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_ GEO

  • GEOの使い方:統合TV
  • DataSets?」に"colorectal cancer"と入力して検索してみましょう
    • 全部で何件ヒットしたか?
    • DataSets?は何件ヒットしたか?
    • Platformは何件ヒットしたか?
    • Seriesは何件ヒットしたか?
  • 「GDS1780」のエントリを見てみましょう
    • 実験対象の生物種はなんですか?
    • どのようなマイクロアレイが実験に使われていますか?「Platform」欄で確認しましょう
    • 実験に使われたサブセットはいくつありますか?
    • 実験に使われたサンプル数はいくつですか?
  • 「View Expression (GEO profile)」をクリックして、それぞれのプローブに対応するmRNAの発現状況を見てみましょう
  • エントリ画面に戻って、「analysis」からクラスタ解析を実行してみましょう
    • 距離の計算方法を変えると、クラスタはどのように変化するか?
    • クラスタの代表点の取り方を変えると、クラスタはどのように変化するか?
  • エントリ画面に戻って、グループ間で発現の差があった遺伝子を検索してみよう
    • Two-tailed t-test (A vs B):とにかく差がある遺伝子をさがす
    • One-tailed t-test:AかBどちらかで発現が上昇している遺伝子をさがす
    • Significance level:エラー率。0.01なら100個に1個の割合で間違いがある。
      • Two-tailed t-test (A vs B), Significance level: 0.1 でヒットする遺伝子はいくつあるか?
      • Two-tailed t-test (A vs B), Significance level: 0.05 でヒットする遺伝子はいくつあるか?

_ BioGPS (GNF Symatlas)

  • BioGPSの使い方:統合TV
  • ADH1A (アルコールデヒドロゲナーゼ)で検索してみましょう
    • どの細胞でADH1Aの発現が高かったか?
  • 骨格筋の分化決定因子MYOD (MYOgenic Defferentiation)で検索してみましょう
    • 「mouse」のどの細胞で発現が高かったか?
  • 右上にあるlayoutを変えて表示してみましょう

_ データベース等のリンク

_ 遺伝子発現情報データベース

_ 遺伝子発現情報解析ツール

_ パスウェイデータベース


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Last-modified: 2009-05-15 (金) 15:08:19 (3981d)