MotDB


AJACS44/bono

講習会のページに戻る

ゲノム情報を閲覧・取得し、活用する

講習では【実習】を皆さんとやっていきます。早くできてしまった人は、統合TVhttp://togotv.dbcls.jp/(←このアイコンが目印です) を参考に【発展】をやってみたりしてください。


目次


  • 【実習0】このコマの講師、坊農秀雅でググりなさい。何件ヒットがありますか?

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

    覗かないでね。;-p

_ ウイルスが宿主のゲノムに取り込まれているのを調べる

_ NCBI

National Center for Biotechnology Information. NIHの研究機関の一つで、生命科学系のデータベースの総本山。NCBI でググればトップに出てきます。

  • 【実習A2】右上の'Genome'の'1'をクリックすると、このウイルスのゲノム配列情報のページに飛ぶことができる。ゲノムサイズ、GC含量、遺伝子数を確認しなさい。

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

    ゲノムサイズ: 9.39kb、GC含量: 54.1%、遺伝子数: 4

  • 【実習A3】さらに'Graphics'をクリックするとどういった情報が得られるでしょうか?

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

    ウイルスゲノム配列にコードされた遺伝子がグラフィカルに表示される(ゲノムブラウザ)

  • 【実習A4】Taxonomy Browserのラウス肉腫ウイルスのエントリに戻り、右上の'Nucleotide'の数字をクリックし、ラウス肉腫ウイルスの核酸配列として登録されたレコードを閲覧しなさい。そして、上部の検索フォームに検索後'src'を追加することで絞り込み検索をかけ、v-src遺伝子の完全長配列(complete cds)を表示しなさい。

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

_ UCSC Genome Browser+BLAT

_ ウイルスの宿主のゲノムに付与されたアノテーションをゲノムブラウザ上で調べる

  • 【実習A6】BLAT検索結果の'browser'をクリックすると、検索配列がヒットしたゲノム領域にジャンプすることができる。出てきたページはゲノムブラウザと呼ばれ、ゲノム配列上のさまざまなアノテーションが「統合」されているツールである。

_ Ensembl Genome Browser

  • 【実習A7】同様のゲノムブラウザとしてよく使われているものにEnsembl(アンサンブル)がある。ヒトを中心に出芽酵母までのゲノムとそのアノテーションが閲覧できる。EnsemblでヒトSRC遺伝子を検索し、ゲノムブラウザ上でその領域を表示しなさい。さらに、zoom out機能を使い、SRC遺伝子コード領域の周りを表示しなさい。

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

    • 参考: http://jp.youtube.com/watch?v=RgSC-mii7Q8 Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める2009
    • 【発展B3】Ensembl Genomesにはさらに多くの生物種のゲノム情報が同じインターフェースで統合されている。生物種によって収録されている情報はさまざまである。上部の'Species'のリンクから検索ページを表示し、Drosophilaで検索し、各speciesでどの程度情報が利用可能となっているか調べなさい。その後、カイコ(Bombyx mori)のものと比較しなさい。

_ ゲノム配列が解読された生物種を調べる

_ GOLD

GOLD genome でググる

  • 【実習A8】GOLDにアクセスし、ゲノム配列解読プロジェクトが完了し、Complete Genomeが得られている生物種の数を調べなさい。また、それらの Archaeal/Bacterial/Eukaryalの内訳も調べなさい。

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

    2014年1月16日現在では、Complete Genome Projects: 12722 Archaeal: 317 Bacterial: 12093 Eukaryal: 312

_ DBCLSのツールを使ってみる

DBCLSではこれらのゲノムデータに対して素早く快適に検索ができるよう技術開発を行っております。その成果でできたツールを簡単に紹介します。

_ GGRNA

遺伝子名や断片配列(塩基配列やアミノ酸配列)でRefSeq?を検索できるサイト。DBCLS謹製。

http://GGRNA.dbcls.jp/

_ GGGenome

塩基配列を高速に検索することができるツール。代表的なモデル生物のゲノムまたは転写産物のデータベースを対象に検索可能。DBCLS謹製。

http://GGGenome.dbcls.jp/

  • 【実習A10】GGGenomeを使って、ヒトゲノム中で、塩基配列AGGTCAAAATGACCTが完全マッチする箇所は何箇所あるか調べなさい。またその検索に要した時間は何秒ほどか?

    ←こたえは左の+マークをクリックすると出てきます

 
Link: AJACS44(478d)
Last-modified: 2014-01-24 (金) 12:02:26 (1251d)