MotDB


AJACS18/sk2

戻る

_ 前置き

_ 自己紹介

  • 河野 信(かわの しん)といいます
  • 旭川出身
  • 北大工(酢酸菌のセルロース合成) → 京大化研(糖鎖の構造予測) → 行方不明 → ライフサイエンス統合データベースセンター

_ 参加者アンケート

_ メインで使っているOSは

  • Windows:名
  • Mac:名
  • その他:名

_ メインで使っているブラウザは

  • Internet Explorer:名
  • FireFox?:名
  • Safari:名
  • Google Chrome:名
  • その他:名

_ もろもろ

  • データベースを作ってみたい人:名
  • (簡単な)プログラミングができる人:名
  • 文献の整理に困っている人
  • ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:名

_ 参考資料:生命科学の主要なデータベース

  • 生命科学の分野でよく使われるデータベースやツールの一覧です

_ ライフサイエンス統合データベースプロジェクトトップページ

_ ポータル

_ データベースカタログ

  • 文字通り「データベースのデータベース」です。
    • 日本国内で作られたものが中心
    • DBの形式、対象、生物種で分類されている
    • 左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます
    • データベースを選択すると右側に詳細が表示されます
    • データベースに何日間もつながらない場合、「休止中」と表示されます
  • 【演習】: かずさDNA研究所は世界有数の植物関係のゲノム決定機関です。最近、「ミヤコグサ」というマメ科植物のゲノムが決定されました。ミヤコグサのゲノムDBを探してみましょう

_ 生命科学学会・協会検索

  • 国内の学協会を検索できます。年会の予定や、学会の規模、会費などを調べられる。
    • 左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます

_ ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧

  • 省庁毎の大型プロジェクト一覧。プロジェクトの目的や成果が調べられる。

_ 生物アイコン

  • どんな生物なのかが絵や写真でわかる
  • 絵が自由に使える
    • 生物の写真や絵を発表などで使う場合、著作権関係が問題になったりする場合有り → 再配布可能な写真・絵の提供(クリエイティブコモンズライセンス)
  • 一般名から学名を調べたりもできる
    • 【演習】: ネコの学名を調べてみましょう
  • みなさまがお持ちの生物の写真を大絶賛募集中です

_ 検索

_ 横断検索

  • 調べたいことを、いろいろなデータベースを串刺しにして一括検索!
  • 入力キーワードに関連する遺伝子、文献、特許など、分子のデータだけでなく、日本語の文献も一括で検索できる
  • 現在200個以上の別々に作られているデータベースをまとめて検索できます
    • 画面上部のデータベース一覧をクリックしてみましょう
  • 【演習】:画面上部にある検索ボックスに日本語でキーワードを入力してみましょう
  • 左上にデータベースと検索の結果ヒットした数、真ん中に検索でヒットしたエントリ、真ん中下に検索キーワードに関係するヒトの遺伝子、が表示されます
  • 【ココに注目!】:黄色でハイライトされた文字が検索したキーワードですが、日本語のキーワードだけでなく英訳されたキーワード(もしあれば)も黄色くハイライトされています
  • 左側のタブから項目別の検索結果を表示可能(文献・特許・個別データベースなど)
    • PDBj(RCSB PDBの日本版。収録データは全く同じ)では何件ヒットするか?
      • タンパク → ドメイン・モチーフ・立体構造 → 複数生物種 → PDBj とたどります
      • まだ試用版なのでうまく動かないかもしれません。。。
    • 【ココに注目!】:左下に選択したデータベースの説明が出てきます
  • 特許検索
    • 特許関連文書 → 日本国特許 を選ぶと特許を見ることができます
      • 現在平成16年から平成20年までの特許を検索できます
    • 平成20年の特許は何件あるか?一番上に出てきた特許は誰が出したものか?
  • 文献検索
    • 文献 を選ぶと科学雑誌や新聞などの記事を見ることができます
      • 【ココに注目!】:共立出版より出版されている月刊紙「蛋白質核酸酵素」の過去記事を検索・閲覧できます
    • 発売から2年以上経過した(現在は1985年から2006年まで)レビュー記事の閲覧ができます(出版社との契約の関係で印刷はできません)
      • 増刊号や連載記事などは検索の対象外
      • 2007年、2008年に書かれた最新の記事についても全文検索を可能です。ただし、該当する号へリンクのみ。
    • 実際の記事を見てみましょう
  • 【ココに注目!】:検索ボックスの下に「タブ」があって、今まで表示した結果をあとから見返すことができます
  • もちろん分子のデータを集めたデータベースを選択すると、キーワードが含まれている分子データにアクセスできます
  • 【便利機能】:FireFox?の右上にある検索窓から直接横断検索を実行する
    • 統合ホームページのトップページを開いているときに、ブラウザ右上の検索窓の左側にあるアイコンをクリックします
    • 下から2番目にある "lifesciencedb.jp"を追加を選びます
    • もう一度アイコンをクリックして、lifesciencedb.jpを選びます
    • 検索窓にキーワードを入力すると直接横断検索が実行できます
  • 実はこの機能、NCBIのEntrezサーチやPubMedサーチでも同様に検索窓から直接検索することもできます
  • 【余談1】:EntrezサーチやPubMedサーチで All[Filter] で検索すると、それぞれのデータベースに何件のデータが登録されているか調べることができます
  • 【余談2】:PubMedの検索結果を定期的にモニターすることができます

_ 文科省「ゲノム」研究報告書 全文検索

  • 文部科学省 科学研究費補助金(科研費)の特定領域研究「ゲノム」の研究報告書を検索・閲覧できる

_ 学会要旨統合検索

  • 遺伝学会、進化学会などの年会要旨を検索できる
    • 年会要旨は冊子なので、検索が難しい。しかも分厚い
    • 国内の研究動向を調べるのに便利。(どこの大学でどんな研究が行われているか)

これらの文献検索については、横断検索からまとめて検索できます

_ スライドで紹介したサイト

講習会トップ

 
Link: AJACS18(3789d)
Last-modified: 2010-06-04 (金) 09:19:34 (3802d)