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AJACS7/hono

AJACS7

統合TVを駆使した遺伝子発現データの使い倒し術    担当:小野浩雅

目次

_ 自己紹介

  • 小野 浩雅 (おの ひろまさ)
  • 日大 生物資源 D2在籍中
  • 研究テーマ『体細胞の脱分化および多能性獲得機構の網羅的解析』
  • Wet & Dry
  • DBCLSで統合TVのProducer 兼 Editor

_ 統合TV について少々

  • http://togotv.dbcls.jp/
  • とうごうてぃーびー or とうごうてれび と発音します。
  • 統合TV』や『togotv』、『とうごうてれび』などのキーワードで検索すれば、ほぼトップに出てくるはず、です。
    • 生命科学分野の有用なDBやウェブツールの使い方などを動画で発信するウェブサイトです。
    • コンテンツ数:124 (2009年1月22日現在)
  • Flashムービー or QuickTime?ムービーで閲覧可能。
  • Videocastでも配信中 → iTunesで自動受信して、iPodで見られます。
  • みんな大好きYoutubeニコニコ動画にも同じ番組があります。

_ 統合TVの番組を検索・視聴する

_ 統合TVの番組を駆使した活用例 〜PCR用のプライマーを作成する〜

_ 遺伝子発現データに関する統合TV

_ BioGPS

ヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベース

  • BioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChip?を用いた遺伝子発現プロファイルのデータベース。
  • GNF SymAtlas【参考動画】のメジャーアップデート版。
  • マウスのエキソンアレイのデータが追加されたので、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることが可能。
  • 検索した遺伝子に対して、種々の外部データベースに横断検索することができる。

_ 【実習】BioGPSを使ってある遺伝子の発現プロファイルを調べる

  • 【使い方参考動画】
  • 1. https://biogps.gnf.org/を開きます。
  • 2.骨格筋の分化決定遺伝子であるMyogenic differentiation 1(MyoD)の発現プロファイルを調べてみましょう。中央の検索窓に「myod」と入力し、「search」を押します。
  • 3. 表示された検索結果をクリックします。
  • 4. 最初はヒトのマイクロアレイデータが表示されます。
  • 5. マイクロアレイデータ左上の「Human(4654)」をクリックするとマウスやラットを選択できるので、「Mouse(17927)」をクリックしてマウスのデータを表示できます。
  • 6. MyoDはどの組織、細胞で強く発現しているでしょうか?
  • 7. 右上の「default rayout」をクリックすると、検索した遺伝子に関するマイクロアレイデータ以外のデータが閲覧できますが、どのようなデータが閲覧できるのか調べてみましょう。
  • 8. 左上の「Search」タグをクリックして検索画面にもどり、自分の興味ある遺伝子について同様に検索してみましょう。

_ Mouse Genome Informatics(MGI)

マウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベース

_ 【実習】MGIを使ってある遺伝子の様々な実験条件で得られた発現データを閲覧する

_ 【参考】MGIでノックアウトマウス情報の有無を調べる

統合TVで紹介していますので興味ある方はぜひご覧ください。

_ NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

世界最大の遺伝子発現データベース(レポジトリ)

_ 【実習】GEOを使って、自分の興味のあるマイクロアレイ実験データセットを検索&生データをダウンロードする

  • 【使い方参考動画】
  • 1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/を開きます。
  • 2. 画面中央の「Platforms」をクリックします。
  • 3. Platform(マイクロアレイの種類)の一覧画面が現れるので、上部の「FIND PLATFORM」をクリックします。
  • 4. platformの検索画面が現れるので、「Company name」に「Affymetrix」、「organism」に「Homo sapiens」を選択し、「FIND PLATFORM」をクリックします。
  • 5. Affymetrixのヒトのマイクロアレイの検索結果が表示されるので、中程にある「Affymetrix GeneChip? Human Genome U133 Plus 2.0 Array」の左端にある「GPL570」というIDをクリックします。
  • 6. 表示された画面の真ん中あたりにある「series」下の「More...」をクリックすると、登録されているデータセットを閲覧できます。
  • 7. ブラウザの検索ボタンなどを使って「reprogramming」という単語を検索するとどういうデータがヒットするでしょうか?
  • 8. ヒットしたデータの左端にあるIDをクリックすると、そのデータセットの詳細情報が閲覧できます
  • 9. ページ下部の「Download family」の中にある「Series Matrix File(s)」をクリックすると正規化済みのデータのダウンロードリンクが表示されます。
  • 10. ページ最下部の「Supplementary file」にあるリンクから生データをダウンロードすることができます。
  • 11. 自分の研究テーマに近い、また興味のあるマイクロアレイデータが利用可能か検索してみましょう。

_ 【参考】遺伝子発現バンク(GEO)目次、通称「GEO目次」

  • 使い方参考動画
  • NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み
  • 今後さらに使いやすくアップデート予定
 
Link: AJACS7(4061d)
Last-modified: 2009-05-06 (水) 17:52:35 (3990d)