AJACS35
目次
_ 文献検索
_ 可視化
_ Google Fusion Tables
_ 【実習1】Google Fusion Tablesを使って、Web上から癌の発生率に関するオープンデータを読み込み、地図上にマッピングしてみる
- 1. Google Fusion Tablesのオープンデータサーチに”cancer statistics country”のキーワードで検索してデータを取得
- 2. row dataの設定
- 3. 地図へのマッピング
- 4. ピンの設定
- 5. 出版(共有)
_ 【実習2】CSV形式のデータを読み込んで、酵母のタンパク質相互作用のデータを表示してみる
- 1. galFilterd_edited.csvデータの読み込み
- 2. chartの追加
- 3. グラフ表示と設定
- 4. 出版(共有)
_ Cytoscape
- Cytoscapeは、グラフ(ネットワーク)の可視化と解析のためのオープンソース・プラットフォームです
_ 【実習3】Cytoscapeを使って、酵母のタンパク質相互作用と遺伝子発現のデータを表示してみましょう
_ 【実習4】Cytoscape Webを使って、ヒトのタンパク質相互作用のデータを表示してみましょう
- 1. Cytoscape WikiのExample Data SetのRual et al. (Nature 2005 437 (7062):1173-8)のデータを使います。
- 2. データ:RUAL.sifは、そのままだと大きすぎるので、今回は100個の相互作用に絞ったデータ:RUALsubset.sifを使います。
- 3. ここからRUALsubset.sifをローカルにダウンロードするか、適当なファイルとして保存してください。
- 4. Cytoscape Webのページにアクセスして「View showcase demo」をクリックします。
- 5. Open fileをクリックして、先程のデータRUALsubset.sifを読み込み、ヒトタンパク質のタンパク質相互作用を表示させます。
- 6. Layout > Mechanism から、異なったグラフ配置のアルゴリズムを試してみましょう。
- 7. Visual styleからデザインを変更してみましょう。
_ 参考資料
_ 【参考1】情報可視化関連ページ
_ 【参考2】光合成微生物の遺伝子と論文の関係をCytoscapeで俯瞰する
- サンプルファイル
- Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。
(for presentation 「情報可視化」 ver. 0.3 Shinobu Okamoto CC BY 2012-11-06 modified)
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