MotDB


AJACS10/neta/gb のバックアップの現在との差分(No.1)


  • 追加された行はこの色です。
  • 削除された行はこの色です。
[[AJACS10/neta]]に戻る
----

#contents

----

#ref(AJACS10.053.jpg)
#ref(AJACS10.054.jpg)
#ref(AJACS10.055.jpg)
#ref(AJACS10.056.jpg)
#ref(AJACS10.057.jpg)
#ref(AJACS10.058.jpg)
#ref(AJACS10.059.jpg)

**[[UCSC genome browser>http://genome.ucsc.edu/]] [#e85af155]
*[[UCSC genome browser>http://genome.ucsc.edu/]] [#e85af155]
-BLATの使い方:[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20070829.html]]
-UCSC Gene Sorterの使い方:[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080317.html]]
-UCSC Table Browserの使い方:[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080502.html]]

-UCSC Genome Browserのページの「Genome」からヒトのABO(血液型を決める遺伝子)を検索してみましょう
**UCSC Genome Browserをつかって遺伝子を検索する [#q4cdacf6]
-UCSC Genome Browserのページの「Genomes」からヒトのABO(血液型を決める遺伝子)を検索してみましょう
--ABO遺伝子は何番染色体にありますか?確認しましょう
--エキソン・イントロン構造を確認しましょう
--類縁種での配列の保存について確認しましょう
--類縁種の表示を消してみましょう
---下の方にある「Comparative Genomics」を開いて、「Conservation」のところを「hide」にして「refresh」をクリック
---類縁種の表示が消えたことを確認しましょう
--GC含量と制限酵素地図を表示させてみましょう
---「Mapping and Sequencing Tracks」にある、「GC Percent」と「Restr Enzymes」を「dense」にして「refresh」をクリック
---GC含量と制限酵素地図が表示されたか確認しましょう
--もっと詳細にGC含量と制限酵素地図を見てみましょう
---「GC Percent」を「full」に、「Restr Enzymes」を「pack」にして「Refresh」
---表示が変わったのを確認しましょう
--ABO遺伝子の前後にどのような遺伝子があるのか確認しましょう
---画面上部にある「zoom out」の「10×」をクリックしてみましょう
---ABO遺伝子の周りにはどのような遺伝子がありましたか?

-BLATを使ってゲノムから似た配列を高速にみつける
**BLATを使ってゲノムから似た配列を高速にみつける [#g259b0b1]
--以下の「ppar gamma」のmRNA配列と類似の配列をBLATを使って検索してみましょう
---humanゲノムの中から検索してみましょう
---chimpゲノムの中から検索してみましょう
---dogゲノムの中から検索してみましょう

 >PPARG (Homo sapiens)
 GGCGCCCGCGCCCGCCCCCGCGCCGGGCCCGGCTCGGCCCGACCCGGCTCCGCCGCGGGCAGGCGGGGCC
 CAGCGCACTCGGAGCCCGAGCCCGAGCCGCAGCCGCCGCCTGGGGCGCTTGGGTCGGCCTCGAGGACACC
 GGAGAGGGGCGCCACGCCGCCGTGGCCGCAGATTTGAAAGAAGCCAACACTAAACCACAAATATACAACA
 AGGCCATTTTCTCAAACGAGAGTCAGCCTTTAACGAAATGACCATGGTTGACACAGAGATGCCATTCTGG
 CCCACCAACTTTGGGATCAGCTCCGTGGATCTCTCCGTAATGGAAGACCACTCCCACTCCTTTGATATCA
 AGCCCTTCACTACTGTTGACTTCTCCAGCATTTCTACTCCACATTACGAAGACATTCCATTCACAAGAAC
 AGATCCAGTGGTTGCAGATTACAAGTATGACCTGAAACTTCAAGAGTACCAAAGTGCAATCAAAGTGGAG
 CCTGCATCTCCACCTTATTATTCTGAGAAGACTCAGCTCTACAATAAGCCTCATGAAGAGCCTTCCAACT
 CCCTCATGGCAATTGAATGTCGTGTCTGTGGAGATAAAGCTTCTGGATTTCACTATGGAGTTCATGCTTG
 TGAAGGATGCAAGGGTTTCTTCCGGAGAACAATCAGATTGAAGCTTATCTATGACAGATGTGATCTTAAC
 TGTCGGATCCACAAAAAAAGTAGAAATAAATGTCAGTACTGTCGGTTTCAGAAATGCCTTGCAGTGGGGA
 TGTCTCATAATGCCATCAGGTTTGGGCGGATGCCACAGGCCGAGAAGGAGAAGCTGTTGGCGGAGATCTC
 CAGTGATATCGACCAGCTGAATCCAGAGTCCGCTGACCTCCGGGCCCTGGCAAAACATTTGTATGACTCA
 TACATAAAGTCCTTCCCGCTGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGATCTTGACAGGAAAGACAACAGACAAAT
 CACCATTCGTTATCTATGACATGAATTCCTTAATGATGGGAGAAGATAAAATCAAGTTCAAACACATCAC
 CCCCCTGCAGGAGCAGAGCAAAGAGGTGGCCATCCGCATCTTTCAGGGCTGCCAGTTTCGCTCCGTGGAG
 GCTGTGCAGGAGATCACAGAGTATGCCAAAAGCATTCCTGGTTTTGTAAATCTTGACTTGAACGACCAAG
 TAACTCTCCTCAAATATGGAGTCCACGAGATCATTTACACAATGCTGGCCTCCTTGATGAATAAAGATGG
 GGTTCTCATATCCGAGGGCCAAGGCTTCATGACAAGGGAGTTTCTAAAGAGCCTGCGAAAGCCTTTTGGT
 GACTTTATGGAGCCCAAGTTTGAGTTTGCTGTGAAGTTCAATGCACTGGAATTAGATGACAGCGACTTGG
 CAATATTTATTGCTGTCATTATTCTCAGTGGAGACCGCCCAGGTTTGCTGAATGTGAAGCCCATTGAAGA
 CATTCAAGACAACCTGCTACAAGCCCTGGAGCTCCAGCTGAAGCTGAACCACCCTGAGTCCTCACAGCTG
 TTTGCCAAGCTGCTCCAGAAAATGACAGACCTCAGACAGATTGTCACGGAACACGTGCAGCTACTGCAGG
 TGATCAAGAAGACGGAGACAGACATGAGTCTTCACCCGCTCCTGCAGGAGATCTACAAGGACTTGTACTA
 GCAGAGAGTCCTGAGCCACTGCCAACATTTCCCTTCTTCCAGTTGCACTATTCTGAGGGAAAATCTGACA
 CCTAAGAAATTTACTGTGAAAAAGCATTTTAAAAAGAAAAGGTTTTAGAATATGATCTATTTTATGCATA
 TTGTTTATAAAGACACATTTACAATTTACTTTTAATATTAAAAATTACCATATTATGAAATTGCTGATAG
 TA

-Gene Sorterを使って特定の遺伝子群を取得する
**Gene Sorterを使って特定の遺伝子群を取得する [#xce0af98]
--「pparg」で検索してみましょう
--初期状態では発現パターンが似ている遺伝子順に表示されています。これをpparg遺伝子と配列が似ている順に並べ替えてみましょう
---「sort by」のところを「Protein Homology - BLASTP」に変更します
--どれくらい似ているのか表示させてみましょう
---「configure」のところから「%ID」をチェックして、「submit」ボタンを押します
---%IDの列が追加されたのを確認しましょう
--E-valueで遺伝子を絞り込みましょう
---「filter」の「E-value」「Maximum」のことろに「1e-100」と入力して「submit」ボタンを押します
---E-valueが 1e-100 よりも小さい遺伝子だけが残ったことを確認しましょう
--これら絞り込んだ遺伝子の配列を取得しましょう
---「output」の「sequence」からDNA塩基配列やmRNAの配列、タンパク質のアミノ酸配列を取得できます
---「配列の上流1000bp」といった取り方もできるので、プロモーター領域に共通の配列がないか調べることもできます

**[[Ensembl>http://www.ensembl.org/index.html]] [#t6ec6aa0]
*[[Ensembl>http://www.ensembl.org/index.html]] [#t6ec6aa0]
-[[ミラーサイト>http://ensembl.genomics.org.cn/index.html]]

-Ensemblの使い方:[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20070912.html]]
-Ensemblの使い方(配列比較):[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080214.html]]
-Ensemblの使い方(配列取得):[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080221.html]]
-Ensemblの使い方(塩基配列のアラインメント):[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080306.html]]
-Ensemblの使い方(ライフサイエンス統合データベースセンターのデータをEnsmblに表示させる):[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080418.html]]
-Ensemblの使い方(古いアノテーションデータを使う場合):[[統合TV>http://togotv.dbcls.jp/20080501.html]]

**Ensemblで遺伝子を検索する [#o4b8c835]
-Ensemblからhumanのページを表示させます
--「ADH1」遺伝子(アルコールデヒドロゲナーゼ)を検索してみましょう
--検索結果の右側にある「contig view」をクリックします
---何番染色体にあるか確認しましょう
---前後にどのような遺伝子があるのか確認しましょう
--画面からESTの情報を消して、SNPの情報を表示させてみましょう
---「features」の「EST gene」のチェックを外して、「SNPs」にチェックを入れます
---一番下の「close menu」をクリックすると、自動的に画面が更新されます
---表示が変わったことを確認しましょう
--他の生物で配列が類似の遺伝子を表示させてみます
---「Comparative」の「cat」と「mouse」にチェックを入れて「close menu」をクリックしてみましょう
---猫とネズミでヒトのADH1と類似している部分がピンク色で表示されます
---ドットプロットの表示:ピンク色の部分をクリックして「dotter」を選択してみましょう
---ヒトとネズミのADH1周辺遺伝子の比較:ピンク色の部分をクリックして「MultiContigView」を選択してみましょう
---ネズミのADH1は何番染色体にありますか?周りにはどのような遺伝子がありますか?

--DASによる情報の追加
**DASによる情報の追加 [#m5b9e5e8]
---NCBIが提供している「Refseq」のデータをEnsembl上に表示させてみましょう
---「DAS source」の「Refseq」にチェックを入れて「close menu」をクリック
---Refseqの情報が表示されたのを確認しましょう

-Biomartによる配列の取得
**Biomartによる配列の取得 [#i3afc7d0]
--画面の右上にある「Biomart」をクリックします
--「CHOOSE DATABASE」から「Ensembl 50」を、「CHOOSE DATASET」から「Homo sapiens genes (NCBI36)」を選択します
---右上にある「Count」を押して、登録されている遺伝子の数を確認しましょう
--すべての遺伝子の中から必要な遺伝子のみを取り出します
---「Filters」をクリックします
---「GENE Ontology」をクリックします
---「molecular function」にチェックを入れ、ボックスに「GO:0003700」(転写因子のID)と入力します
---「Count」をクリックして、該当する遺伝子の数を確認しましょう
---「Results」をクリックして結果の一部を表示させてみましょう
---初期設定ではIDのみが表示されています。「Attribute」をクリックして、「Gene」にあるリストから表示項目を変更できます。適当にチェックを入れて「Results」をクリックし、表示が変わるかどうか確認しましょう
--それぞれの遺伝子の上流域(制御領域)の配列を取得します
---「Attribute」をクリックして、「Features」になっているのを「Sequences」に変更します
---「Flank (Gene)」を選択します
---「upstream flank」をチェックして取得する配列長さ(例えば1000)を指定します
---「Results」をクリックすることで、10遺伝子の上流配列が得られます
---最終的に全配列を取得するには、「Go」をクリックします

*データベース等のリンク [#td5c798d]
**ゲノムブラウザ [#x140f73b]
-UCSC Genome Browser
-- http://genome.ucsc.edu/
-Ensembl
-- http://www.ensembl.org/index.html
-- http://ensembl.genomics.org.cn/index.html (mirror)

----
[[AJACS10/neta]]に戻る