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AJACS20/thecla

「文献情報を効率的に活用する」


AJACS加賀 > 「文献情報を効率的に活用する」


_ 概要

  • 時間も時間ですし、話すのは省略します。

_ なぜ文献の検索をするのか

  • 今までに何がわかっているのか知る
    • すでに知られていることをやっても意味がないのだ(新規性)
    • 今までにやられていることを前提に自分の研究を進める

_ 文献検索の実際

_ 文献を読むってどういうこと?

  • 目的の文献(などのリソース)を探し出す
  • 目的の文献(などのリソース)に何が書いてあるか理解する(あるいは、そのための整理をする)

_ 文献を読むまでの流れ

  • あとでやる
  • みんな知っていたら飛ばす
  • [前提] 研究の世界で文献、というと学術雑誌に載っている学術論文のことです
  • パターン1:各雑誌社のサイトに行く → 論文を見つける → PDF落としてくる → 画面で読むとか印刷して読むとか
  • パターン2:学術雑誌リストからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)
  • パターン3:学術論文データベースからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)

ここから本題


_ PubMed? http://pubmed.gov/

  • 泣く子も黙るライフサイエンス系学術論文検索の総本山
  • [ナニコレ] NIHの下の図書館部門NLM (National Library of Medicine:場所)の提供するライフサイエンス系学術論文データベース検索サイト
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed からもアクセスできる(というか、こちらが本来のもの)
  • 【演習】口蹄疫ウイルスのゲノム決定論文を探してみよう
    • 2000年に宮崎で流行したもの。
    1. http://pubmed.gov/ にアクセス
    2. 検索窓に「foot-and-mouth disease virus」と入れてGoをクリック
      • 「Results: 1 to 20 of 3937」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数 … この場合、3937
    3. 「genome」を追加して検索
      次第に絞り込まれ数が減少していく
    4. さらに「Japan」をキーワードに加えて絞り込む これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。

      (←ここをクリック)これですかね。。。

    5. → この先、実際に雑誌社のサイトに行って、PDFを落として読んだりする
  • 文献のフォーマット
    • Abstractが表示されている画面で、左上の方にあるDisplay Settings をいろいろ変えてみよう
      • Abstract:最初に出ているもの … 人が読みやすい
      • MEDLINE … もともとはこの形式でデータベースに
      • XML … 今はこの形式でデータベースに入っている
    • 【演習(応用)】XML形式でどのようなフィールド(タグ)にどのようなデータが入っているか調べてみよう
  • 【トリビア】PubMed?には全部で何件の論文が登録されているでしょう。
    • →「All[Filter]」で検索してみる。

      ←こたえはここをクリック

      およそ2000万件。正確には、19,926,944件[6/28現在]。1ヶ月前は19,859,155件[5/28]でした。去年は18,856,879件['09/5/14現在]でした

  • 【トリビア】一番、古いものは?
    • →「All[Filter]」で検索した後、「Sort by」を「Pub Date」にして、最後のページにアクセス

      ←こたえはここをクリック

      1865年[5/28現在]
      元々は、1950年代からの論文をカバーしていたのですが、最近は、さらにさかのぼって古いのも入れるようになっています。

  • 人名からの検索
    • 基本:苗字+イニシャル … Nakazato T
    • 応用:フルネームで(ただし、2003年くらい以降。とりこぼしあり)… Nakazato, Takeru(苗字+コンマ+スペース+名前)
  • 【演習】(人名からの検索)山中伸弥 京大教授のiPS細胞の論文を検索してみよう
    • ヒント:2006年 Cell(雑誌)に掲載
    1. http://pubmed.gov/ にアクセス
    2. Yamanaka, Shinya と入力
    3. 探してみる
    • 【さらに】自分の先生の名前などで検索してみよう
    • 【参考】秋篠宮文仁殿下の論文を検索してみよう
      • 皇室の方の名前は特殊なので、「Akishinonomiya, Fumihito」でなくて「Fumihito, Akishinonomiya」です(姓と名が逆)のものがあります。その理由は、、、ここ
      • これで出てきたものだけが結果ではないです(Akishinonomiya, Fumihito ときちんと (?) 登録されているものもある。また、フルネームでひけない古いものがあるが、Fumihito Aでひくとノイズが混じる)
  • 【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。
    • たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
    • First Author や Last Author でも絞り込みが可能
  • MeSH (Medial Subject Headings)
    • 遺伝子や病気、生物種などは、名前がたくさんあるので、キーワードに対応づけて、そのキーワードのついている文献も検索されるようになっている。
    • そのキーワードが「MeSH」。メタデータ、タグと理解してもよい
    • 実際にどのようなキーワードに展開されて検索されているかは「Datails」欄を見るとわかる
    • そのキーワードを使って検索するには、「AND キーワード[MeSH Terms]」と付け加える
  • 【小技】FireFox?の場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

_ 文献(フルテキスト)

_ PubMed? Central http://pubmedcentral.gov/

  • PubMed?はアブストラクト(要約)のみ。フルテキストを収載。
  • オープンアクセスの流れを受けて、今は、フルテキストも見られるものが出てきました。

    ←何件あるか? Search all articles で All[Filter]

    およそ200万件。正確には1,989,845件 ('10-05-31現在)

  • とりあえずPubMed?で検索してみる。PMC収載のものは、リンクがある

_ Google scholar http://scholar.google.com/

  • 世の中のGoogleが取得できる(パスワードなど要求されない)論文を集めて検索できるようにしたサイト
  • メリット
    • その論文を引用している論文も見ることができる(図書館では有料でそういったサービスを買っていたりもする)

_ その他...

_ 大学の図書館サイト

_ NACSIS WebCat? http://webcat.nii.ac.jp/

  • DBCLSの兄貴分にあたるNII(国立情報学研究所)がやっている大学などの図書館の収載書籍/雑誌の横断検索
  • 自分の図書館が契約していないものや、PDF化されていない昔のものは、とりよせるとか、自分が図書館に出向くとか
  • で、どの図書館に冊子体があるか、を検索できる

_ 口コミ

  • 論文を紹介しているブログをウォッチする
  • オンラインブックマーク、twitterなど

_ 日本語リソース

_ 蛋白質核酸酵素検索 http://lifesciencedb.jp/pne/

  • ライフサイエンス系総説雑誌。日本語リソースが検索できる。すごい!
  • (多分、横断検索のところでも触れられていますが、再掲)
  • 「口蹄疫」 → 「foot-and-mouth disease」に変換もして検索

_ 学会要旨検索 http://lifesciencedb.jp/lsdb.cgi?gg=tool_tproc

_ 文献を読みこなすために

_ ライフサイエンス辞書(WebLSD: Life Science Dictionary) http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/

  • 生命科学向け英日対訳辞書(京大薬・金子周司先生 他)
  • 統合TV:http://togotv.dbcls.jp/20090227.html (オンライン辞書の利用)
  • この共起検索も秀逸(ある語の前後にどういう語が出てくるか)
    • ネイティブの方の書かれた論文を情報源にしているので、日本人がおかしやすい間違いなどは出てこない
    • 統合データベースプロジェクトで、InMeXes? http://docman.dbcls.jp/im/ という逐次検索のサービスもしています

_ Allie http://allie.dbcls.jp/

  • 略語と略さない語のペアを検索
  • 【実習】「口蹄疫」(Foot-And-Mouth disease)の略であるFMDで検索してみよう。他にどんな語が「FMD」の略語を用いているだろうか
  • 詳しい使い方:統合TV:Allieを使って略語の正式名称を検索する2009 http://togotv.dbcls.jp/20091015.html

_ TogoDoc? http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom /TogoDoc? Client http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/


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Last-modified: 2010-06-28 (月) 22:56:05 (3561d)