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EBI-Roadshow-jp

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_ EBI 講習会

EBI Roadshow poster

この講習会は、EnsemblArrayExpressInterProBRENDAPRIDEIntActReactomeなどの、主にヨーロッパで開発されている公共データベースの使い方について知ってもらうことを目的としています。講習会では、これらのデータベースを開発・運用している欧州バイオインフォマティクス研究所 (EBI) から講師をお招きして、各データベースに関する「講義」と、それらをPC上で実際に操作する「実習」を行います。詳細は EBI Roadshow のページをご覧ください。なお、講習会は英語で行われますのでご留意ください。

日時
2011年9月5日(月)- 6日(火)
場所
ライフサイエンス統合データベースセンター(東京都文京区弥生2-11-16 東京大学工学部12号館4階)
定員
24人
参加費用
無料
昼食
軽食を用意します
PC
こちらで用意します(Macbook)
懇親会
9月5日 17:30〜 (3,000円)
申し込み
お申し込みは英語でお願い致します。
8月8日に申し込みを締め切りますので、お早めのご登録をお願い致します。
申し込み受付は終了しました。
参加申し込みをされた方には、確認のメールを送信しております。メールが届かない方や、覚えのないメールを受けとられた方はお問い合わせのメールまでご連絡をお願い致します。
お問い合わせ
EBI-roadshow at dbcls.rois.ac.jp
主催
European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 日本DNAデータバンク (DDBJ)
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
共催
科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)

_ プログラム

Day 1: Access to Genes and Genomes with Ensembl (Jana Vandrovcova)
09:00 - 09:15 Welcome remarks from the organizers
09:15 - 09:45 Introduction to EBI: overview of most relevant databases (Lecture)
09:45 - 11:15 Origin, goals, data and analysis in the Ensembl project Website Walkthrough
11:15 - 11:30 Coffee Break
11:30 - 12:15 Ensembl exercises

12:15 - 13:15 Lunch

13:15 - 14:15 Retrieving datasets using the data mining tool BioMart (Lecture and exercises)
14:15 - 15:15 Comparative genomics and proteomics: orthologues, protein families, whole genome alignments and syntenic regions (Lecture and exercises)
15:15 - 15:30 Coffee break
15:30 - 16:30 Variations: Single nucleotide polymorphisms in Ensembl, comparison of strains, breeds, individuals using the browser and BioMart (Lecture and exercises)
16:30 - 17:15 Case Study Exercises, or browse your own gene or region
Day 2: Transcriptomics and Pathways (James Watson)
09:00 - 10:30 Functional Genomics resources at the EBI: ArrayExpress and Expression Atlas (Lecture)
10:30 - 10:45 Coffee break
10:45 - 12:30 ArrayExpress/Atlas exercises

12:30 - 13:30 Lunch

13:30 - 15:30 Reactome: a curated biological pathway database (Lecture and hands on)
15:30 - 15:45 Coffee break
15:45 - 17:00 More exercises & Questions

_ 日本で開催されるその他のEBI講習会

2011年9月7日00/0 昭和薬科大学(東京)
2011年9月8-9日00 理化学研究所(横浜)
2011年9月12-13日 大阪大学(大阪)
2011年9月15-16日 沖縄科学技術研究基盤整備機構(沖縄)

詳しくは http://www.ebi.ac.uk/training/roadshow/110905_Japan.html をご覧ください。

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Link: AJACS(819d) EBI-Roadshow(2053d)
Last-modified: 2011-08-09 (火) 18:42:49 (2086d)