrome:
- その他:

***もろもろ [#p4307620]
- データベースを良く利用する人:
- プログラミングをたしなむ人:
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:


**参考資料:[[生命科学の主要なデータベース>http://www.dragonsnakers.com/tcb/index.php?%C2%E8%A3%B2%B2%F3%2820090417%29]] [#g23867d4]
- 生命科学の分野でよく使われるデータベースやツールの一覧です


*&size(36){[[start>./portal]]}; [#c5bce071]

[[カタログ系サービス>./portal]]

[[横断検索>./search]]

[[テキスト系サービス>./text]]
[[アーカイブサービス>./archive]]
[[教育・人材育成、シンポジウム、お知らせ>./edu]]

[[データベース>./database]]
[[ツール&解析サービス>./tools]]
[[基盤技術開発>./base]]
[[統合DB事業>./togo]]
[[アーカイブサービス、教育・人材育成、シンポジウム、お知らせ>./archive]]



[[その他のサービス>./others]]

***[[OReFiL:an Online Resource Finder for Lifesciences>http://orefil.dbcls.jp/]] [#w8dcaafc]
-ライフサイエンス分野の文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080912.html
-【演習】: PCRのprimerをアレコレするためのWWWサイトで、報告されているものにどのようなものがあるだろうか?OReFiLで調べてみましょう

***&size(20){[[Allie>http://allie.dbcls.jp/]]}; [#u9c70357]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080522.html
-科学論文で出てくる略語の正式名称を調べることができる
-違う分野の略語を知る際に有効
--正式名称のほか、使われている数、一緒に出てきやすい略語、その略語が最初に使われた論文も表示される
---もともとは違う言葉なのに同じ略語が使われている場合、どれが優勢か?いつ頃からその略語が使われているのか?なども調べることができる
--使用されている回数や、初めて使われた年などで表示順の並べ替えができる
-【演習】: 「PCR」の正式名称にはどのようなものがあるか?それらはいつ頃から使われていて、今までどれくらいの回数使われているか?Allieで調べてみましょう


***&size(20){[[inMeXes>http://docman.dbcls.jp/im/]]}; [#x489e25b]
-PubMedに含まれる書誌情報の題目および要旨に10回以上出現する2語以上から成る表現を逐次的 (incremental) に検索します。
--英文を書くときに、どの動詞の後にはどういう前置詞が来るか。などが調べられます。
--Google検索で、ダブルクォーテーション(")で囲って検索し、ヒットする数から使おうとしている英語表現が正しいか調べる手も



**データベース [#l0f1fc43]
***[[DNAデータベース総覧と検索>http://lifesciencedb.jp/ddbj/]] [#va733799]
-DDBJ/EMBL/GenBank(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080514.html
-「生物種」と「研究の型」の二次元で分類
-データを一括ダウンロード可能

-【演習】: 「植物」の「mRNA」を調べたプロジェクトの中で最もデータの登録件数が多いものは登録件数が何件か?

***[[遺伝子発現バンク(GEO)目次>http://lifesciencedb.jp/geo/]] [#k49f801b]
-[[GEO>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/]](Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080623.html
-「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類
-データを一括ダウンロード可能

**アーカイブ [#r87c3f25]
***&size(20){[[生命科学系データベースアーカイブサービス>http://dbarchive.lifesciencedb.jp/]]}; [#y08e388f]
-プロジェクトのデータを丸ごとダウンロード可能
-維持困難になったデータベースの受け入れ
-データベース構築が困難な研究者に対するデータベース構築代行



**ツール&解析サービス [#m3107069]
***[[アナトモグラフィー/BodyParts3D>http://lifesciencedb.jp/ag/]] [#o35d6e21]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080927.html
-オンライン3D人体地図サービス
-BodyParts3D: 人体の器官のかたちと名前の辞書
--器官のかたちや場所を視覚的に見ることができる
-アナトモグラフィー: お絵かきツール
--数字のデータを人体にマッピングすることも可能
-【演習】:心臓を赤色で表示させてみましょう。
-【演習】:肝臓を赤色で表示させてみましょう。肝臓は体のどこら辺にあるでしょうか?



***[[Wired Maker>https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/6219]] [#fef2ea36]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080512.html
-ウェブページに引く「消えないマーカー」
-Fire Foxのアドオンとして利用可能
--引いたマーカーはいつでも再検索可能

***[[MiGAP>http://migap.lifesciencedb.jp/]] [#g4ca6124]
-微生物ゲノム用の配列アノテーションパイプライン

***[[DBCLS galaxy>http://galaxy.dbcls.jp/]] [#we6d956f]
-解析ワークフローを構築して、解析結果を共同研究者と共有できる


**共通基盤技術 [#o63e2d5b]
***[[TogoDB>http://togodb.dbcls.jp/]] [#cc92c738]
-エクセルの表をアップロードして、ボタン一つで自分の持っているデータを世界中に公開できる

***[[TogoWS>http://togows.dbcls.jp/site/ja/index.html]] [#m9de54f0]
-国内および世界の主要なデータベースに収録されているデータを統一的な操作方法で取得できるしくみ

**教材・人材育成 [#ge77df2b]
***&size(24){[[MotDB>http://motdb.dbcls.jp/?MotDB]]}; [#tadefc56]
-今回のような講習会のお知らせだけでなく、過去の講習会の資料を見ることができます
-また、長浜バイオ大学やお茶の水女子大学で学部生・大学院生向けに実施されている講義の資料も置いてありますので、参考にしてみてください

**統合DB事業 [#i7b93ec1]
***&size(24){[[シンポジウム・講演会>http://symposium.lifesciencedb.jp/]]}; [#f107d872]
-データの統合化に関するシンポジウム、データの権利化・共有化に関するシンポジウムを開催しました
--両シンポジウムとも、講演の動画が公開されていますので、興味のある方はご覧になってみてください
--統合化のシンポジウムは、一部のポスター発表で使われたポスターも見ることができますので、ご参考にしてください
---ただし、著作権はポスター作成者にありますので、再利用される際には十分にご注意ください