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AJACS23/tf

AJACS23


目次


_ Kazusa Annotation Suiteによるゲノムアノテーション(かずさDNA研究所・○藤澤貴智、中尾光輝、岡本忍、中村保一)

_ KazusaAnnotationhttp://a.kazusa.or.jp

  • ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
  • 281,764 アノテーション 32,417 genes 39,953 タグ (2010年11月5日7時現在)

_ 【実習1】KazusaAnnotationの利用してみる

  1. - http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう (画像)
  2. - 酸素発生型光合成細菌のSynechocystisの光合成系IIの遺伝子psbAのアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis psbA」と入れて「検索」を押します
  3. - このように検索結果が表示されます→ http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=Synechocystis+psbA (画像)
  4. http://www.google.co.jp で sll1867 を検索すると KazusaAnnotation のエントリも検索結果にでてきます→ http://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=sll1867 (画像)
  5. KazusaAnnotationにもどり sll1867 の赤い字でしめされた「1116 annotations」をクリックするとsll1867遺伝子につけたアノテーション(ブックマーク)が一覧されます。→ http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FSynechocystis%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dsll1867%26iden%3D1 (画像)
  6. Pubmed ID: のなかから、12228353 をクリックすると、論文の情報が表示されます。そこからPubmedに行くこともできます。→ http://a.kazusa.or.jp/tags/show?name=pmid%3A12228353 (画像) (画像)
  7. 右下の Tableview リンクをたたくと、この論文へのアノテーションの一覧がテーブル形式で表示されます。論文中のどこにこの遺伝子名がでてきたかが登録されています→ http://a.kazusa.or.jp/annotation/table?q=tag%3Apmid%3A12228353 (画像)

_ 【実習2】KazusaAnnotationで遺伝子を検索してみる

  • 以下の遺伝子名/遺伝子IDでgoogleおよびKazusaAnnotationで検索して、上記のように眺めてみましょう
Ljnin
ミヤコグサ根粒(窒素固定バクテリアの共生場所)の形成初期段階で働く転写因子 (for Nodule INception)
Ljenod40
ミヤコグサ根粒形成を増幅させる因子(Enhanced NODulation)
slr0473
ラン藻Synechocystis(酸素発生型光合成細菌)の光受容体、ファイトクローム
HetR, alr2339
ラン藻アナベナ(酸素発生型光合成細菌・窒素固定も行う)で窒素固定を行う細胞(ヘテロシスト)の形態形成に関与する転写因子

_ 【実習3】KazusaAnnotationで特定の遺伝子に言及したすべての論文を確認する

_ 【参考】OpenID について

  • OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
  • OpenIDを取得はこちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する2010」http://togotv.dbcls.jp/20100225.html
  • openid.dbcls.jp
    DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
    統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
    ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
    使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
    (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
  • ご自身のメイルを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
  • 統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ ナドで活用できます。

_ KazusaNavigationhttp://navi.kazusa.or.jp

  • コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
  • ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

_ 【実習4】KazusaNavigationの利用例

  1. 1. http://navi.kazusa.or.jp を開き (画像)
  2. 2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます (画像)
  3. 3. あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
  4. 4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する (画像) (画像)
  5. 5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。
  • &ref(): File not found: "rss.png" at page "AJACS23/tf"; RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
  • OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

_ KazusaWikihttp://wiki.kazusa.or.jp

Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

_ 【実習5】KazusaWikiの利用例

  1. 1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く (画像)
  2. 2. あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し (画像)
  3. 3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる (画像)
  • OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

_ KazusaMarthttp://mart.kazusa.or.jp/biomart/martview/

_ 【実習6】KazusaMart?の利用例

  1. KazusaMartの実習

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Link: AJACS23(3094d) KazusaAnnotation(3842d) KazusaWiki(3842d) KazusaNavigation(3842d)
Last-modified: 2010-11-05 (金) 13:50:09 (3094d)