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AJACS35/so

AJACS35


目次


_ 文献検索


_ 可視化

_ Google Fusion Tables

_ 【実習1】Google Fusion Tablesを使って、Web上から癌の発生率に関するオープンデータを読み込み、地図上にマッピングしてみる

  1. 1. Google Fusion Tablesのオープンデータサーチに”cancer statistics country”のキーワードで検索してデータを取得
  2. 2. row dataの設定
  3. 3. 地図へのマッピング
  4. 4. ピンの設定
  5. 5. 出版(共有)

_ 【実習2】CSV形式のデータを読み込んで、酵母のタンパク質相互作用のデータを表示してみる

  1. 1. galFilterd_edited.csvデータの読み込み
  2. 2. chartの追加
  3. 3. グラフ表示と設定
  4. 4. 出版(共有)

_ Cytoscape

_ 【実習3】Cytoscapeを使って、酵母のタンパク質相互作用と遺伝子発現のデータを表示してみましょう

  • 発表資料

_ 【実習4】Cytoscape Webを使って、ヒトのタンパク質相互作用のデータを表示してみましょう

  1. 1. Cytoscape WikiのExample Data SetのRual et al. (Nature 2005 437 (7062):1173-8)のデータを使います。
  2. 2. データ:RUAL.sifは、そのままだと大きすぎるので、今回は100個の相互作用に絞ったデータ:RUALsubset.sifを使います。
  3. 3. ここからRUALsubset.sifをローカルにダウンロードするか、適当なファイルとして保存してください。
  4. 4. Cytoscape Webのページにアクセスして「View showcase demo」をクリックします。
  5. 5. Open fileをクリックして、先程のデータRUALsubset.sifを読み込み、ヒトタンパク質のタンパク質相互作用を表示させます。
  6. 6. Layout > Mechanism から、異なったグラフ配置のアルゴリズムを試してみましょう。
  7. 7. Visual styleからデザインを変更してみましょう。

_ 参考資料

_ 【参考1】情報可視化関連ページ

_ 【参考2】光合成微生物の遺伝子と論文の関係をCytoscapeで俯瞰する

  • サンプルファイル
    • Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。

(for presentation 「情報可視化」 ver. 0.3 Shinobu Okamoto CC BY 2012-11-06 modified) AJACS35

 
 
Link: AJACS35(1742d)
Last-modified: 2013-01-07 (月) 15:30:11 (1682d)