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AJACS蝦夷/講習内容/part4

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目次


_ 遺伝子機能予測とDB高度化

_ 遺伝子の機能をしるためには

機能が「本当の意味で」判明している遺伝子はおどろくほどすくない

_ 実験で知る・推し量る

  • 酵素活性をはかる
    • 遺伝子(DNA)→転写→RNA→翻訳→タンパク質
    • タンパク質をとり、どんな酵素活性をもつか調べる
  • 逆遺伝学
    • 古典的遺伝学 形態や現象から遺伝子へ
    • 逆遺伝学 遺伝子から形質や現象へ=遺伝子を「潰す」
  • 転写差物の動態を観察する

_ 類推する方法は?

  • 配列の類似
    • 配列が似ていれば機能も似ている(多分)
    • 類似の類似の類似の類似は類似でないかもしれない
      • 「相同」(homology)人の手=猫の手=鳥の羽
      • 「相似」(similarity)コウモリと鳥の羽、パンダの親指
    • 部分一致している部分は機能と関わらないかもしれない
    • 機能とかかわれない領域の部分的な一致が非常に危険
  • 配列類似検索の対象は、信頼できる配列セットから順に使う
  • 配列類似検索以外の機能予測方法を用いる
    機能に関わるタンパク質の部分配列
    • 機能に関わるタンパク質の部分配列(モチーフやドメイン)
    • Interpro: さまざまなタンパク質機能探索のための統合データベース
      http://www.ebi.ac.uk/interpro
  • 注釈の「根拠 (evidence)」が明示できる方法で注釈する
    機能アノテーションの「根拠」を記載する方法が提唱されている
    • see: http://www.geneontology.org/ -> Documentation -> Evidence Code Guide
      • IDA (Inferred from Direct Assay)
      • TAS (traceable author statement)
      • IEA (Inferred from Electronic Annotation)
      • ISS (Inferred from Sequence or Structural similarity) etc.

_ 【実習】Interpro・GO・KazusaAnnotation

_ Interproscan

モチーフ、プロファイル検索のまとめがけ、Gene Ontrogyにまで到達可能な優れたアミノ酸配列解析総合サイト

  1. googleの検索窓に「interproscan」と入れて、googleで探し出す ( http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ )
  • Enter or Paste a PROTEIN Sequence in any formatに以下の配列をコピペする (ctl-C then ctl-V)
    >opsin Rh2(Drosophila melanogaster)
    MERSHLPETPFDLAHSGPRFQAQSSGNGSVLDNVLPDMAHLVNPYWSRFAPMDPMMSKIL
    GLFTLAIMIISCCGNGVVVYIFGGTKSLRTPANLLVLNLAFSDFCMMASQSPVMIINFYY
    ETWVLGPLWCDIYAGCGSLFGCVSIWSMCMIAFDRYNVIVKGINGTPMTIKTSIMKILFI
    WMMAVFWTVMPLIGWSAYVPEGNLTACSIDYMTRMWNPRSYLITYSLFVYYTPLFLICYS
    YWFIIAAVAAHEKAMREQAKKMNVKSLRSSEDCDKSAEGKLAKVALTTISLWFMAWTPYL
    VICYFGLFKIDGLTPLTTIWGATFAKTSAVYNPIVYGISHPKYRIVLKEKCPMCVFGNTD
    EPKPDAPASDTETTSEADSKA
  1. Submit Job をクリックしてジョブをスタート
  2. グラフィクス表示とTable表示の両方でこの配列がもつモチーフ・プロファイルを確認
  • 【発展】どのようなプログラムが使われているのか?それぞれの詳細について調査し理解しましょう

_ GO: Gene Ontology

遺伝子機能注釈のための生物共通語彙を提供。evidence が明記されているのはすばらしい

  • http://www.geneontology.org
    1. transcription repressor activityで検索
    2. 数が多すぎるので、フィルターの「Data source」を「TAIR」に「Evidence code」を「IDA」にして[Set filters]
    3. CCA1, CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 をクリックして遺伝子の詳細を見る 【evidence codeに注意】
    4. フィルターの「Evidence code」を「All」にして[Set filters] 【それぞれのevidence codeに着目】
    5. circadian rhythm (GO:0007623) をクリックしてGOの詳細を見る
    6. Term Lineageのcircadian rhythmの数字の部分をクリックして、タームに関連する遺伝子のリストを表示する【ここでも、それぞれのevidence codeに着目】
    7. Evidence CodeをIDA (Inferrd from Direct Assay) に限定するfilterをかけてみる。speciesをA. thalianaに限定してみるなどの操作を行ってみる。IDA, TASなど、複数のEvidence codeを反転させたいときは、Macならcommand key+クリック, windowsの場合はCtrl+クリック。

_ KazusaAnnotation

統合DBプロジェクトにおける、オープンアノテーションへの挑戦。現在進行形

  • 遺伝子アノテーションの実施、共有、公開の場を提供
    • ウェブアノテーション/ソーシャルブックマーク/URLにアノテーションできるツール
    • ゲノムデータベースが遺伝子のURLを提供
    • アノテーション = 遺伝子(URL)、ユーザ、コメント、タグ、タイムスタンプ
    • タグでゆるやかにアノテーションを分類
    • 登録ユーザは自由にアノテーションを追加できる。
  • http://a.kazusa.or.jp/
    • キーワード検索(例:photosystem
    • 76 annotations というようなところをクリックして、アノテーション先のページのページを開く。
      • タグ pmid:15694347 をクリックして内容を確認する。
        pmid:15694347という論文からつけられたアノテーションが(この遺伝子を含む)リストが表示される。
      • タグ CyanoGenes:463 をクリックして内容を確認する。
        CyanoGenes?として登録されたレコードが表示される。
  • Gene Indexing
    • KazusaAnnotation を利用した持続的な遺伝子アノテーションの実証実験
    • 文献中に出現する遺伝子名の場所を記録
      • Title, Abstract, Results, Table 1, Figure 1, ...
      • ファクトデータ、廃れない、
      • 専門知識が少なくても追加作業ができる
      • 遺伝子側からのビュー 例:slr1311
      • 文献側からのビュー 例:PMID:12228353

_ CyanoGenes?

シアノバクテリアの遺伝子単位のコメント受付。オープンアノテーションの最初期の試み

_ 【実習】DB高度化

統合データベースセンターのサービスをつかってみましょう。 共有、公開、利用がコンセプト。

_ 生命科学データベース横断検索

_ OReFiL オンラインリソースファインダー

_ Alle 略語の正式名称を検索

_ 生物アイコン

_ アナトモグラフィー 解剖学整理棚

_ 統合ウェブサービス - togows.dbcls.jp

_ TogoDB 誰でもデータベース構築 - togodb.dbcls.jp


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Last-modified: 2008-08-29 (金) 13:43:31 (4240d)