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AJACS11/thecla

「生命科学横断検索の利用法」


AJACS三河 > 「生命科学横断検索の利用法」


_ 前置き

_ 参加者アンケート

_ 使っているOSは

  • おもにMacの人:14
  • おもにWindowsの人:7
  • おもにその他の人:1

_ 使っているブラウザは

  • ウェブブラウザはInternet Explorerの人:4
  • ウェブブラウザはFireFox?の人:8
  • ウェブブラウザはSafariの人:6
  • ウェブブラウザはOperaの人:0
  • 他:1

_ もろもろ

  • データベースを良く利用する人:12
  • バイオインフォマティクスを使っている人:6
  • プログラミングをたしなむ人:5
  • データベースを構築している人:5
  • データベースを構築したい人:3
  • ライフサイエンス統合データベースセンターの存在を知っていた人:5

_ まずは、このページにたどりついてみよう

  • 今日の講習内容は、講習会のページに書かれています。まずはそこにアクセスしてみましょう。
    • ウェブページのアドレス欄に直接入力:http://motdb.dbcls.jp/?AJACS11
    • Googleで:AJACS11と入力し、"I'm Feeling Lucky"(ようするに検索する)
  • ページの下の方に講習会のプログラムがあります。タイトルをクリックすると、各講習の資料のページに行けます。
  • このページを残したまま、新しいページを見るには
    • リンク上で右クリックして新しいタブを開く(ウインドウでもよい)
    • WinならShift、Macならアップルキーを押しながらリンクをクリック

_ 本題

_ 提供サービス(ざっくり)紹介

_ トップページ:http://lifesciencedb.jp/

  • まずはここから。

_ カタログ/ポータル

_ 検索

_ データベース/ツール

_ アーカイブ

_ 使い倒し

  • 統合TV:http://togotv.dbcls.jp/
    • 統合ホームページ内のサービスはもちろん、外部の様々なデータベースやツールについて、動画で使い方を紹介しています。
    • 統合ホームページに掲載のサービスの場合、http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png マークがついていると、内容を紹介するTV番組があります。
    • 今回、紹介する内容も多くがTV番組として公開されています。ぜひ復習などに役立ててください。

_ では、実際に使ってみましょう

_ 統合ホームページにアクセス

  • ウェブページのアドレス欄に直接入力:http://lifesciencedb.jp/
  • Googleで、LSDBと入力し、"I'm Feeling Lucky"(ようするに検索する)
    • 統合ホームページ と入力してもOK

_ まずは検索してみよう〜生命科学データベース横断検索

  • 横断検索サービスは国内外の有用なデータベースや文献を一括して検索するサービスです。(生命科学版Google)

_ 【実習】[とりあえず使ってみる] 統合ホームページの検索欄に「インフルエンザ」と入力し、検索してみよう

  • 統合ホームページ 上部の検索窓から
  • 「検索」セクションの「生命科学データベース横断検索」から

_ どんな内容のデータベースが検索されたでしょう

  • 文献
    • 蛋白質核酸酵素 全文検索はここからも利用できます
      • 本家 (?) 蛋白質核酸酵素 全文検索では、各年ごとに件数が得られる/絞り込みができます。
      • あとでもう少し詳しく
    • 文科省 特定ゲノム報告書
  • 特許
  • 用語:WikiPedia?(日本語/英語)
  • 基本データベース
    • 遺伝子、発現、疾患などなど検索しています
    • KEGG(京大化学研究所/東大医科研・金久研究室) :パスウェイなどのデータベース。統合データベースプロジェクトでは後述する医薬に関する薬や化合物の統合を担っている。
    • PDBj(阪大蛋白研):タンパク質の立体構造のデータベース
    • RefSeq(NCBI):GenBank?の遺伝子配列を重複を除くなどしてまとめたデータベース(Reference Sequence)
    • OMIM(ジョンホプキンス大/NCBI):genetic disorder と disease relevant gene のデータベース
  • 補足情報
    • 「インフルエンザ」だけでなく、”influenza” でも検索しています。
    • 検索対象にしているデータベースの一覧は、横断検索画面上部にある「データベース一覧」からご覧ください
    • Firefoxでは、右上にある検索欄から検索できるようにもできます。
  • 【実習】[生命科学データベース横断検索] アクアポリンという水チャネルの発見でノーベル賞が出ています。何年で何賞でしょう?

_ 蛋白質核酸酵素 全文検索

  • 【実習】[蛋白質核酸酵素 全文検索] 「基礎生物学研究所」関連で、どんな記事があるのか見てみましょう(もちろん、生理研、分子研でもOK)
    • 1985年から2006年まで、PDF化されています。
      • 共立出版様に感謝
      • ビジネスにバッティングするので、PDFは印刷、保存ができません
      • 直近の2年分、2007年と2008年は、共立出版のサイトにリンクされています

_ よりよい検索のために

  • AlliePubMed?のアブストラクトから、略語(たとえばSPF)と非省略形(たとえば Specfic Pathogen Free)のペアを集め、検索できるようにしたもの
    • 概して、略語は、別の分野になると、別の語の略として使われているものです
    • 【実習】Allie を「SPF」で検索してみよう。どんな語が出てくるでしょう。別の興味のある語でもやってみましょう

_ もしも余裕があったなら

(適宜、追加していきます)


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Link: AJACS11(3878d) KazusaAnnotation(4143d)
Last-modified: 2009-07-10 (金) 13:27:53 (3878d)