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AJACS14/thecla のバックアップ差分(No.2)


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「遺伝子発現データベースを使い倒す」

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[[AJACSりんくう>AJACS14]] > 遺伝子発現データベースを使い倒す
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*はじめに [#y1166a60]
-みんなでわーっとアクセスすると、反応が遅くなったり、大量アタックと勘違いされてアクセス禁止(通称:アク禁)を食らったりするので、ばらばらとアクセスしてみてください
-というわけで、ここに書いてあること(や、他のところの)を自分なりに進めて or 自分なりにじっくりやってかまいません。
-時間の都合で今日は省略させてもらうところがあります。ご承知おきください。
--詳しく知りたい方は長めにやらせていただいた回の資料をご覧ください。
---[[AJACS蝦夷2:「遺伝子発現データベースを使い倒す」>http://motdb.dbcls.jp/?AJACS12%2Fhono2]]
---[[AJACS蝦夷2:「続・遺伝子発現データベースを使い倒す」>http://motdb.dbcls.jp/?AJACS12%2Fhono3]]


*(一応)自己紹介 [#dabf9afc]
-どんな人が、こういう(=ライフサイエンス統合データベースセンターみたいな)ところにいるのか参考のために
-99-02:wet時代(別名:バイオ時代):東京工業大学(B4-M2)
--恐山産ウグイの酸性適応機構
--ウナギの海水適応機構における硫酸イオントランスポーターの同定と機能解析
-02-07:dry時代(別名:IT時代):NEC バイオIT事業推進センター
--多くが製薬、食品に就職する中、実験に挫折。ITの道へ
--文献検索システムの開発など
-07:冬の時代:NEC(別部署)
--部署が半壊(ビジネスにならなかった)。→ 別部署に飛ばされる
--毎日、官庁相手の営業を支援するためのPowerPoint資料作り
-07-:dry時代、再び
--現在の職場に拾われる。

*本題:遺伝子発現 [#c01f28b8]
**なぜ遺伝子発現なのか? (釈迦に説法) [#t3759669]
-そもそも分子生物学は、生命現象を分子レベルで解釈する学問なわけで。
-ある生命現象(疾患、薬剤応答、)
-個々の遺伝子が、どこ(たとえば臓器レベル)で発現してはたらいているか、

**[[&size(20){BioGPS};>https://biogps.gnf.org/]] &color(green){ヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベース}; [#yd1e24e9]

-何コレ:さまざまな臓器、細胞株での個々の遺伝子の発現についてまとめたもの
-[[BioGPS>https://biogps.gnf.org/]]はAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いた遺伝子発現プロファイルのデータベース。
-[[GNF SymAtlas>http://symatlas.gnf.org/]][[【参考動画】>http://togotv.dbcls.jp/20070816.html]]のメジャーアップデート版。
-マウスのエキソンアレイのデータが追加されたので、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることが可能。
-検索した遺伝子に対して、種々の外部データベースに横断検索することができる。
-【実習1】BioGPSを使ってある遺伝子の発現プロファイルを調べる
-[[【使い方参考動画】>http://togotv.dbcls.jp/20081004.html#p01]]、[[【講習会動画】>http://togotv.dbcls.jp/20090217.html#p01]]http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png
-1. [[https://biogps.gnf.org/>https://biogps.gnf.org/]]を開きます。
-2.水チャネル(水を通すトランスポーター)であるAQP3 (aquaporin 3) の発現プロファイルを調べてみましょう。中央の検索窓に「AQP3」と入力し、「search」を押します。
-3. 表示された検索結果をクリックします。
-4. 最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。
-5. マイクロアレイデータ左上の「Human」をクリックするとマウスやラットを選択できます。また、「203737_at」(プローブID)をクリックすると、別のプローブでの発現状況(別のsplice variantなど)の結果が見られます
-6. AQP3はどの組織、細胞で強く発現しているでしょうか?
-7. 右上の「default rayout」をクリックすると、検索した遺伝子に関するマイクロアレイデータ以外のデータが閲覧できますが、どのようなデータが閲覧できるのか調べてみましょう。
-8. [応用] 左上の「Search」タグをクリックして検索画面にもどり、自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。