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AJACS7/yn」

AJACS7


目次


_ Kazusa Annotation Suiteの活用 岡本忍、中尾光輝、藤澤貴智、○中村保一1(かずさDNA研、1 遺伝研)

_ KazusaAnnotationhttp://a.kazusa.or.jp

  • ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
  • 63,652 エントリ 173,530 アノテーション 194,240 タグ (2008年10月31日14時現在)
  • なぜこんなものをつくったのか
    • ゲノムの「アノテーション」が怪しい
      • アノテーションとは、遺伝子の場所や機能を推測した情報
    • アノテーションの改善が必要。しかしあまりに膨大
    • 大勢の力を結集することが必要
    • そのための仕組みとして、ソーシャルブックマークを利用する
      • 普通のブックマークはあなたのパソコンのなか、ソーシャルブックマークはネット上で共有するブックマーク
      • 詳細は、googleで検索してみてください
  • どんな情報が入っているのか
    • シアノバクテリア(酸素発生型光合成細菌)
    • 根粒菌(細胞内共生型窒素固定最近)
    • 高等植物(マメ科植物のミヤコグサ)

とくにかずさDNA研究所が世界で初めて全ゲノムを決定した独立栄養生物であるSynechocystis PCC6803の論文はほぼ全部、入力されています。これはすごい!

_ 【実習1】KazusaAnnotationの利用例

  1. 1. http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう (画像)
  2. 2. 酸素発生型光合成細菌のSynechocystisの光合成系IIの遺伝子psbAのアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis psbA」と入れて「検索」を押します
  3. 3. このように検索結果が表示されます (結果へのリンク) (画像)
  4. 4. sll1867 の赤い字でしめされた「1117 annotations」をクリックすると sll1867 遺伝子についたアノテーション(=ブックマーク)が一覧されます。(結果へのリンク) (画像)
  5. 5. Pubmed ID: のなかから、12228353 をクリックすると、その遺伝子に言及した論文の情報が表示されます。そこからPubmedに行くこともできます。(結果へのリンク) (画像) (画像)
  6. 6. 右下の Tableview リンクをたたくと、この論文へのアノテーションの一覧がテーブル形式で表示されます。論文中のどこにこの遺伝子名がでてきたかが登録されています (結果へのリンク) (画像)

_ 【実習2】遺伝子の検索例

(1) 以下の遺伝子名/遺伝子IDで google 検索 (2) 以下の遺伝子名/遺伝子IDで KazusaAnnotationでも検索して比較。上記のようにさまざまな方向から眺めてみましょう

  • 以下のように、Synechocystisの特定の遺伝子に言及したすべての論文を確認することができます

_ 【参考】OpenID について

  • OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
  • こちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
  • openid.dbcls.jp
    DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
    統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
    ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
    使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
    (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
  • ご自身のメイルを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
  • 統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ ナドで活用できます。

_ KazusaNavigationhttp://navi.kazusa.or.jp

  • コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
  • ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

_ 【実習3】KazusaNavigationの利用例

  1. 1. http://navi.kazusa.or.jp を開き (画像)
  2. 2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます (画像)
  3. 3. そのなかから「植物研究イヴェント案内」を開く
  4. 4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する (画像) (画像)
  5. 5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。
  • &ref(): File not found: "rss.png" at page "AJACS7/yn」"; RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
  • OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

_ KazusaWikihttp://wiki.kazusa.or.jp

Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

_ 【実習4】KazusaWikiの利用例

  1. 1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く (画像)
  2. 2. 左下の検索窓で「トマト」で検索
  3. 3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる (画像)
  • OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

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Link: AJACS7(4061d) KazusaAnnotation(4190d) KazusaWiki(4190d) KazusaNavigation(4190d)
Last-modified: 2009-01-15 (木) 16:52:52 (4101d)