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DNAデータベース総覧と検索の使い方


目次


統合ホームページ中の項目でアイコン(これ→ http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png )があるサービスは統合TVの動画による説明があります。実際に使う前に是非ご覧ください。

_ DNAデータベース総覧と検索

DDBJ/EMBL/GenBank?(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類。「生物種」と「研究の型」の二次元で分類。データを一括ダウンロード可能。

  • 【実習1】「生物群区分」で特定のカテゴリーを選ぶと、研究プロジェクト数が絞り込まれることで数が変化する。「生物群区分」で「ヒト」を選ぶ前と後で「研究の型別分類」の「機能RNA・RNAゲノム」の項目はいくつからいくつに変化するか?
  • 【実習2】「生物群区分」で「ヒト」、「研究の型別分類」で「mRNA」を選んで得られる研究プロジェクトのリストを、「研究プロジェクトの一覧」を「サイズ順」にすることでデータサイズの大きなプロジェクト順に並び替えなさい。トップ3にランキングされる研究プロジェクトはそれぞれ何か?
  • 【実習3】統合ホームページ中の「ダウンロード」のタブをクリックすると、国内のゲノム・ポストゲノムプロジェクト配列データのダウンロードページに辿り着ける。この中から興味のあるプロジェクトを選び(例えば、シロイヌナズナ (Riken2004年))、公開されている配列をFASTA形式で一括ダウンロードしなさい。
  • 【応用1】上の実習でわずか数クリックで実現した一括ダウンロードできることのメリットは何だろうか?それがない場合、どういった手続きをしないといけないかを考えてみなさい。

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png DNAデータベース総覧と検索を使い倒す

_ 発現データとしての配列データ

EST(Expressed Sequence Tags)に対しては、遺伝子に対応づけて、それぞれごとに出現回数を数え上げることで発現データと見なすことができる。ESTは、DDBJ/EMBL/GenBank?のDivisionの一つとなっており、その中身を検索し閲覧するサービスがDDBJ/DBCLSで公開されている。

_ Bodymap-XS

分類学と解剖学による動物のESTカウント数データの統合サイト。

  • 【実習4】表の横軸は各生物種、縦軸は臓器であるが、'expand'をクリックするとさらに臓器は細かい一覧となる。その中から'kidney'(腎臓)を見つけ、ヒトのカラムにある二種類(黒色と緑色)の数字をクリックしてみよ。それぞれ何のデータであっただろうか?
  • 【実習5】ヒトのkidneyのESTのカウント数をクリックしたときに現れる遺伝子一覧でkidney specific(腎特異的)な発現パターンを示していると考えられる遺伝子を3つ選定しなさい。同様にconstitutive(構成的)な発現パターンのものも3つ選びなさい。
  • 【実習6】orthologカラムにある数字をクリックすることでその遺伝子のオーソログ遺伝子の発現パターンが一望出来る。上で選んだ複数の遺伝子についてそれぞれのオーソログ遺伝子の発現パターンを閲覧し、発現パターンについても保存されているかどうか、確認しなさい。なお、orthologカラムに数字がない場合は Homology search カラムにある'search'ボタンを用いて相同な遺伝子をBLAST検索してみなさい。

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png Bodymap-XSを使い倒す

_ 植物ESTボディーマップ

植物の各臓器、組織における遺伝子の発現量をESTを使って推定したデータベース。

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png 植物ESTボディーマップを使い倒す

_ ヒト統合ボディーマップ

5種類のヒト発現データ (iAFLP, Affymetrix GeneChip?, EST, SAGE-NCBIのタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ)に対して対応するNCBIのUniGene?(ユニジーン)でデータを整理。対象生物種はヒトのみだが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能。

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他

_ 遺伝子発現バンク(GEO)目次

NCBIのGEO(Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類。「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類。データを一括ダウンロード可能。

http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png 遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す−その壱

ここから先の、GEOでのデータの解析方法については、「遺伝子発現データベースを使い倒す」にて詳しく紹介する。

遺伝子発現データ
 
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Last-modified: 2009-07-10 (金) 11:03:11 (3878d)