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AJACS21/so

AJACS21


目次


_ ゲノム情報の可視化

_ Cytoscapeとは

_ 【実習1】Cytoscape Webを使って、ヒトのタンパク質相互作用のデータを表示してみましょう

  1. 1. Cytoscape WikiのExample Data SetのRual et al. (Nature 2005 437 (7062):1173-8)のデータを使います。
  2. 2. データ:RUAL.sifは、そのままだと大きすぎるので、今回は100個の相互作用に絞ったデータ:RUALsubset.sifを使います。
  3. 3. ここからRUALsubset.sifをローカルにダウンロードするか、適当なファイルとして保存してください。
  4. 3. Cytoscape Webのページにアクセスして「View showcase demo」をクリックします。
  5. 4. Open fileをクリックして、先程のデータRUALsubset.sifを読み込み、ヒトタンパク質のタンパク質相互作用を表示させます。
  6. 5. Layout > Mechanism から、異なったグラフ配置のアルゴリズムを試してみましょう。
  7. 6. Visual styleからデザインを変更してみましょう。

_ 【実習2】様々なゲノムブラウザーを眺めてみましょう


_ 参考資料

_ 【参考1】光合成微生物の遺伝子と論文の関係をCytoscapeで俯瞰する

_ 【参考2】情報可視化関連ページ

_ 【参考3】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:genoDive

  • 我々のプロジェクトで開発している、ゲノムブラウザー。リアルタイム性の高いズーム機能、直感的なユーザーインターフェースなどを念頭におき、ゲノム情報可視化の研究として開発中。

_ 【参考4】ゲノムブラウザーの使い方動画

  • TogoTV Curatedで、「ensembl」「 UCSC」などで検索する
  • 米国のマニュアル作製企業 OpenHelx?によるGBrowseの使い方

(for presentation 「情報可視化」 ver. 0.1 Shinobu Okamoto CC BY 2010-8-05 modified) AJACS21

 
Link: AJACS21(3513d)
Last-modified: 2010-08-05 (木) 08:03:27 (3535d)