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AJACS13/so

AJACS13


目次 (ver. 0.21)


_ Genome AnnotationとKazusa Annotation(かずさDNA研・○岡本忍、中尾光輝、藤澤貴智、中村保一)

_ 【実習1】ゲノムアノテーションの検索例その2:UniProtKBで光合成系2のタンパク質のアノテーション(注釈)を眺めてみましょう

  1. 1. 左側のプルダウンメニュー「Search in」を「Protein Knowledgebase」にする。
  2. 2. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II&sort=score
  3. 3. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II AND Synechocystis AND PsbA2"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II+AND+Synechocystis+AND+PsbA2&sort=score
  4. 4. エントリー P16033を眺めてみよう →  http://www.uniprot.org/uniprot/P16033
  5. 5. P16033の更新履歴を見てみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=*
  6. 6. version 74と80を比較してみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=74&version=80

_ 【実習2】KazusaAnnotationの利用例

  1. 1. http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう (画像)
  2. 2. 酸素発生型光合成細菌のSynechocystisの光センサー、バクテリオフィトクロームの遺伝子cph1のアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis cph1」と入れて「検索」を押します。
  3. 3. このように検索結果が表示されます→ http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=Synechocystis+cph1
  4. 4. 検索結果のなかの遺伝子 slr0473 の赤い字でしめされた「366 annotations」をクリックするとslr0473遺伝子につけたアノテーション(ブックマーク)が一覧されます。→ http://a.kazusa.or.jp/annotations/1
  5. 5. Pubmed ID: のなかから、15641769 をクリックすると、論文の情報が表示されます。→http://a.kazusa.or.jp/tags/3
  6. 6. 論文情報の下部分「アノテーション数:20」は、この論文PubMed? ID 9154987にGene Indexingが20個つけられてることを表しています。 数字の「20」の部分をクリック。この論文では、slr0473以外に、slr0474の遺伝子にもIntroductionとDiscussionで言及してることがわかります。
  7. 7.論文情報の下部分「GeneIndexingView?」をクリックすると、文献書式(Title, Abstract, Introduction...)のどこに、どの遺伝子が記述されているのかが参照できます。タイトルやアブストラクト、ディスカッションに出てる遺伝子は、この論文のメインテーマであると類推できます。→ http://a.kazusa.or.jp/tag/geneindex/pmid:15641769

_ 【参考1】Biocuratorについて

  • 生物に関する様々な情報を整理、統合、付与、修正しゲノム情報の価値を高めるスペシャリスト
  • 学会サイト →  http://www.biocurator.org/

_ 【参考2】集合知的なもののパワー

_ 【参考3】科学論文での集合知の利用例

_ 【参考4】OpenID について

  • OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
  • こちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
  • openid.dbcls.jp
    DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
    統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
    ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
    使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
    (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
  • ご自身のメールを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
  • 統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ などで活用できます。

_ 【参考5】KazusaAnnotationの文献表示に使われているWebService? TogoWS

  • REST/SOUPによる生物情報オブジェクトの取得

_ 【参考6】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:Cytoscape でみる KazusaAnnotation/Gene Indexing

_ 【参考7】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する:genoDive

  • 遺伝子ごとに出版されている文献、遺伝子発現データ、アノテーションなどをリアルタイムに俯瞰できるゲノムビューア

_ KazusaAnnotation Suite: かずさでのコミュニティー/ソーシャルアノテーションのこころみ

_ KazusaAnnotationhttp://a.kazusa.or.jp

  • ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
  • 10生物種, 4003論文 131723 タグ (2009年7月3日0時現在)

_ KazusaNavigationhttp://navi.kazusa.or.jp

  • コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
  • ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

_ KazusaNavigationの利用例

  1. 1. http://navi.kazusa.or.jp を開き (画像)
  2. 2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます (画像)
  3. 3. あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
  4. 4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する (画像) (画像)
  5. 5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。
  • &ref(): File not found: "rss.png" at page "AJACS13/so"; RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
  • OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

_ KazusaWikihttp://wiki.kazusa.or.jp

Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

_ KazusaWikiの利用例

  1. 1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く (画像)
  2. 2. あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し (画像)
  3. 3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる (画像)
  • OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

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Link: AJACS13(3823d) KazusaAnnotation(4190d) KazusaWiki(4190d) KazusaNavigation(4190d)
Last-modified: 2009-10-16 (金) 15:12:39 (3827d)