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_ UCSC genome browser

_ UCSC Genome Browserをつかって遺伝子を検索する

  • UCSC Genome Browserのページの「Genomes」からヒトのABO(血液型を決める遺伝子)を検索してみましょう
    • ABO遺伝子は何番染色体にありますか?確認しましょう
    • エキソン・イントロン構造を確認しましょう
    • 類縁種での配列の保存について確認しましょう
    • 類縁種の表示を消してみましょう
      • 下の方にある「Comparative Genomics」を開いて、「Conservation」のところを「hide」にして「refresh」をクリック
      • 類縁種の表示が消えたことを確認しましょう
    • GC含量と制限酵素地図を表示させてみましょう
      • 「Mapping and Sequencing Tracks」にある、「GC Percent」と「Restr Enzymes」を「dense」にして「refresh」をクリック
      • GC含量と制限酵素地図が表示されたか確認しましょう
    • もっと詳細にGC含量と制限酵素地図を見てみましょう
      • 「GC Percent」を「full」に、「Restr Enzymes」を「pack」にして「Refresh」
      • 表示が変わったのを確認しましょう
    • ABO遺伝子の前後にどのような遺伝子があるのか確認しましょう
      • 画面上部にある「zoom out」の「10×」をクリックしてみましょう
      • ABO遺伝子の周りにはどのような遺伝子がありましたか?

_ BLATを使ってゲノムから似た配列を高速にみつける

  • 以下の「ppar gamma」のmRNA配列と類似の配列をBLATを使って検索してみましょう
    • humanゲノムの中から検索してみましょう
    • chimpゲノムの中から検索してみましょう
    • dogゲノムの中から検索してみましょう
>PPARG (Homo sapiens)
GGCGCCCGCGCCCGCCCCCGCGCCGGGCCCGGCTCGGCCCGACCCGGCTCCGCCGCGGGCAGGCGGGGCC
CAGCGCACTCGGAGCCCGAGCCCGAGCCGCAGCCGCCGCCTGGGGCGCTTGGGTCGGCCTCGAGGACACC
GGAGAGGGGCGCCACGCCGCCGTGGCCGCAGATTTGAAAGAAGCCAACACTAAACCACAAATATACAACA
AGGCCATTTTCTCAAACGAGAGTCAGCCTTTAACGAAATGACCATGGTTGACACAGAGATGCCATTCTGG
CCCACCAACTTTGGGATCAGCTCCGTGGATCTCTCCGTAATGGAAGACCACTCCCACTCCTTTGATATCA
AGCCCTTCACTACTGTTGACTTCTCCAGCATTTCTACTCCACATTACGAAGACATTCCATTCACAAGAAC
AGATCCAGTGGTTGCAGATTACAAGTATGACCTGAAACTTCAAGAGTACCAAAGTGCAATCAAAGTGGAG
CCTGCATCTCCACCTTATTATTCTGAGAAGACTCAGCTCTACAATAAGCCTCATGAAGAGCCTTCCAACT
CCCTCATGGCAATTGAATGTCGTGTCTGTGGAGATAAAGCTTCTGGATTTCACTATGGAGTTCATGCTTG
TGAAGGATGCAAGGGTTTCTTCCGGAGAACAATCAGATTGAAGCTTATCTATGACAGATGTGATCTTAAC
TGTCGGATCCACAAAAAAAGTAGAAATAAATGTCAGTACTGTCGGTTTCAGAAATGCCTTGCAGTGGGGA
TGTCTCATAATGCCATCAGGTTTGGGCGGATGCCACAGGCCGAGAAGGAGAAGCTGTTGGCGGAGATCTC
CAGTGATATCGACCAGCTGAATCCAGAGTCCGCTGACCTCCGGGCCCTGGCAAAACATTTGTATGACTCA
TACATAAAGTCCTTCCCGCTGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGATCTTGACAGGAAAGACAACAGACAAAT
CACCATTCGTTATCTATGACATGAATTCCTTAATGATGGGAGAAGATAAAATCAAGTTCAAACACATCAC
CCCCCTGCAGGAGCAGAGCAAAGAGGTGGCCATCCGCATCTTTCAGGGCTGCCAGTTTCGCTCCGTGGAG
GCTGTGCAGGAGATCACAGAGTATGCCAAAAGCATTCCTGGTTTTGTAAATCTTGACTTGAACGACCAAG
TAACTCTCCTCAAATATGGAGTCCACGAGATCATTTACACAATGCTGGCCTCCTTGATGAATAAAGATGG
GGTTCTCATATCCGAGGGCCAAGGCTTCATGACAAGGGAGTTTCTAAAGAGCCTGCGAAAGCCTTTTGGT
GACTTTATGGAGCCCAAGTTTGAGTTTGCTGTGAAGTTCAATGCACTGGAATTAGATGACAGCGACTTGG
CAATATTTATTGCTGTCATTATTCTCAGTGGAGACCGCCCAGGTTTGCTGAATGTGAAGCCCATTGAAGA
CATTCAAGACAACCTGCTACAAGCCCTGGAGCTCCAGCTGAAGCTGAACCACCCTGAGTCCTCACAGCTG
TTTGCCAAGCTGCTCCAGAAAATGACAGACCTCAGACAGATTGTCACGGAACACGTGCAGCTACTGCAGG
TGATCAAGAAGACGGAGACAGACATGAGTCTTCACCCGCTCCTGCAGGAGATCTACAAGGACTTGTACTA
GCAGAGAGTCCTGAGCCACTGCCAACATTTCCCTTCTTCCAGTTGCACTATTCTGAGGGAAAATCTGACA
CCTAAGAAATTTACTGTGAAAAAGCATTTTAAAAAGAAAAGGTTTTAGAATATGATCTATTTTATGCATA
TTGTTTATAAAGACACATTTACAATTTACTTTTAATATTAAAAATTACCATATTATGAAATTGCTGATAG
TA

_ Gene Sorterを使って特定の遺伝子群を取得する

  • 「pparg」で検索してみましょう
  • 初期状態では発現パターンが似ている遺伝子順に表示されています。これをpparg遺伝子と配列が似ている順に並べ替えてみましょう
    • 「sort by」のところを「Protein Homology - BLASTP」に変更します
  • どれくらい似ているのか表示させてみましょう
    • 「configure」のところから「%ID」をチェックして、「submit」ボタンを押します
    • %IDの列が追加されたのを確認しましょう
  • E-valueで遺伝子を絞り込みましょう
    • 「filter」の「E-value」「Maximum」のことろに「1e-100」と入力して「submit」ボタンを押します
    • E-valueが 1e-100 よりも小さい遺伝子だけが残ったことを確認しましょう
  • これら絞り込んだ遺伝子の配列を取得しましょう
    • 「output」の「sequence」からDNA塩基配列やmRNAの配列、タンパク質のアミノ酸配列を取得できます
    • 「配列の上流1000bp」といった取り方もできるので、プロモーター領域に共通の配列がないか調べることもできます

_ Ensembl

  • Ensemblの使い方:統合TV
  • Ensemblの使い方(配列比較):統合TV
  • Ensemblの使い方(配列取得):統合TV
  • Ensemblの使い方(塩基配列のアラインメント):統合TV
  • Ensemblの使い方(ライフサイエンス統合データベースセンターのデータをEnsmblに表示させる):統合TV
  • Ensemblの使い方(古いアノテーションデータを使う場合):統合TV

_ Ensemblで遺伝子を検索する

  • Ensemblからhumanのページを表示させます
    • 「ADH1」遺伝子(アルコールデヒドロゲナーゼ)を検索してみましょう
    • 検索結果の右側にある「contig view」をクリックします
      • 何番染色体にあるか確認しましょう
      • 前後にどのような遺伝子があるのか確認しましょう
    • 画面からESTの情報を消して、SNPの情報を表示させてみましょう
      • 「features」の「EST gene」のチェックを外して、「SNPs」にチェックを入れます
      • 一番下の「close menu」をクリックすると、自動的に画面が更新されます
      • 表示が変わったことを確認しましょう
    • 他の生物で配列が類似の遺伝子を表示させてみます
      • 「Comparative」の「cat」と「mouse」にチェックを入れて「close menu」をクリックしてみましょう
      • 猫とネズミでヒトのADH1と類似している部分がピンク色で表示されます
      • ドットプロットの表示:ピンク色の部分をクリックして「dotter」を選択してみましょう
      • ヒトとネズミのADH1周辺遺伝子の比較:ピンク色の部分をクリックして「MultiContigView?」を選択してみましょう
      • ネズミのADH1は何番染色体にありますか?周りにはどのような遺伝子がありますか?

_ DASによる情報の追加

  • NCBIが提供している「Refseq」のデータをEnsembl上に表示させてみましょう
  • 「DAS source」の「Refseq」にチェックを入れて「close menu」をクリック
  • Refseqの情報が表示されたのを確認しましょう

_ Biomartによる配列の取得

  • 画面の右上にある「Biomart」をクリックします
  • 「CHOOSE DATABASE」から「Ensembl 50」を、「CHOOSE DATASET」から「Homo sapiens genes (NCBI36)」を選択します
    • 右上にある「Count」を押して、登録されている遺伝子の数を確認しましょう
  • すべての遺伝子の中から必要な遺伝子のみを取り出します
    • 「Filters」をクリックします
    • 「GENE Ontology」をクリックします
    • 「molecular function」にチェックを入れ、ボックスに「GO:0003700」(転写因子のID)と入力します
    • 「Count」をクリックして、該当する遺伝子の数を確認しましょう
    • 「Results」をクリックして結果の一部を表示させてみましょう
    • 初期設定ではIDのみが表示されています。「Attribute」をクリックして、「Gene」にあるリストから表示項目を変更できます。適当にチェックを入れて「Results」をクリックし、表示が変わるかどうか確認しましょう
  • それぞれの遺伝子の上流域(制御領域)の配列を取得します
    • 「Attribute」をクリックして、「Features」になっているのを「Sequences」に変更します
    • 「Flank (Gene)」を選択します
    • 「upstream flank」をチェックして取得する配列長さ(例えば1000)を指定します
    • 「Results」をクリックすることで、10遺伝子の上流配列が得られます
    • 最終的に全配列を取得するには、「Go」をクリックします

_ データベース等のリンク

_ ゲノムブラウザ


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Link: AJACS10/neta(3980d)
Last-modified: 2009-05-15 (金) 16:07:03 (3981d)