MotDB


AJACS10/neta/ClustalW

AJACS10/netaに戻る



AJACS10.016.jpg
AJACS10.017.jpg

_ マルチプルアラインメントを使い倒す!

_ 動画による説明(長浜バイオ大学、竹若君によるマルチプルアラインメント3部作)

  • 【課題】: 統合TVを見ながら、ペニシリン合成酵素の系統樹を作成しなさい(統合TV内で行われている解析をそのまま実行してみてください)

【補足】

  • 計算には時間がかかります。結果が表示されるまで気長に待ちましょう
  • 動画の左下にある「一時停止」ボタンを押して動画を止めながらやってみてください。
  • 動画中で選択している配列は
    1. P26046
    2. P25464
    3. P27742
    4. P27743
    5. P27744
    6. P21133
    7. P15802
  • 途中でE-mailを入力して配列をダウンロードしていますが、これはやらずに以下のようにしてください。
    1. 青と灰色の間のところにある「FASTA」を選択します
    2. 「View」をクリックして配列を表示させます
    3. 配列の部分だけ(「>」から始まって横線の上まで)を選択してコピー(contral + C)します
    4. 「スタートアップ」→「アクセサリ」にある「メモ帳」を開いて、コピーした配列をペースト(control + V)します。
    5. 7個配列があるので、iiiとivを7配列分繰り返します
  • 系統樹を表示するにはTreeViewというソフトをインストールする必要があります(Win32 (Windows 95 or Windows NT) (version 1.6.6))。インストールできない場合には、以下のサイトを使って系統樹を書いてください
    1. 作成した系統樹のデータファイル(.phで終わるファイル)を「メモ帳」で開いて、一番大きな入力ボックスにファイルの中身をコピー&ペーストします。または、入力ボックスの上にある「選択」から系統樹のデータファイルを選択します。
    2. 画面の上にある「Tree styles」で「phenogram」(左から3番目)を選びます
    3. 画面の真ん中にある「Output」の「Format」を「GIF image」にします
    4. 「Output」のちょっと上にある「submit」を押すことで系統樹を書くことができます

AJACS10/netaに戻る

 
添付ファイル: fileAJACS10.017.jpg 773件 [詳細] fileAJACS10.016.jpg 787件 [詳細]
 
Link: AJACS10/neta(3980d)
Last-modified: 2009-05-15 (金) 14:42:22 (3981d)