MotDB


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_ 統合データベースを使い倒す - http://lifesciencedb.jp/

_ 教育・人材育成

_ 統合TV - http://togotv.dbcls.jp/

  • データベースやツールの使い方を動画で解説
    • キーワード検索、カテゴリ別の検索が可能
    • QuickTime?ムービー or Flashムービーで閲覧可能
    • 2009年4月現在、約160番組
    • Videocastで配信 → iTunesで自動受信できます
    • Youtubeニコニコ動画からも見れたりする
    • ツッコミを入れたり、メールを送ったりすると喜ばれる
  • 統合DBセンターの関係者が行った講演の様子も配信されています
  • 統合データベースの提供しているサービスで、右側に http://lifesciencedb.jp/image/small_video_icon.png マークのあるものは、統合TVによる解説動画があります
  • ちなみに http://lifesciencedb.jp/image/leaflet.png マークがあるものは、サービスのパンフレットを見ることができます
  • 【演習】: 4月22日に公開された「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる」を見てみましょう

_ MotDB (Master of the DataBases) - http://motdb.dbcls.jp/

_ 横断検索

  • 調べたいことを、いろいろなデータベースを串刺しにして一括検索!
    • まず入力ボックスに何も入力せずに「検索」ボタンを押してみましょう
  • 入力キーワードに関連する遺伝子、文献、特許などを一括で検索できる
  • 現在200個以上の別々に作られているデータベースをまとめて検索できます
    • 画面上部のデータベース一覧をクリックしてみましょう
  • 【演習】:画面上部にある検索ボックスに「高血圧」と入力してみましょう
    • 【ココに注目!】:横断検索にはサジェスト機能がついているので、入力した文字に関係するキーワードを表示してくれます
    • 今回は「高血圧」だけで検索してみましょう
  • 左上にデータベースと検索の結果ヒットした数、真ん中に検索でヒットしたエントリ、真ん中下に検索キーワードに関係するヒトの遺伝子、が表示されます
  • 【ココに注目!】:黄色でハイライトされた文字が検索したキーワードですが、「高血圧」だけでなく「hypertension」も黄色くハイライトされています
  • 左側のタブから項目別の検索結果を表示可能(文献・特許・個別データベースなど)
    • PDBj(RCSB PDBの日本版。収録データは全く同じ)では「高血圧(hypertension)」で検索すると何件ヒットするか?
      • タンパク → ドメイン・モチーフ・立体構造 → 複数生物種 → PDBj とたどります
      • まだ試用版なのでうまく動かないかもしれません。。。
    • 【ココに注目!】:左下に選択したデータベースの説明が出てきます
  • 特許検索
    • 特許関連文書 → 日本国特許 を選ぶと特許を見ることができます
      • 現在平成16年から平成20年までの特許を検索できます
    • 平成20年の特許は何件あるか?一番上に出てきた特許は誰が出したものか?
  • 文献検索
    • 文献 を選ぶと科学雑誌や新聞などの記事を見ることができます
      • 【ココに注目!】:共立出版より出版されている月刊紙「蛋白質核酸酵素」の過去記事を検索・閲覧できます
    • 発売から2年以上経過した(現在は1985年から2006年まで)レビュー記事の閲覧ができます(著作権の関係でダウンロード・印刷はできません)
      • 増刊号や連載記事などは検索の対象外
      • 最新の記事についても全文検索を可能にする予定 → 該当する号へリンク
    • 実際の記事を見てみましょう
  • 【ココに注目!】:検索ボックスの下に「タブ」があって、今まで表示した結果をあとから見返すことができます
  • 【演習】: 平成19年に「糖尿病」関係で取得された特許は何件あるか?蛋白質核酸酵素の記事にはどのようなものがあるか?

_ ポータル

_ データベースカタログ

  • 文字通り「データベースのデータベース」です。
    • 日本国内で作られたものが中心
    • DBの形式、対象、生物種で分類されている
    • 左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます
    • データベースを選択すると右側に詳細が表示されます
    • データベースに何日間もつながらない場合、「休止中」と表示されます
  • 【演習】: かずさDNA研究所は世界有数の植物関係のゲノム決定機関です。最近、「ミヤコグサ」というマメ科植物のゲノムが決定されました。ミヤコグサのゲノムDBを探してみましょう

_ 生命科学学会・協会検索

  • 国内の学協会を検索できます。年会の予定や、学会の規模、会費などを調べられる。
    • 左側のツリーからたどるか、左上の検索窓から検索できます
  • 【演習】: 日本生化学会の現在の会員数はどれくらいか?会費は?また、年会はいつ、どこで開催されるか?調べてみましょう

_ ゲノム・ポストゲノム主要プロジェクト一覧

  • 省庁毎のプロジェクト一覧。プロジェクトの目的や成果が調べられる。

_ 生物アイコン

  • どんな生物なのかが絵でわかる
  • 絵が自由に使える
    • 生物の写真や絵を発表などで使う場合、著作権関係が問題になったりする場合有り → 再配布可能な写真・絵の提供(クリエイティブコモンズライセンス)
  • 一般名から学名を調べたりもできる
    • 【演習】: ネコの学名を調べてみましょう

_ 検索

_ 文科省「ゲノム」研究報告書 全文検索

  • 文部科学省 科学研究費補助金(科研費)の特定領域研究「ゲノム」の研究報告書を検索・閲覧できる

_ 学会要旨統合検索

  • 遺伝学会、進化学会などの年会要旨を検索できる
    • 年会要旨は冊子なので、検索が難しい。しかも分厚い
    • 国内の研究動向を調べるのに便利。(どこの大学でどんな研究が行われているか)

_ 新聞記事検索

  • 毎日新聞に掲載された生命科学系の記事を検索できます
    • 来月でサービス終了の予定です

これらの文献検索については、横断検索からまとめて検索できます

_ OReFiL:an Online Resource Finder for Lifesciences

  • ライフサイエンス分野の文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索
  • 【演習】: PCRのprimerをアレコレするためのWWWサイトで、報告されているものにどのようなものがあるだろうか?OReFiLで調べてみましょう

_ Allie

  • 科学論文で出てくる略語の正式名称を調べることができる
    • 正式名称のほか、使われている数、一緒に出てきやすい略語、その略語が最初に使われた論文も表示される
      • もともとは違う言葉なのに同じ略語が使われている場合、どれが優勢か?いつ頃からその略語が使われているのか?なども調べることができる
    • 使用されている回数や、初めて使われた年などで表示順の並べ替えができる
  • 【演習】: 「PCR」の正式名称にはどのようなものがあるか?それらはいつ頃から使われていて、今までどれくらいの回数使われているか?Allieで調べてみましょう

_ データベース

_ DNAデータベース総覧と検索

  • DDBJ/EMBL/GenBank?(DNA塩基配列のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
  • 「生物種」と「研究の型」の二次元で分類
  • データを一括ダウンロード可能
  • 【演習】: 「植物」の「mRNA」を調べたプロジェクトの中で最もデータの登録件数が多いものは登録件数が何件か?

_ 遺伝子発現バンク(GEO)目次

  • GEO(Gene Expression Omnibus:mRNA発現情報のデータベース)に登録されている全レコードをプロジェクト単位で分類
  • 「生物種」、「研究の型」、「部位」の三次元で分類
  • データを一括ダウンロード可能

_ ツール&解析サービス

_ アナトモグラフィー/BodyParts3D

  • オンライン3D人体地図サービス
  • BodyParts3D: 人体の器官のかたちと名前の辞書
    • 器官のかたちや場所を視覚的に見ることができる
  • アナトモグラフィー: お絵かきツール
    • 数字のデータを人体にマッピングすることも可能
  • 【演習】:心臓を赤色で表示させてみましょう。
  • 【演習】:肝臓を赤色で表示させてみましょう。肝臓は体のどこら辺にあるでしょうか?

_ Wired Maker

  • ウェブページに引く「消えないマーカー」
  • Fire Foxのアドオンとして利用可能
    • 引いたマーカーはいつでも再検索可能

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Last-modified: 2009-05-15 (金) 08:49:50 (3981d)