MotDB


AJACS5/bono

AJACS5


目次


_ その他DBCLS提供サービスの活用術

統合ホームページ中の項目でアイコン(これ→http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.gif)があるサービスは統合TVの動画による説明があります。実際に使う前に是非ご覧ください。

_ 統合TV

DBやウェブツールの使い方などを動画で発信するウェブサイト。コンテンツ数:104 (2008年10月11日現在)

  • コンテンツへの到達方法
    • 最近登録されたものを見る
    • 番組を検索する(ググる)
    • 番組カテゴリから探す
    • アクセスランキングが上のものから見る

統合TV自身も統合TVによる動画の説明があります: http://togotv.dbcls.jp/20080720.html を参照(YouTube版: http://jp.youtube.com/watch?v=iOG9dMQbir4 )

_ データベースカタログ

文字通り「データベースのデータベース」。日本国内のものが中心。DBの形式、対象、生物種、提供機関などで分類されている。
統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080508.html を参照(YouTube版: http://jp.youtube.com/watch?v=vAcuL1c3nto )

  • 【実習1】データベースカタログにアクセスし、「DB型」→「プロジェクト」のカテゴリーを表示しなさい。
  • 【実習2】「表示形式」を「サムネイル」から「リスト」、「詳細リスト」に変更してみなさい。その変更によってどういう情報が新たに付加されたか?
  • 【実習3】「表示順」をいろいろと変更してみなさい。コメントが書かれたデータベースが上に来るようにするにはどの表示順がよいか?
  • 【応用1】サムネイルに「休止中」と書かれたデータベースを見つけなさい。それらはなぜ休止中となっているか、その理由を考えてみなさい。

_ 生命科学学会・協会検索

国内の学協会を検索できます。年会の予定や、学会の規模、会費などを調べられる。
統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080826.html を参照(YouTube版: http://jp.youtube.com/watch?v=N1oDAEtE_fs )

  • 【実習1】生命科学学会・協会検索にアクセスし、「表示形式」を「サムネイル」から「リスト」、「詳細リスト」に変更してみなさい。その変更によってどういう情報が新たに付加されたか?

_ ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧

省庁毎のプロジェクト一覧。プロジェクトの目的や成果が調べられる。英語版も利用可能。

_ DNAデータベース総覧と検索

DDBJ/EMBL/GenBank?(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類。「生物種」と「研究の型」の二次元で分類。データを一括ダウンロード可能。
統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20080514.html を参照(YouTube版: http://jp.youtube.com/watch?v=VysWWfSyqVE )

  • 【実習1】「生物群区分」で特定のカテゴリーを選ぶと、研究プロジェクト数が絞り込まれることで数が変化する。「生物群区分」で「ヒト」を選ぶ前と後で「研究の型別分類」の「機能RNA・RNAゲノム」の項目はいくつからいくつに変化するか?
  • 【実習2】「生物群区分」で「ヒト」、「研究の型別分類」で「mRNA」を選んで得られる研究プロジェクトのリストを、「研究プロジェクトの一覧」を「サイズ順」にすることでデータサイズの大きなプロジェクト順に並び替えなさい。トップ3にランキングされる研究プロジェクトはそれぞれ何か?
  • 【実習3】統合ホームページ中の「ダウンロード」のタブをクリックすると、国内のゲノム・ポストゲノムプロジェクト配列データのダウンロードページに辿り着ける。この中から興味のあるプロジェクトを選び(例えば、シロイヌナズナ (Riken2004年))、公開されている配列をFASTA形式で一括ダウンロードしなさい。
  • 【応用1】上の実習でわずか数クリックで実現した一括ダウンロードできることのメリットは何か考えてみなさい。

_ 遺伝子発現バンク(GEO)目次

_ MotDB

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)を担っていく人材であるアノテータ、キュレータ、システムデータベース管理者向けの教材を提供するサイト。今回の統合データベース講習会で使用したコンテンツはここから利用可能です(復習にご利用ください)。その他、

  • アノテーター養成 (長浜バイオ大学)
  • DB高度利用者養成 (お茶の水女子大学)
  • DB構築者養成(東京大学 大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻)

で独自に作成した教材のwikiを閲覧したり、PDFファイルをダウンロードできる。 (MotDBはMaster of the databaseの略)

 
Link: AJACS5(4168d)
Last-modified: 2008-10-11 (土) 14:08:22 (4198d)