MotDB


AJACS10/neta のバックアップソース(No.3)

-[[世界中の代表的なデータベース・ツール>./DB]]
-[[統合データベース>./togo]]

-[[ホモロジー検索(BLAST)>./BLAST]]
-[[マルチプルアラインメント>./ClustalW]]
-[[モチーフ検索>./motif]]
-[[ゲノムブラウザ>./gb]]
-[[遺伝子発現解析>./expression]]
-[[パスウェイ解析>./pathway]]
-[[タンパク質立体構造>./structure]]

-''その他''↓
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#contents
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*現在進行中のゲノムプロジェクトを調べる 〜GOLDデータベース〜 [#ba426fce]
-[[GOLD: Genomes OnLine Database>http://www.genomesonline.org/]]
--世界中で行われた/行われているゲノムプロジェクトを集めたデータベース
-統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20090403.html

-【演習】:解読が終了したゲノムプロジェクト・現在進行中のゲノムプロジェクトを調べてみましょう
--真ん中にある「GOLD Tables」をクリックすると、終了したゲノムプロジェクトの数と、それぞれの生物ドメイン(真核/真正細菌/古細菌)で進行中のゲノムプロジェクト数が見れます

--すでに終了しているプロジェクトはいくつありますか?
--真核生物で現在進行中のゲノムプロジェクトはいくつありますか?
--真正細菌、古細菌で進行中のプロジェクトはいくつありますか?

---真核生物:Eukaryote (E)
---真正細菌:Bacteria (B)
---古細菌:Archaea (A)

-メタゲノムプロジェクト(ある場所にいる生物のゲノムをまとめて読む)の数も見れます
--どのような場所の生物集団が対象になっていますか?調べてみましょう

-【演習】:あの生物(犬とかネコとか)のゲノムは読まれているか?調べてみよう。
--まず、調べたい生物の学名(ヒトの場合だとHomo sapiens)を調べます
---catとかdogのような一般名では調べられません
---大抵[[WikiPedia>http://ja.wikipedia.org/]]とかに載ってます
---NCBIの[[taxonomy>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/]]とかでも調べられる

--「属」の部分(ヒトの場合だと Homo)をコピーします
---sapiensの部分は「種」といいます

--GOLD Tablesの真ん中へんに「Search GOLD」というのがあるのでクリック
---「Genus」(属)の部分にペーストして「Submit search」をクリックすると検索できます
---「species」(種)も指定できますが、検索条件をきつくしすぎると、結果が帰ってこないかもしれません

--調べたゲノムプロジェクトは終了していましたか?進行中でしたか?それとも誰もやっていない?

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[[工事現場>./construction]]