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AJACS10/mitsuhashi のバックアップ差分(No.4)


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[[AJACS7]]
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目次

#contents
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* アナトモグラフィーとは [#r6057b79]
解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図(アナトモグラム)を描くツールです。

* アナトモグラフィーの場所 [#x2e9081e]
-[[統合データベースプロジェクト:http://lifesciencedb.jp]]の「統合ツール」もしくは、「ボディパーツ3D緑のバナー」から。
-[[トップページURL (http://lifesciencedb.jp/ag):http://lifesciencedb.jp/ag]]
-[[「アナトモグラフィー」でgoogle検索:http://www.google.co.jp/search?q=%E3%82%A2%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%A2%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%BC&lr=lang_ja&ie=utf-8&oe=utf-8&aq=t]]

*【実習1】エディタを使って心臓をかく [#tcc34719]

-手順1 トップページのアナトモエディタ(http://lifesciecendb.jp/ag)にアクセス
-手順2 初期状態で表示されている全身を削除
-手順1 トップページのアナトモエディタ([[http://lifesciecendb.jp/ag]])にアクセス
#ref(1-1.jpg,left)
-手順2 初期状態で表示されている「全身」を削除
-- 中央下の選択臓器リストの「全身」の左端のボックスをチェック
--「Delete Checked」ボタンを押下
--右下の「Drawボタン」を押下(因みに、「Drawボタン」右の「Redraw on change」をチェックすると、毎回「Drawボタン」を押下しなくても再描画する)
#ref(1-2.jpg,left)
-手順3 心臓を臓器一覧から選択し、選択臓器リストに追加
--左側臓器名のツリーの「循環器系」→「心臓」とたどり、心臓をクリック
--左下の「Organ Information」の「add」ボタンを押下
--右下の「Drawボタン」を押下
--画面の両端が切れているので、ウィンドウサイズを調整し正方形に近い画面(例:500x500)に修正する。
--右下の「Drawボタン」を押下
#ref(1-3.jpg,left)
-手順4 右心室を半透明にし、右心室内を表示する
--左側臓器名のツリーの「循環器系」→「心臓」→「心室」→「右心室」とたどり、選択臓器リストに「右心室」を追加
--左側臓器名のツリーを「循環器系」→「心臓」→「心室」→「右心室」とたどり、選択臓器リストに「右心室」を追加
--「右心室」のOpacity(不透明値)を0.3〜0.4程度にする
--右下の「Drawボタン」を押下
#ref(1-4.jpg,left)
-手順5 心室中隔(右心室と左心室間の壁)を着色し、表示
--左側臓器名のツリーの「循環器系」→「心臓」→「心室」→「心室中隔」とたどり、選択臓器リストに「心室中隔」を追加
--右下の「Drawボタン」を押下
--左側臓器名のツリーを「循環器系」→「心臓」→「心室」→「心室中隔」とたどり、選択臓器リストに「心室中隔」を追加
--心室中隔の領域を着色(下絵では赤)して明示
--右下の「Drawボタン」を押下(冠状動脈が内部の心室中隔まで栄養していることが確認できる)
#ref(1-5.jpg,left)
-手順6 循環器系(主に全身の血管)を表示
--左側臓器名のツリーで「循環器系」を選択し、表示。(BodyParts3Dで作成された範囲で)全身の血管が表示され、心臓は小さくなる。
-手順6 心臓周辺の血管を追加表示
--左側臓器名のツリーで「循環器系」を選択し、「Drawボタン」を押下して表示。(BodyParts3Dで作成された範囲で)全身の血管が表示され、心臓の表示は小さくなる。血管の名前がわからなくてもまとめて追加できる。
#ref(1-6.jpg,left)
-手順7 右心室周辺だけを拡大
--選択臓器リストの「右心室」の「zoom」ボックスをチェック
--「Drawボタン」を押下
#ref(1-7.jpg,left)

*【実習2】AQP3遺伝子の臓器別発現量を、表形式(CSVフォーマット)で一括入力して、人体ヒートマップで表示し発現状況を可視化する [#o25f3754]

-手順1.アナトモグラフィー(Anatomography)エディタ(CSVデータ入力)画面を表示します。
--[[アナトモエディタ:http://lifesciencedb.jp/ag/]]上部の~
”臓器名と数値(例:発現量など)を表形式...こちらから”の[[”こちら”:http://lifesciencedb.jp/ag/form/indexCSV.jsp]]からをクリック。~
#ref(2-1.jpg,left)
もしくは、
--[[URL(http://lifesciencedb.jp/ag/form/indexCSV.jsp):http://lifesciencedb.jp/ag/form/indexCSV.jsp]]を入力してアクセス。

-手順2.以下の表形式データをテキストエリア(臓器)に貼り付けます。~
-手順2.以下の表形式データをマウスで選択してコピーしてテキストエリア(臓器)に貼り付けます。~
各列(カンマ区切り)の意味は以下の通りです。

 臓器名, s(表示) or z(拡大表示), 色情報(数値 or RGB(例:255,0,0)), 不透明度(0.0-1.0 省略時:1.0(不透明))

 腎臓,s,300
 気管,s,1500
 唾液腺,s,1000
 膵臓,s,1200
 前立腺,s,1250
 肺,s,1500
 肝臓,s,250
 骨,s,-1,-1,-1,0.5

#ref(2-2.jpg,left)

-手順3.画面下の「Submit」ボタンをクリックします。~
カラーバーを表示したい場合は、「カラーバーの表示」をOnにします。

#ref(anatomography2570.png,left)
#ref(2-3.jpg,left)
//#ref(anatomography2570.png,left)

-おまけ:特定の臓器を拡大表示したい場合は、s→zに変えます。以下のように皮膚以外の臓器をzにすると、皮膚以外の臓器全てがちょうど収まるようにズームされます。
-おまけ:特定の臓器を拡大表示したい場合は、s→zに変えます。以下のように皮膚以外の臓器をzにすると、骨以外の臓器全てがちょうど収まるようにズームされます。

 腎臓,z,300
 気管,z,1500
 唾液腺,z,1000
 膵臓,z,1200
 前立腺,z,1250
 肺,z,1500
 肝臓,z,250
 骨,s,-1,-1,-1,0.5

#ref(Image22.jpg,left)

* 講習会資料(pdf)ダウンロード [#f0a61c25]

#ref(ajacs10(湘南)アナトモグラフィー.pdf,left)

* 統合TVアナトモグラフィー [#a590bc4f]
-http://togotv.dbcls.jp/movie/080926ag3_f.html
-http://togotv.dbcls.jp/movie/080606AgService2_f.html