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AJACS10/thecla

「文献検索にまつわる各種ツールの使いこなし術」


AJACS湘南3 > 「文献情報を効率的に活用する」


_ なぜ文献の検索をするのか

  • 今までに何がわかっているのか知る
    • すでに知られていることをやっても意味がないのだ(新規性)
    • 今までにやられていることを前提に自分の研究を進める

_ 文献検索の実際

_ 文献を読むってどういうこと?

  • 目的の文献(などのリソース)を探し出す
  • 目的の文献(などのリソース)に何が書いてあるか理解する(あるいは、そのための整理をする)

_ 文献を読むまでの流れ

  • あとでやる
  • みんな知っていたら飛ばす
  • [前提] 研究の世界で文献、というと学術雑誌に載っている学術論文のことです
  • パターン1:各雑誌社のサイトに行く → 論文を見つける → PDF落としてくる → 画面で読むとか印刷して読むとか
  • パターン2:学術雑誌リストからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)
  • パターン3:学術論文データベースからたどる → 各雑誌社のサイトに行く → (パターン1と同じ)

_ PubMed? http://pubmed.gov/

  • 泣く子も黙るライフサイエンス系学術論文検索の総本山
  • [ナニコレ] NIHの下の図書館部門NLM (National Library of Medicine:場所)の提供するライフサイエンス系学術論文データベース検索サイト
  • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed からもアクセスできる(というか、こちらが本来のもの)
  • 【演習】スペイン風邪でのインフルエンザウイルス(A型)のゲノム決定論文を探してみよう
    • 1918年にはやった。H1N1型(今回のと同じ)。
    1. http://pubmed.gov/ にアクセス
    2. 検索窓に influenza と入れてGoをクリック
      • 「Items of」の部分に表示されている 数字が検索の結果ヒットした数
    3. A型だけで絞り込み検索。「"influenza A"」で検索する
      次第に絞り込まれ数が減少していく
    4. さらに「1918」をキーワードに加えて絞り込む
    5. さらにgenome を追加
      これくらいの件数になれば、タイトル・アブストラクトを見ればよい。
    6. こいつ
    7. → この先、実際に雑誌社のサイトに行って、PDFを落として読んだりする
  • 【トリビア】PubMed?には全部で何件の論文が登録されているでしょう。
    • →「All[Filter]」で検索してみる。

      ←こたえはここをクリック

      およそ1900万件。正確には、18856879件[5/14現在]

  • 【トリビア】一番、古いものは?
    • →「All[Filter]」で検索した後、「Sort by」を「Pub Date」にして、最後のページにアクセス

      ←こたえはここをクリック

      1865年[5/14現在]
      元々は、1950年代からの論文をカバーしていたのですが、最近は、さらにさかのぼって古いのも入れるようになっています。

  • 人名からの検索
    • 基本:苗字+イニシャル … Nakazato T
    • 応用:フルネームで(ただし、2003年くらい以降。とりこぼしあり)… Nakazato, Takeru(苗字+コンマ+スペース+名前)
  • 【演習】(人名からの検索)山中伸弥 京大教授のiPS細胞の論文を検索してみよう
    • ヒント:2006年 Cell(雑誌)に掲載
    1. http://pubmed.gov/ にアクセス
    2. Yamanaka, Shinya と入力
    3. 探してみる
    • 【さらに】自分の先生の名前などで検索してみよう
    • 【参考】「09.04/13 秋篠宮文仁殿下が本学部博物館をご見学になりました」(情報元)とのことなので、秋篠宮文仁殿下の論文を検索してみよう
      • 皇室の方の名前は特殊なので、「Akishinonomiya, Fumihito」でなくて「Fumihito, Akishinonomiya」です(姓と名が逆)。その理由は、、、ここ
      • これで出てきたものだけが結果ではないです(フルネームでひけない古いものがあるが、Fumihito Aでひくとノイズが混じる)
  • 【小技】より一層の絞り込みは「Preview/Index」タブをクリックして指定するとよい。
    • たとえば「Title/Abstract」や「Author」「Publication Date」を指定するなどで絞りこめる
    • First Author や Last Author でも絞り込みが可能
  • MeSH (Medial Subject Headings)
    • 遺伝子や病気、生物種などは、名前がたくさんあるので、キーワードに対応づけて、そのキーワードのついている文献も検索されるようになっている。
    • そのキーワードが「MeSH」。メタデータ、タグと理解してもよい
    • 実際にどのようなキーワードに展開されて検索されているかは「Datails」タブをクリックするとわかる
    • どんなMeSHがついているかは、DisplayのSummaryやAbstractPlus?のところをCitationにすると見える(ただし、新しい論文にはまだついていない。いずれつく)
    • そのキーワードを使って検索するには、「AND キーワード[MeSH Terms]」と付け加える
  • 【小技】FireFox?の場合、検索バー(ブラウザの右上にある「G」マークのところ)をクリックすると、「Pubmed search」を検索バーに登録できます

_ PubMed? Central http://pubmedcentral.gov/

  • PubMed?はアブストラクト(要約)のみ。フルテキストを収載。
  • とりあえずPubMed?で検索してみる。PMC収載のものは、リンクがある

_ Google scholar http://scholar.google.com/

  • 世の中のGoogleが取得できる(パスワードなど要求されない)論文を集めて検索できるようにしたサイト
  • メリット
    • その論文を引用している論文も見ることができる(図書館では有料でそういったサービスを買っていたりもする)

_ 大学の図書館サイト

_ 蛋白質核酸酵素検索 http://lifesciencedb.jp/pne/

  • ライフサイエンス系総説雑誌。日本語リソースが検索できる。すごい!

_ NACSIS WebCat? http://webcat.nii.ac.jp/

  • DBCLSの兄貴分にあたるNII(国立情報学研究所)がやっている大学などの図書館の収載書籍/雑誌の横断検索
  • 自分の図書館が契約していないものや、PDF化されていない昔のものは、とりよせるとか、自分が図書館に出向くとか
  • で、どの図書館に冊子体があるか、を検索できる

_ 口コミ

  • 論文を紹介しているブログをウォッチする
  • オンラインブックマーク、twitterなど

_ 文献を読みこなすために

_ WebLSD (Life Science Dictionary) http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/


AJACS湘南3 > 「文献情報を効率的に活用する」


 
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Last-modified: 2010-05-28 (金) 17:34:43 (3603d)