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AJACS10/so

AJACS10


目次


_ Genome AnnotationとKazusa Annotation(かずさDNA研・○岡本忍、中尾光輝、藤澤貴智、中村保一)

_ 【実習1】ゲノムアノテーションの検索例その1:NCBI Entrezで光合成系2のタンパク質のアノテーション(注釈)を眺めてみましょう

  1. 1. "Photosystem II"で検索してみる。少し多すぎる?
  2. 2. "Photosystem II AND Synechocystis AND PsbA2"で絞り込んで検索してみる。
  3. 3. Proteinの検索結果は何件? → http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=protein&cmd=search&term=Photosystem%20II%20AND%20Synechocystis%20AND%20PsbA2
  4. 4. Proteinのエントリー BAA16586 を眺めてみよう。→ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/1651658?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequence_ResultsPanel.Sequence_RVDocSum
  5. 5. BAA16586のDEFINITIONと書かれた行に注目してみよう。

_ 【実習2】ゲノムアノテーションの検索例その2:UniProtKBで光合成系2のタンパク質のアノテーション(注釈)を眺めてみましょう

  1. 1. 左側のプルダウンメニュー「Search in」を「Protein Knowledgebase」にする。
  2. 2. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II&sort=score
  3. 3. 検索窓「 Query」の部分に"Photosystem II AND Synechocystis AND PsbA2"と入力して検索してみる。→ http://www.uniprot.org/uniprot/?query=Photosystem+II+AND+Synechocystis+AND+PsbA2&sort=score
  4. 4. エントリー P16033を眺めてみよう →  http://www.uniprot.org/uniprot/P16033
  5. 5. P16033の更新履歴を見てみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=*
  6. 6. version 74と80を比較してみよう。→ http://www.uniprot.org/uniprot/P16033?version=74&version=80

_ 【実習3】KazusaAnnotationの利用例

  1. 1. http://a.kazusa.or.jp/ を開いてみましょう (画像)
  2. 2. 酸素発生型光合成細菌のSynechocystisの光合成系IIの遺伝子psbAのアノテーションを検索しましょう。右上の検索窓に「Synechocystis psbA」と入れて「検索」を押します。
  3. 3. このように検索結果が表示されます→ http://a.kazusa.or.jp/annotation?q=Synechocystis+psbA
  4. 4. 検索結果のなかの遺伝子 slr1311 の赤い字でしめされた「1520 annotations」をクリックするとslr1311遺伝子につけたアノテーション(ブックマーク)が一覧されます。→ http://a.kazusa.or.jp/annotation/show?uri=http%3A%2F%2Fbacteria.kazusa.or.jp%2Fcyanobase%2FSynechocystis%2Fcgi-bin%2Forfinfo.cgi%3Ftitle%3DChr%26name%3Dslr1311%26iden%3D1
  5. 5. Pubmed ID: のなかから、9154987 をクリックすると、論文の情報が表示されます。そこからPubmedに行くこともできます。→ http://a.kazusa.or.jp/tags/show?name=pmid%3A9154987
  6. 6. 論文情報の下部分「アノテーション数:50」は、この論文PubMed? ID 9154987にGene Indexingが50個つけられてることを表している。 数字の「50」の部分をクリック。slr1311以外に、sll0851, slr0906, sll0849, slr1181など8個の遺伝子にも言及してることがわかる。
  7. 7.論文情報の下部分「Gene Indexing View」をクリックすると、MeSH Termが見られる。また、文献書式(Title, Abstract, Introduction...)のどこに、どの遺伝子が記述されているのかが参照できる。タイトルやアブストラクト、ディスカッションに出てる遺伝子は、この論文のメインテーマであると類推できる。→ http://a.kazusa.or.jp/tag/geneindex/pmid:9154987

_ 【応用編】論文と遺伝子の関係性を俯瞰する: Cytoscape でみる KazusaAnnotation/Gene Indexing

_ 【参考1】Biocuratorについて

  • 生物に関する様々な情報を整理、統合、付与しゲノム情報の価値を高めるスペシャリスト
  • 学会サイト →  http://www.biocurator.org/

_ 【参考2】集合知的なもののパワー

_ 【参考3】OpenID について

  • OpenIDを使うと、KazusaAnnotationにあなた自身がブックマークを登録することができます。
  • こちらをご覧ください。統合TV「統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する」http://togotv.dbcls.jp/20080507.html
  • openid.dbcls.jp
    DBCLS OpenID サービス は、DBCLS が提供する OpenID 認証サービスです。
    統合データベースプロジェクトをはじめとした OpenID に対応しているサイトについて、 
    ひとつのアカウントでアクセスすることができます。
    使いかたはヘルプを御覧下さい。統合TVによる使いかた紹介
    (統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する)も併せて御覧下さい。
  • ご自身のメイルを受け取ることのできる環境で、OpenIDを取得してください
  • 統合DBサービスの標準認証サービスです。Kazusa Annotation Suite以外に http://lifesciencedb.jp/ などで活用できます。

_ KazusaAnnotationhttp://a.kazusa.or.jp

  • ソーシャルブックマークによるゲノムアノテーション蓄積/改善/統合サイト。
  • 66,255 エントリ 220,993 アノテーション 15,988 タグ (2009年5月15日0時現在)

_ KazusaNavigationhttp://navi.kazusa.or.jp

  • コミュニティの形成や活性化をめざしたサイト
  • ソーシャルネットワークサービス (SNS)の Elgg ( http://elgg.org ) を改変して用いています

_ KazusaNavigationの利用例

  1. 1. http://navi.kazusa.or.jp を開き (画像)
  2. 2. 右上の検索窓の下にある「一覧」をクリック>プロジェクトとユーザの一覧が表示されます (画像)
  3. 3. あるいは http://www.google.co.jp で「KazusaNavigation 植物研究関連イヴェント」「KazusaNavigation 植物研究者人材募集」で 検索
  4. 4. 「植物研究関連イヴェント」を閲覧する (画像) (画像)
  5. 5. 「植物研究者人材募集」も同様に閲覧してみましょう。
  • &ref(): File not found: "rss.png" at page "AJACS10/so"; RSSをブラウザに登録しておけば、毎回見に来る必要はありません。新着が報告されます
  • OpenIDを取得すると、プロジェクト(コミュニティ)を作るなど、コンテンツを作成し共有することができます。

_ KazusaWikihttp://wiki.kazusa.or.jp

Wikipediaと同じ、Mediawikiというプログラムを利用した情報とりまとめ用サイト

_ KazusaWikiの利用例

  1. 1. http://wiki.kazusa.or.jp を開く (画像)
  2. 2. あるいは、http://www.google.co.jp で「KazusaWiki トマト」で検索し (画像)
  3. 3. トマト研究会 JSOL( http://wiki.kazusa.or.jp/JSOL )のコンテンツを開いてみる (画像)
  • OpenIDを取得すると、Wikiのコンテンツを作成し共有することができます。研究会の情報共有などにどうぞ。

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Link: AJACS10(3977d) KazusaAnnotation(4190d) KazusaWiki(4190d) KazusaNavigation(4190d)
Last-modified: 2009-05-15 (金) 13:45:54 (3981d)