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AJACS9/hono

AJACS9

_ BioGPS

ヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベース

  • BioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChip?を用いた遺伝子発現プロファイルのデータベース。
  • GNF SymAtlas【参考動画】のメジャーアップデート版。
  • マウスのエキソンアレイのデータが追加されたので、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることが可能。
  • 検索した遺伝子に対して、種々の外部データベースに横断検索することができる。

_ 【実習】BioGPSを使ってある遺伝子の発現プロファイルを調べる

  • 【使い方参考動画】
  • 1. https://biogps.gnf.org/を開きます。
  • 2.骨格筋の分化決定遺伝子であるMyogenic differentiation 1(MyoD)の発現プロファイルを調べてみましょう。中央の検索窓に「myod」と入力し、「search」を押します。
  • 3. 表示された検索結果をクリックします。
  • 4. 最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。
  • 5. マイクロアレイデータ左上の「Human(4654)」をクリックするとマウスやラットを選択できるので、「Mouse(17927)」をクリックしてマウスのデータを表示できます。
  • 6. MyoDはどの組織、細胞で強く発現しているでしょうか?
  • 7. 右上の「default rayout」をクリックすると、検索した遺伝子に関するマイクロアレイデータ以外のデータが閲覧できますが、どのようなデータが閲覧できるのか調べてみましょう。
  • 8. 左上の「Search」タグをクリックして検索画面にもどり、自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。
 
Link: AJACS9(3972d)
Last-modified: 2009-04-17 (金) 15:30:15 (3999d)