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AJACS28/fujieda


目次


_ BodyParts3D/Anatomographyとは

BodyParts3D(ボディパーツ3D)は人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。

_ BodyParts3D/Anatomographyの場所

_ 【実習1】基本的な操作手順を覚える

  • 「Information」タブ→「ユーザガイド」→「Getting Started」をひと通り実施します。

他:pin、Legend、格子について

 詳しくは、【統合TV】 http://togotv.dbcls.jp/20111130.html#p01を参照してください。

_ 【実習2】ヒートマップをつくる

方法1:臓器別数値を臓器ごとに手入力する

    心臓 1500

    小腸 1200

    大腸 610

    肝臓 230

このようなデータを用いてヒートマップを作成する。

 1.各臓器をPalletに加えます。→臓器の画像をドラッグすると追加できます。

 2.Anatomographyをクリック。

 3.MAPをクリックします。→パレットにValueが追加される。

 4.Valueに数値を入力していく。

 5.Window controlsを開きます。

 6.Heat mapのMaxとMinに最高値、最低値を入力する。(ディフォルト 最高値:65535、最低値:-35535)

 7.Valueに入力した数値によって、臓器が色分けされる。 赤→最大値、青→最少値

方法2:臓器別数値を一括入力する(エクセルなどの表になっている臓器名と数値データをコピペする)

ヒトアルブミンの臓器別遺伝子発現量を人体ヒートマップで表示し発現状況を可視化する。

 1. RefExStartedを使ってアルブミンの発現量をさがす。

 2. Quick Searchでキイワード"alb"を入力→ Search

 3. 1 NM_000477 albumin・・・をクリック→アルブミンの詳細情報ページが開かれる。

  相対発現量をみる

  EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seqによるそれぞれの組織別発現量が表示されている

ここまでは、先ほどやっていただいた手順です。

 4. Gene Chipのデータ組織10分類発現データを表にまとめたもの。

臓器名発現値
Nervous system3.06
cardiovascular system3.1
connective tissue3.17
reproductive system3.07
muscular system3.41
digestive system3.88
liver13.72
lung3.1
kidney7.74
endocrine4.27

 5. Anatomographyをクリック。

 6. MAPをクリックします。→パレットにValueが追加され、ヒートマップバリューバーが出てくる。

 7. Pasteアイコンをクリックする。

 8. 表をコピペする。

   臓器名→English、発現量→Value → OKをクリックする。 

描画が出てきたら 筋肉が全身に覆われていて内臓が見えないので筋肉の透明度を0.1にする。

  1. 作成済みヒートマップ1→ 作製済みマップのリンク1
  1. こちらも試してみてください!

 Gene Chipのアルブミン臓器別発現量抜粋(消化器系の数値を細かく分けたデータ)

englishvalue
stomach2.94
small intestine4.33
duodenum8.79
jejunum3.0 4
colon2.98
colon cecum2.94
liver13.72
lung3.10
kidney7.54
pancreas10.48
 
  1. 作成済みヒートマップ2→ 作製済みマップのリンク2臓器のみ作製済みマップのリンク2骨格を挿入

  (全身を表示したいときは、骨格系や皮膚を挿入する。)

_ 【実習3】質問コーナー!作りたい画像をつくってみてください!

_ 講習会資料(pdf)ダウンロード

 
添付ファイル: fileAjacs本郷10_120210.pdf 3142件 [詳細]
 
Link: AJACS28(2980d)
Last-modified: 2012-02-13 (月) 12:27:46 (2977d)