MotDB


AJACS15/sk2 のバックアップ差分(No.1)


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[[講習会のページに戻る>AJACS14]]

*前置き [#g5e98aa4]
** 自己紹介 [#n93a022e]
- [[河野 信>http://www.dragonsnakers.com/ryu-ja/?%B2%CF%CC%EE%A1%A1%BF%AE]](かわの しん)といいます
-旭川出身
-北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

** まずは講習会のページを開きましょう [#sb63a16d]
-講習会のページに本日の講習内容や演習内容が書かれています。これにそって、本日の講習は進めます。
+「MotDB」で検索、もしくは直接 http://motdb.dbcls.jp/
+ 講習会のポスターをクリックして、今回の講習会のページに行きます
+ プログラムのタイトルをクリックすると、各講習の資料ページが開きます


** 講習会ページにそって操作する際の基本事項 [#e4a0bf8a]
:部分選択|選択したい部分で、マウスの左ボタンを押しながらドラッグする
:全選択|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「A」を押す(Macの場合は「Ctrl」の代わりに「command」ボタンを押しながら「A」)
:コピー|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「C」を押す
:ペースト|キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「V」を押す

:このページを開いたまま、他のページを開くには|
--リンクをクリックするときに「右クリック」でクリックするとメニューが出てきます
--「新しいウインドウで開く」もしくは「新しいタブで開く」を選ぶと、元のページを残したまま新しいページを開けます。

** 参加者アンケート [#b01e1675]
*** メインで使っているOSは [#n811820c]
- Windows:23
- Mac:5
- その他:0

***メインで使っているブラウザは [#ge45c80d]
- Internet Explorer:17
- FireFox:6
- Safari:4
- Google Chrome:1
- その他:2

***もろもろ [#p4307620]
- データベースを良く利用する人:大勢
- プログラミングをたしなむ人:0
- ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:6


**参考資料:[[生命科学の主要なデータベース>http://www.dragonsnakers.com/tcb/index.php?%C2%E8%A3%B2%B2%F3%2820090417%29]] [#g23867d4]
- 生命科学の分野でよく使われるデータベースやツールの一覧です


*[[統合データベースを使い倒す>http://lifesciencedb.jp]] - http://lifesciencedb.jp/ [#zc68e899]
-http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png マークがついているサービスは、togotvでの動画解説を見ることができます
-http://lifesciencedb.jp/image/leaflet.png マークがついているサービスは、アイコンをクリックするとパンフレットを読むことができます
-プロジェクトの新着情報や、新聞に掲載された最新ニュースなども配信しています

**ポータル [#hef7c62e]
***&size(24){[[データベースカタログ>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?pg=1]]}; [#nc75d995]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080508.html
-文字通り「データベースのデータベース」です。
--日本国内で作られたものが中心
--DBの形式、対象、生物種で分類されている
--左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます
--データベースを選択すると右側に詳細が表示されます
--データベースに何日間もつながらない場合、「休止中」と表示されます
-【演習】: かずさDNA研究所は世界有数の植物関係のゲノム決定機関です。最近、「ミヤコグサ」というマメ科植物のゲノムが決定されました。ミヤコグサのゲノムDBを探してみましょう

***[[生命科学学会・協会検索>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=tool_academy]] [#k94c71b4]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080826.html
-国内の学協会を検索できます。年会の予定や、学会の規模、会費などを調べられる。
--左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます
-【演習】: 日本生化学会の現在の会員数はどれくらいか?会費は?また、年会はいつ、どこで開催されるか?調べてみましょう

***[[ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=project]] [#y4c721b1]
-省庁毎のプロジェクト一覧。プロジェクトの目的や成果が調べられる。

***[[生物アイコン>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=resource_icon]] [#x3f99440]
//--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080704.html
-&size(20){後半で紹介します};
-どんな生物なのかが絵でわかる
-絵が自由に使える
--生物の写真や絵を発表などで使う場合、著作権関係が問題になったりする場合有り → 再配布可能な写真・絵の提供(クリエイティブコモンズライセンス)
-一般名から学名を調べたりもできる
--【演習】: ネコの学名を調べてみましょう



**検索 [#hc14e67a]
***&size(24){[[横断検索>http://lifesciencedb.jp/dbsearch/]]}; [#aee684bb]
-調べたいことを、いろいろなデータベースを串刺しにして一括検索!

-入力キーワードに関連する遺伝子、文献、特許など、分子のデータだけでなく、日本語の文献も一括で検索できる
-現在200個以上の別々に作られているデータベースをまとめて検索できます
--画面上部のデータベース一覧をクリックしてみましょう

-【演習】:画面上部にある検索ボックスに日本語でキーワードを入力してみましょう
 サービスの負荷実験をします。わたしの合図で「横断検索」のボタンを押してください。
//--【ココに注目!】:横断検索にはサジェスト機能がついているので、入力した文字に関係するキーワードを表示してくれます
//--今回は「高血圧」だけで検索してみましょう

-左上にデータベースと検索の結果ヒットした数、真ん中に検索でヒットしたエントリ、真ん中下に検索キーワードに関係するヒトの遺伝子、が表示されます

--【ココに注目!】:黄色でハイライトされた文字が検索したキーワードですが、日本語のキーワードだけでなく英訳されたキーワード(もしあれば)も黄色くハイライトされています
---横断検索では日本語でも英語でも入力可能([[ライフサイエンス辞書>http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/]]で自動的に翻訳して検索している)

-左側のタブから項目別の検索結果を表示可能(文献・特許・個別データベースなど)
--PDBj(RCSB PDBの日本版。収録データは全く同じ)では何件ヒットするか?
---タンパク → ドメイン・モチーフ・立体構造 → 複数生物種 → PDBj とたどります
---まだ試用版なのでうまく動かないかもしれません。。。
--【ココに注目!】:左下に選択したデータベースの説明が出てきます

-特許検索
--特許関連文書 → 日本国特許 を選ぶと特許を見ることができます
---現在平成16年から平成20年までの特許を検索できます
--平成20年の特許は何件あるか?一番上に出てきた特許は誰が出したものか?

-文献検索
--文献 を選ぶと科学雑誌や新聞などの記事を見ることができます
---【ココに注目!】:共立出版より出版されている月刊紙「[[蛋白質核酸酵素>http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/index.html]]」の過去記事を検索・閲覧できます
--発売から2年以上経過した(現在は1985年から2006年まで)''レビュー記事''の閲覧ができます(出版社との契約の関係で印刷はできません)
---増刊号や連載記事などは検索の対象外
---2007年、2008年に書かれた最新の記事についても全文検索を可能です。ただし、該当する号へリンクのみ。
--実際の記事を見てみましょう

-【ココに注目!】:検索ボックスの下に「タブ」があって、今まで表示した結果をあとから見返すことができます

-もちろん分子のデータを集めたデータベースを選択すると、キーワードが含まれている分子データにアクセスできます

-【便利機能】:FireFoxの右上にある検索窓から直接横断検索を実行する
--統合ホームページのトップページを開いているときに、ブラウザ右上の検索窓の左側にあるアイコンをクリックします
--下から2番目にある "lifescience.jp"を追加を選びます
--もう一度アイコンをクリックして、lifescience.jpを選びます
--検索窓にキーワードを入力すると直接横断検索が実行できます

-実はこの機能、NCBIのEntrezサーチやPubMedサーチでも同様に検索窓から直接検索することもできます
-【余談1】:EntrezサーチやPubMedサーチで All[Filter] で検索すると、それぞれのデータベースに何件のデータが登録されているか調べることができます
--【演習】:PubMedには何件の文献が登録されているでしょうか?
-【余談2】:PubMedの検索結果を定期的にモニターすることができます
--画面上部にある &ref(rss.png); RSSをクリックすると、RSSフィードを作成できます
--ブラウザのRSS収集機能や、はてなRSS、Google Reader、Yahoo RSSなどのRSS収集サイトに登録すると、定期的にPubMedをキーワード検索した新着結果を勝手に集めてくれます
---例えば http://r.hatena.ne.jp/taro-2_0/ とか
--メールで自動配信してくれる機能もあったはずです


***[[文科省「ゲノム」研究報告書 全文検索>http://lifesciencedb.jp/houkoku/]] [#x97f3a6b]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080825.html
-文部科学省 科学研究費補助金(科研費)の特定領域研究「ゲノム」の研究報告書を検索・閲覧できる

***[[学会要旨統合検索>http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=tool_tproc]] [#r60053f1]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080801.html
-遺伝学会、進化学会などの年会要旨を検索できる
--年会要旨は冊子なので、検索が難しい。しかも分厚い
--国内の研究動向を調べるのに便利。(どこの大学でどんな研究が行われているか)

これらの文献検索については、[[横断検索>http://lifesciencedb.jp/dbsearch/]]からまとめて検索できます





***[[OReFiL:an Online Resource Finder for Lifesciences>http://orefil.dbcls.jp/]] [#w8dcaafc]
-ライフサイエンス分野の文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080912.html
-【演習】: PCRのprimerをアレコレするためのWWWサイトで、報告されているものにどのようなものがあるだろうか?OReFiLで調べてみましょう

***&size(20){[[Allie>http://allie.dbcls.jp/]]}; [#u9c70357]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080522.html
-科学論文で出てくる略語の正式名称を調べることができる
-違う分野の略語を知る際に有効
--正式名称のほか、使われている数、一緒に出てきやすい略語、その略語が最初に使われた論文も表示される
---もともとは違う言葉なのに同じ略語が使われている場合、どれが優勢か?いつ頃からその略語が使われているのか?なども調べることができる
--使用されている回数や、初めて使われた年などで表示順の並べ替えができる
-【演習】: 「PCR」の正式名称にはどのようなものがあるか?それらはいつ頃から使われていて、今までどれくらいの回数使われているか?Allieで調べてみましょう


***&size(20){[[inMeXes>http://docman.dbcls.jp/im/]]}; [#x489e25b]
-PubMedに含まれる書誌情報の題目および要旨に10回以上出現する2語以上から成る表現を逐次的 (incremental) に検索します。
--英文を書くときに、どの動詞の後にはどういう前置詞が来るか。などが調べられます。
--Google検索で、ダブルクォーテーション(")で囲って検索し、ヒットする数から使おうとしている英語表現が正しいか調べる手も



**データベース [#l0f1fc43]
***[[DNAデータベース総覧と検索>http://lifesciencedb.jp/ddbj/]] [#va733799]
-DDBJ/EMBL/GenBank(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080514.html
-「生物種」と「研究の型」の二次元で分類
-データを一括ダウンロード可能

-【演習】: 「植物」の「mRNA」を調べたプロジェクトの中で最もデータの登録件数が多いものは登録件数が何件か?

***[[遺伝子発現バンク(GEO)目次>http://lifesciencedb.jp/geo/]] [#k49f801b]
-[[GEO>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/]](Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080623.html
-「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類
-データを一括ダウンロード可能

**アーカイブ [#r87c3f25]
***&size(20){[[生命科学系データベースアーカイブサービス>http://dbarchive.lifesciencedb.jp/]]}; [#y08e388f]
-プロジェクトのデータを丸ごとダウンロード可能
-維持困難になったデータベースの受け入れ
-データベース構築が困難な研究者に対するデータベース構築代行



**ツール&解析サービス [#m3107069]
***[[アナトモグラフィー/BodyParts3D>http://lifesciencedb.jp/ag/]] [#o35d6e21]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080927.html
-オンライン3D人体地図サービス
-BodyParts3D: 人体の器官のかたちと名前の辞書
--器官のかたちや場所を視覚的に見ることができる
-アナトモグラフィー: お絵かきツール
--数字のデータを人体にマッピングすることも可能
-【演習】:心臓を赤色で表示させてみましょう。
-【演習】:肝臓を赤色で表示させてみましょう。肝臓は体のどこら辺にあるでしょうか?



***[[Wired Maker>https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/6219]] [#fef2ea36]
--統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080512.html
-ウェブページに引く「消えないマーカー」
-Fire Foxのアドオンとして利用可能
--引いたマーカーはいつでも再検索可能

***[[MiGAP>http://migap.lifesciencedb.jp/]] [#g4ca6124]
-微生物ゲノム用の配列アノテーションパイプライン

***[[DBCLS galaxy>http://galaxy.dbcls.jp/]] [#we6d956f]
-解析ワークフローを構築して、解析結果を共同研究者と共有できる


**共通基盤技術 [#o63e2d5b]
***[[TogoDB>http://togodb.dbcls.jp/]] [#cc92c738]
-エクセルの表をアップロードして、ボタン一つで自分の持っているデータを世界中に公開できる

***[[TogoWS>http://togows.dbcls.jp/site/ja/index.html]] [#m9de54f0]
-国内および世界の主要なデータベースに収録されているデータを統一的な操作方法で取得できるしくみ

**教材・人材育成 [#ge77df2b]
***&size(24){[[MotDB>http://motdb.dbcls.jp/?MotDB]]}; [#tadefc56]
-今回のような講習会のお知らせだけでなく、過去の講習会の資料を見ることができます
-また、長浜バイオ大学やお茶の水女子大学で学部生・大学院生向けに実施されている講義の資料も置いてありますので、参考にしてみてください

**統合DB事業 [#i7b93ec1]
***&size(24){[[シンポジウム・講演会>http://symposium.lifesciencedb.jp/]]}; [#f107d872]
-データの統合化に関するシンポジウム、データの権利化・共有化に関するシンポジウムを開催しました
--両シンポジウムとも、講演の動画が公開されていますので、興味のある方はご覧になってみてください
--統合化のシンポジウムは、一部のポスター発表で使われたポスターも見ることができますので、ご参考にしてください
---ただし、著作権はポスター作成者にありますので、再利用される際には十分にご注意ください