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AJACS10/neta/motif

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_ 機能を推定する方法

_ 遺伝子の機能を知るためには

機能が「本当の意味で」判明している遺伝子は驚くほど少ない。

_ 実験で知る・推し量る

  • 酵素活性をはかる
    • 遺伝子(DNA)→転写→RNA→翻訳→タンパク質
    • タンパク質をとり、どんな酵素活性をもつのか調べる
  • 逆遺伝学
    • 古典的遺伝学 形態や現象から遺伝子へ
    • 逆遺伝学 遺伝子から形態や現象へ=遺伝子を「潰す」
  • 転写産物の動態を観察する

_ 類推する方法は?

  • 配列の類似
    • 配列が似ていれば機能も似ている(多分)
    • 類似の類似の類似の類似は類似ではないかもしれない
      • 「相同 (homology) 人の手=猫の足=鳥の羽
      • 「相似」(similarity) コウモリと鳥の羽、パンダの親指
    • 部分一致している部分は機能と関わらないかもしれない
    • 機能とかかわらない領域の部分的な一致が非常に危険
  • 「嘘類似」の問題回避法
  1. 配列類似検索の対象は、信頼できるライブラリから順に使う
  2. 配列類似検索以外の機能予測方法を用いる
    機能に関わるタンパク質の部分配列
    • 機能に関わるタンパク質の部分配列(モチーフやドメイン)
    • Interpro: さまざまなタンパク質機能探索のための統合データベース
      http://www.ebi.ac.uk/interpro
  3. 注釈の「根拠 (evidence)」が明示できる方法で注釈する
    機能アノテーションの「根拠」を記載する方法が提唱されている
    • see: http://www.geneontology.org/ -> Documentation -> Evidence Code Guide
      • IDA (Inferred from Direct Assay)
      • TAS (traceable author statement)
      • IEA (Inferred from Electronic Annotation)
      • ISS (Inferred from Sequence or Structural similarity) etc.

_ モチーフ検索

_ 【実習】InterproScan

統合TV >http://togotv.dbcls.jp/20071115.html

モチーフ、プロファイル検索のまとめがけ、Gene Ontorogyにまで到達可能な優れたアミノ酸配列解析総合サイト

http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/

  • Enter or Paste a PROTEIN Sequence in any formatに以下の配列をコピペする (ctl-C then ctl-V)
>opsin Rh2(Drosophila melanogaster)
MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKIL
GLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYY
ETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFI
WMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYS
YWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYL
VICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTD
EPKPDAPASDTETTSEADSKA
>P18146|EGR1_HUMAN Early growth response protein 1 - Homo sapiens (Human).
MAAAKAEMQLMSPLQISDPFGSFPHSPTMDNYPKLEEMMLLSNGAPQFLGAAGAPEGSGS
NSSSSSSGGGGGGGGGSNSSSSSSTFNPQADTGEQPYEHLTAESFPDISLNNEKVLVETS
YPSQTTRLPPITYTGRFSLEPAPNSGNTLWPEPLFSLVSGLVSMTNPPASSSSAPSPAAS
SASASQSPPLSCAVPSNDSSPIYSAAPTFPTPNTDIFPEPQSQAFPGSAGTALQYPPPAY
PAAKGGFQVPMIPDYLFPQQQGDLGLGTPDQKPFQGLESRTQQPSLTPLSTIKAFATQSG
SQDLKALNTSYQSQLIKPSRMRKYPNRPSKTPPHERPYACPVESCDRRFSRSDELTRHIR
IHTGQKPFQCRICMRNFSRSDHLTTHIRTHTGEKPFACDICGRKFARSDERKRHTKIHLR
QKDKKADKSVVASSATSSLSSYPSPVATSYPSPVTTSYPSPATTSYPSPVPTSFSSPGSS
TYPSPVHSGFPSPSVATTYSSVPPAFPAQVSSFPSSAVTNSFSASTGLSDMTATFSPRTI
EIC
  • Submit Job をクリックしてジョブをスタート
  • グラフィクス表示とTable表示の両方でこの配列がもつモチーフ・プロファイルを確認
  • 【発展】: どのようなプログラムが使われているのか?それぞれの詳細について調査し理解しましょう

_ 膜貫通部位予測

_ SOSUI

_ TMHMM

  • 【課題】上記配列を使って2つの方法を比べてみよう

_ ExPASy

proteomics に関係したオリジナルツール&他サイトへのリンクが豊富

  • http://www.expasy.org/
    The ExPASy (Expert Protein Analysis System) proteomics server of the Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) is dedicated to the analysis of protein sequences and structures as well as 2-D PAGE
    • タンパク質の同定 (peptide mass fingerprint, pI, MW etc.): Aldente, TagIdent?, MultiIdent?, AACompIdent?
    • 翻訳後修飾や切断部位の推定: Findmod, FindPept?, GlycoMod?
      などなど、多数のツールを提供。

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Last-modified: 2009-05-15 (金) 15:57:27 (3981d)