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AJACS7/oreno

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目次


_ 講習用パソコンのログインアカウントについて

  • アカウントを持っていない方は申し出てください。
  • アカウントを持っている方は、ご自分のアカウントを使ってログインしてください

_ 自己紹介

  • 河野 信(かわの しん)といいます
  • 旭川出身
  • 北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

_ 参加者アンケート

  • おもにMacの人:10
  • おもにWindowsの人:15
  • ウェブブラウザはInternet Explorerの人:8
  • ウェブブラウザはFireFox?の人:9
  • ウェブブラウザはSafariの人:2
  • ウェブブラウザはOperaの人:1
  • データベースを良く利用する人:8
  • バイオインフォマティクスを使っている人:9
  • ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:10

_ 統合データベースのサービスの概要

http://lifesciencedb.jp

  • ポータル
    • データベースカタログ
      • 文字通り「データベースのデータベース」です。
      • データベースにメタデータ(≒アノテーション、タグ)を付けて検索をしやすく
      • 日本国内で作られたものが中心
      • DBの形式、対象、生物種、提供機関などで分類されている
  • DB検索
    • 横断検索
      • 調べたいことを、いろいろなデータベースを串刺しにして一括検索!
      • 入力キーワードに関連する遺伝子、文献、特許などを一括で検索できる
      • 左側のタブから項目別の検索結果を表示可能(特許など)
      • 日本語でも英語でも入力可能(ライフサイエンス辞書で自動的に翻訳して検索している)
      • 自動補完(サジェスト機能)付き
      • 右上の検索窓から検索可能
      • ブラウザとしてFire Foxを使っている場合、検索バーに登録することでブラウザの検索窓からも検索することが可能
  • DNAデータベース総覧と検索
    • DDBJ/EMBL/GenBank?(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
    • 「生物種」と「研究の型」の二次元で分類
    • データを一括ダウンロード可能
  • 遺伝子発現バンク(GEO)目次
    • GEO(Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
    • 「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類
    • データを一括ダウンロード可能
  • 文献検索
    • 蛋白質核酸酵素 全文検索
      • 共立出版より出版されている月刊紙「蛋白質核酸酵素」の過去記事を検索・閲覧できます
      • 3年前より前のレビュー記事の閲覧ができます(出版社との契約の関係でダウンロード・印刷はできません)
      • 増刊号や連載記事などは検索の対象外
      • 最新の記事についても全文検索を可能にする予定 → 該当する号へリンク
  • 学会要旨統合検索
    • 遺伝学会、進化学会などの年会要旨を検索できる
    • 年会要旨は冊子なので、検索が難しい。しかも分厚い
    • 国内の研究動向を調べるのに便利。(どこの大学でどんな研究が行われているか)
  • 新聞記事検索
    • 毎日新聞に掲載された生命科学系の記事を検索できます

これらの文献検索については、横断検索からまとめて検索できます

  • Allie
    • 科学論文で出てくる略語の正式名称を調べることができる
    • 正式名称のほか、使われている数、一緒に出てきやすい略語、その略語が最初に使われた論文も表示される
    • もともとは違う言葉なのに同じ略語が使われている場合、どれが優勢か?いつ頃からその略語が使われているのか?なども調べることができる
    • 使用されている回数や、初めて使われた年などで表示順の並べ替えができる
  • 遺伝子名シソーラス検索
  • 遺伝子名ゆらぎ吸収システム 遺伝子・タンパク質名辞書
    • 同じ遺伝子・タンパク質なのに、研究分野によって違う名前で呼ばれることがよくある
    • 辞書を作って名前を変換
  • 統合ツール
    • アナトモグラフィー/BodyParts3D
      • オンライン3D人体地図サービス
      • 人体の器官のデータベース(かたちと名前の辞書)
      • 器官のかたちや場所を視覚的に見ることができる
      • 数字のデータを人体にマッピングすることも可能
  • Wired Maker
    • ウェブページに引く「消えないマーカー」
    • Fire Foxのアドオンとして利用可能
    • 引いたマーカーはいつでも再検索可能
  • リソース
    • 辞書
      • 統合データベースセンターで提供している辞書、ツールなどをダウンロードできる
    • 生物アイコン
      • 生物の写真や絵を発表などで使う場合、著作権関係が問題になったりする場合有り → 再配布可能な写真・絵の提供(クリエイティブコモンズライセンス)
      • 学名の生物がどんな奴かを調べたり、学名を調べたりもできる
  • 教育・人材育成
    • 統合TV
      • データベースやツールの使い方を動画で解説
      • 統合データベースセンターが提供するサービスの解説動画
      • 統合DBセンターの関係者が行った講演の様子も配信されています
  • 共通基盤技術
    • TogoDB
      • Excelの表などからもデータベースを作成して公開できる
      • サーバの準備や設定が不要
    • TogoWS
      • DDBJ, KEGG, PDBj などのデータベースや解析サービスをウェブを通じて一元的に利用可能にする
      • プログラマ向けのサービスです
    • OpenID
      • ひとつのIDで複数のサイトにログインできるサービス
      • センターに関連するサービスはこのIDひとつで利用可能(ほとんどのサービスはIDなしで利用できる)
  • 統合DB事業
    • 統合データベース事業の情報公開・外部評価
    • ぜひ「統合データベースプロジェクト」事業成果の評価にご協力下さい!!
  • 参画分担機関・補完課題の成果
    • 各参画機関の成果を集めたリンク集
    • 本日はかずさDNA研究所での成果を中村先生に紹介していただく予定です

_ 統合データベースを使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術

_ PC操作の基本中の基本

クリック
マウスのボタンを押すこと。左側のボタンを押せば「左クリック」、右側のボタンを押せば「右クリック」
ダブルクリック
マウスのボタンを2回連続で押すこと
ドラッグ
マウスのボタンを押したままマウスを動かすこと
部分選択
選択したい部分で、マウスの左ボタンを押しながらドラッグする
全選択
キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「A」を押す(Macの場合は「Ctrl」の代わりに「command」ボタンを押しながら「A」)
コピー
キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「C」を押す
ペースト
キーボードの「Ctrl」ボタンを押しながら「V」を押す

_ まずはこのページにたどり着く

  • ウェブブラウザ(Internet Explorer?)を開いて
  • ページの下の方に講習会のプログラムがあります。タイトルをクリックすると、各講習の資料のページに行けます。
  • このページを開いたまま、他のページを開くには
    • リンクをクリックするときに「右クリック」でクリックするとメニューが出てきます
    • 「新しいウインドウで開く」もしくは「新しいタブで開く」を選ぶと、元のページを残したまま新しいページを開けます。

_ インターネット検索

ま、とにかく、まずは「ググれ」

http://www.google.co.jp/

_ Google

詳しくはAJACS湘南/講習内容/part1を。

Database Center for Life Science

でググると、

  • 「日本語のページを検索」 43,100件
  • 「ウェブ全体から検索」 399,000件
  • 【演習】上記語句で検索してみましょう
  • 【演習】検索窓の右にある「検索オプション」をクリックして絞り込みをかけてみましょう。「フレーズを含む」に上記語句を入力して検索すると、結果はどうなりますか?
  • 【演習】「キーワードを含めない」に dbcls と入力して検索すると、結果はどうなりますか?
  • 【演習】「ドメイン」に mext.go.jp と入力して検索すると、結果はどうなりますか?
  • 【演習】Yahoo!JAPANの検索エンジンでは何件?




blast

について調べてみる。

  • 【演習】googleに戻って、上記語句で検索してみましょう
  • 【演習】「検索オプション」の「filetype」に ppt を指定して検索すると、結果はどうなりますか?

_ NCBI Entrez

「NCBIのデータベース」の入り口。

http://www.ncbi.nih.gov/

  • 【演習】NCBI Entrezで'E. coli'を検索してみましょう。
    • 【小技】FireFox?の場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Entrez search」を検索バーに登録できます

_ PubMed

泣く子も黙るNational Center for Biotechnology Information (NCBI)提供の学術論文検索の総本山

http://pubmed.gov

http://pubmed.org でも可

  • 【演習】E. coli O157のゲノム決定論文を探してみよう
    1. 検索窓に E. coli と入れてGoをクリック
      • 「Items of」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数
    2. O157 を追加して「E. coli O157」で絞り込み検索する
    3. さらにgenome を追加して「E. coli O157 genome」で検索する
      次第に絞り込まれ数が減少していく
    4. completeを追加して完全ゲノムの論文を絞り込む。
      これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。
    5. 【小技】実際にどのようなタームに展開されて検索されているかは「Datails」タブをクリックするとわかる
      「MeSH (Medial Subject Headings)」とはデータベース側で定義されたキーワード(メタデータ=タグ)
      「Query Translation」を編集すれば、自分の思い通りの検索ができるが、素人にはお勧めできない。
    6. 【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
  • 【小技】FireFox?の場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

_ Google Scholar

学術系のgoogle検索

http://scholar.google.com

学術専門誌、論文、書籍、要約など、さまざまな分野の学術資料を検索。ISIと契約するお金がなくても、論文引用数の概数を知ることは可能。たとえば、Kawano, S. さんの発表論文や講演要旨をさがしてみよう。

author:s-kawano

s kawano さん、多すぎです。以前の所属である Kyoto university を追加してみよう。

author:s-kawano Kyoto university
  • 【課題】: s-kawano さんが、京都大学で発表した論文のなかで、いちばん引用されてるのはどれだろうか。

basic local alignment search tool で検索し、引用元を確認
文献管理ソフトであるBibTeXやEndnoteに取り込むためのファイルダウンロードが可能。see. 検索設定

_ 書籍検索

http://books.google.com

  • 本の一部を読むこともできる。
  • 【課題】: 「実験法」で検索するとどのような本がヒットするか?

_ 特許検索

http://www.google.com/patents

_ EMBOSS

  • 配列解析のツール集
    • ここには151個のツールがあった
  • こっそり公開中(日本語化の途中)
    wossname
    というプログラムでEMBOSSにあるプログラムが検索可能
  • 【課題】: 「翻訳」で検索するとどのようなツールがヒットするか?
  • 【課題】: 以下の配列を翻訳してみましょう
    TACGAGAGCTGGGAGTGCGCCAAC

このほかにも本当にいろいろなツールがあるのでぜひ使い倒してみてください

_ 研究を円滑に?進めるための情報共有ツール

_ ローカルで(or 共同研究者と)のファイルのやり取り

  • Wiki
    • ブラウザから書き込める掲示板。アクセスコントロールすることで、特定の人だけが使えるようにできる。
  • IP Messenger
    • LAN用メッセージングソフト。要するに研究室内の他の人にファイルを送るためのソフト。
    • http://www.ipmsg.org/
  • Skype, AIM/iChat
    • アカウントを取る必要がありますが、LAN以外の共同研究者とメッセージやファイルををやりとりしたりできます。
skype
http://www.skype.com/intl/ja/
AIM
http://www.jp.aol.com/aim/index.html

_ 情報収集

  • RSSリーダー
    • RSSに対応しているページを登録しておくと、ウェブを定期的に巡回して最新の情報を集めてくれる
    • FireFox?やSafariだとブラウザに登録できる
    • ウェブ上に登録することもできる
  • Twitter
    • 日常の些細なことをつぶやく。質問をぼそっとつぶやくと、誰かが答えてくれることも?
    • http://twitter.com
 
Last-modified: 2009-01-23 (金) 10:55:59 (4093d)