AJACS35

目次

_ 文献検索

• 発表資料

_ 可視化

• 発表資料

_ Google Fusion Tables

• Google Fusion Tablesとはデータの取得、保存、加工、解析、可視化の統合環境です
• Google Fusion Tables公式ページ

_ 【実習1】Google Fusion Tablesを使って、Web上から癌の発生率に関するオープンデータを読み込み、地図上にマッピングしてみる

1. 1. Google Fusion Tablesのオープンデータサーチに”cancer statistics country”のキーワードで検索してデータを取得
2. 2. row dataの設定
3. 3. 地図へのマッピング
4. 4. ピンの設定
5. 5. 出版（共有）

_ 【実習2】CSV形式のデータを読み込んで、酵母のタンパク質相互作用のデータを表示してみる

• ファイルをダウンロード→galFilterd_edited.csv

1. 1. galFilterd_edited.csvデータの読み込み
2. 2. chartの追加
3. 3. グラフ表示と設定
4. 4. 出版（共有）

_ Cytoscape

• Cytoscapeは、グラフ（ネットワーク）の可視化と解析のためのオープンソース・プラットフォームです
  • Cytoscapeプロジェクト公式ページ
  • Cytoscape Web
  • Cytoscape Wiki
  • Cytoscape公式日本語Wiki
  • そのほかのグラフビューア
    • Gephi
    • Graphviz
    • Pajek

_ 【実習3】Cytoscapeを使って、酵母のタンパク質相互作用と遺伝子発現のデータを表示してみましょう

• 発表資料

_ 【実習4】Cytoscape Webを使って、ヒトのタンパク質相互作用のデータを表示してみましょう

1. 1. Cytoscape WikiのExample Data SetのRual et al. (Nature 2005 437 (7062):1173-8)のデータを使います。
2. 2. データ：RUAL.sifは、そのままだと大きすぎるので、今回は100個の相互作用に絞ったデータ：RUALsubset.sifを使います。
3. 3. ここからRUALsubset.sifをローカルにダウンロードするか、適当なファイルとして保存してください。
4. 4. Cytoscape Webのページにアクセスして「View showcase demo」をクリックします。
5. 5. Open fileをクリックして、先程のデータRUALsubset.sifを読み込み、ヒトタンパク質のタンパク質相互作用を表示させます。
6. 6. Layout > Mechanism から、異なったグラフ配置のアルゴリズムを試してみましょう。
7. 7. Visual styleからデザインを変更してみましょう。

_ 参考資料

_ 【参考1】情報可視化関連ページ

• データ可視化例
  • The New York Times誌のオバマ政権2013年予算の可視化
  • Visual complexity

• 参考文献
  • Visualizing Data
  • The Visual Display of Quantitative Information

_ 【参考2】光合成微生物の遺伝子と論文の関係をCytoscapeで俯瞰する

• サンプルファイル
  • Cytoscapeで開くとレイアウトされた状態で見ることが出来ます。検索等も可能。

(for presentation 「情報可視化」 ver. 0.3 Shinobu Okamoto CC BY 2012-11-06 modified) AJACS35