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AJACS10/neta/pathway

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_ KEGG: Kyoto Encyclopedia Genes and Genomes

_ KEGG Atlasでパスウェイ全体を俯瞰してみよう

  • 「KEGG Atlas」→「Metabolism Map (Version 2)」をクリックします。
  • 「Organism」右側のボックスに生物種コード(下記参照)を入力して、生物種ごとにどのようなパスウェイが使われているか見てみよう
    • ヒト:hsa
    • マウス:mmu
    • イネ:osa
    • 酵母:sce
    • 大腸菌:eco
  • KEGG PATHWAYから細かいパスウェイを見ることができます。
    • 例えば「KEGG PATHWAY」→「Metabolism」→「Carbohydrate」→「Glycolysis / Gluconeogenesis」から、解糖系のパスウェイを見ることができます
    • 最初に表示されるパスウェイは「リファレンスパスウェイ」と呼ばれる、全生物のパスウェイを集めたものです。
    • 個別の生物種が使っているパスウェイを見るには「Referenece Pathway (KO)」のところから、見たい生物種を選びます
      • 四角い箱で書いてあるのが酵素で、色の着いた箱が選択した生物が持っている酵素です。ゲノムデータベース(KEGG GENES)の対応する遺伝子にリンクしています
      • ○で書いてあるのが化合物で、化合物データベース(KEGG COMPOUND)にリンクしています

_ いろいろあるKEGGデータベースを検索する

  • 「KEGG GENES」や「KEGG COMPOUND」はそれぞれ個別に検索できますが、トップページの上にある箱にキーワードやIDを入れると、全部のデータベースをいっぺんに検索できます
    • 例えばKEGGのトップページから「glucose」を検索してみましょう
    • IDからも検索できます。例えば「C00031」で検索してみましょう

_ 化合物のお絵描きツールを使ってみよう

  • 検索結果のIDの横に「KegDraw?」マークがあると、その化合物をお絵描きツールで編集できます
  • クリックすると何か聞いてきますが、とりあえず「信頼する」を押しときます
  • ChemDraw?(有料の化合物お絵描きソフトです)のように、化合物のお絵描きが簡単にできます
  • 「File」→「Save」で保存すると、化合物がmolファイルという形式で保存されます。
    • molファイルは他のChemDraw?のようなソフトや、KEGG以外の化合物データベースでも共通して使える形式です
  • 「File」→「Export」→「PNG Image」で保存すると画像形式で保存されます
    • レポートとかに使えます
  • 「Tools」→「Search Structure」から、化合物の「形」を入力として類似した形の化合物を検索できます
    • 名前がわからない化合物でも検索できます

_ Reactome

  • Reactomeの使い方:統合TV
  • ヒトのパスウェイデータベース

_ SkyPainter?を使って、遺伝子発現情報をパスウェイに載せてみよう

  • 「Tools」→「SkyPainter?」でSkyPainter?のページに行きます
  • 入力ボックスの上にある「identifiers with values」をクリックすると、サンプルデータが勝手に入力されます
    • 入力されるデータは、AffymetricsアレイのプローブID、プローブに対応する遺伝子の時間ごとの発現量です
  • 「Paint!」を押すと、遺伝子発現データがReactomeのパスウェイ上にマップされ、時間変化のアニメーションが表示されます

_ PathFinder?を使って、化合物の代謝経路を調べてみよう

  • 「glucose 6-phosphate」から「ribose 5-phosphate」に至る経路を調べてみます
    • この経路はペントースリン酸経路で代謝されることがよく知られています
  • 「Tools」→「PathFinder?」でPathFinder?のページに行きます
  • 「Start Compound」のボックスに「glucose 6-phosphate」を入力します
  • 「End Compound」のボックスに「ribose 5-phosphate」を入力します
  • 「Go」を押すと、検索対象化合物のリストが表示されます
  • 「Start Compound」で「[SimpleEntity?:30537] alpha-D-Glucose 6-phosphate [cytosol]」を
  • 「End Compound」で「[SimpleEntity?:73578] D-ribose 5-phosphate [cytosol]」を選択
  • 「Go」を押すと2つの化合物を結ぶ代謝経路が表示されます

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Last-modified: 2009-05-15 (金) 16:08:41 (3981d)