MotDB


AJACS28/atsuko


目次


_ DBCLS Galaxy について

http://galaxy.dbcls.jp/

Galaxy とは,ゲノムなどの生物学データを対象とした,データ解析,共有,公開のためのインタフェイスです.DBCLS Galaxy は,日本国内の生物学研究者をターゲットにして,カスタマイズを加えた Galaxy です.

今回の実習では,Amazon EC2 上に構築した DBCLS Galaxy を利用します.小グループにわかれ,データアップロード,ツール利用,共有を体験していただく予定です.

_ TogoDB について

http://togodb.dbcls.jp/

チュートリアル: https://www.evernote.com/shard/s1/sh/a4685655-53d4-4b0f-88bd-0d79518caa47/6efe72502215e37b974e308a41dd733f

TogoDB とは,簡単に検索などの基本機能付きデータベースが構築・公開できるサービスです.今回は http://semantic.togodb.dbcls.jp/ を利用し,DBCLS Galaxy の実習でできたデータをWWW上で公開します.

_ 実習方法

3名ごとのグループを作ります.1つのグループに 1 つの DBCLS Galaxy サーバと 3つの DBCLS OpenID を割当てます.各自,自分が触るサーバと割当てられた OpenID を確認してください.

(実習直前にここに書き込み,直後に消去します)

_ 【実習1】DBCLS Galaxy

  • 1. サーバにアクセスします.
  • 2. 自分に割当てられたOpenIDでログインします.
  • 3. 解析に使うデータを取得します
    • 3-1. 自分の手持ちのデータのアップロード
      • テキストエディタでデータを作ってアップロードしてみましょう.
    • 3-2. 公開されているデータベースからデータを取得
      • 条件を選んでデータベースからデータを取得してみましょう.人の染色体22番に含まれる exon の区間データを全部取得します.
  • 4. 簡単な解析をします.
    • exonのデータを長さでフィルタします(長さ100以上のものだけにする)
    • exon の長さを計算して,実際に100以上のものだけが残っていることを確認します
  • 5. 計算履歴を共有します
    • 計算履歴を同じグループ内の他のユーザと共有します

_ 【実習2】TogoDB

  • 実習1の結果をダウンロードします
  • tsvからcsvにOpenOffice? Calc, MS Excel, Google Doc などを利用して変換します
  • サーバにアクセスして,実習1の結果を公開するデータベースを構築します.
 
Link: AJACS28(2981d)
Last-modified: 2012-02-10 (金) 16:22:12 (2981d)