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_ SRAs: Survey of Read Archives

  • http://sra.dbcls.jp/
  • 次世代シーケンサデータのデータ構造
  • 【実習】まずは普通に全部表示
    • まずは見てみる → by Studies
    • 最初は新着順です
  • 【実習】収載されているもので大規模にデータを出しているプロジェクトは何でしょう?
    • Exps や Runs をクリックして sortしてみる
  • 【実習】興味のある「Study Types」、「Platform」、「Species of samples」をクリックしてどんなプロジェクトがあるか見てみましょう

_ 鎖鋸

_ GGRNA

  • http://ggrna.dbcls.jp/
  • http://togotv.dbcls.jp/20120124.html#p01
  • 【実習】簡単な検索例
    • 遺伝子名、フレーズ、各種IDで検索:
    • 例:claudin, “RNA interference”, NM_001518, 10579 等
    • 塩基配列 caagaagagattg で検索
    • seq2:caagaagagattg でも検索
      • 検索時間はヒット件数に比例するため、ものすごくヒット件数が多い場合は時間がかかるかもしれません。
  • 【実習】配列検索:ヒトのある遺伝子に対してRT-PCRを掛けようとしたらなぜかバンドが2本。これはいったい?
    • primer(F): agctcattactttatcagtgca
    • primer(R): tgacgtattcactcttctggtt
    • 増幅遺伝子のSymbol、Refseq ID、予想されるバンドのサイズを調べてみる(Reverse Primerは相補配列のため配列の前に「comp:」をつける)
      • DGCR8, NM_001190326, 402bp
        DGCR8, NM_022720, 501bp
        同じ遺伝子の2つのvariantが増えてしまったらしい。
  • 【実習】マイクロアレイのプローブ配列の位置を調べる
    • 「1552311_a_at」等プローブIDを入力する

_ RefEx?

  • http://refex.dbcls.jp/
  • 統合TV: http://togotv.dbcls.jp/20100618.html#p01
  • 【実習】アルブミンの各臓器での発現量を調べる
    • Quick Searchでキーワード"alb"を入力 → Search
    • 1 NM_000477 albumin・・・をクリック → アルブミンの詳細情報ページが開かれる。
      • 遺伝子情報
      • EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seqによる絶対発現量(最大値)
      • EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seqによるそれぞれの組織別相対発現量
      • 3D人体マップ 
        が表示される
  • 【問題】Gene Chipのデータでアルブミン遺伝子がもっとも高発現している臓器はどこか?
  • 実際のデータは「Download」から取得可能

_ LSQA

_ クリエイティブ・コモンズ


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Last-modified: 2012-02-09 (木) 17:11:26 (2982d)