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目次
_ 遺伝子機能予測とDB高度化
_ 遺伝子の機能をしるためには
機能が「本当の意味で」判明している遺伝子はおどろくほどすくない
_ 実験で知る・推し量る
- 酵素活性をはかる
- 遺伝子(DNA)→転写→RNA→翻訳→タンパク質
- タンパク質をとり、どんな酵素活性をもつか調べる
- 逆遺伝学
- 古典的遺伝学 形態や現象から遺伝子へ
- 逆遺伝学 遺伝子から形質や現象へ=遺伝子を「潰す」
- 転写差物の動態を観察する
_ 類推する方法は?
- 配列の類似
- 配列が似ていれば機能も似ている(多分)
- 類似の類似の類似の類似は類似でないかもしれない
- 「相同」(homology)人の手=猫の手=鳥の羽
- 「相似」(similarity)コウモリと鳥の羽、パンダの親指
- 部分一致している部分は機能と関わらないかもしれない
- 機能とかかわれない領域の部分的な一致が非常に危険
- 配列類似検索の対象は、信頼できる配列セットから順に使う
- 配列類似検索以外の機能予測方法を用いる
機能に関わるタンパク質の部分配列
- 注釈の「根拠 (evidence)」が明示できる方法で注釈する
機能アノテーションの「根拠」を記載する方法が提唱されている
- see: http://www.geneontology.org/ -> Documentation -> Evidence Code Guide
- IDA (Inferred from Direct Assay)
- TAS (traceable author statement)
- IEA (Inferred from Electronic Annotation)
- ISS (Inferred from Sequence or Structural similarity) etc.
_ Interproscan
モチーフ、プロファイル検索のまとめがけ、Gene Ontrogyにまで到達可能な優れたアミノ酸配列解析総合サイト
- googleの検索窓に「interproscan」と入れて、googleで探し出す ( http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ )
- Submit Job をクリックしてジョブをスタート
- グラフィクス表示とTable表示の両方でこの配列がもつモチーフ・プロファイルを確認
- 【発展】どのようなプログラムが使われているのか?それぞれの詳細について調査し理解しましょう
_ GO: Gene Ontology
遺伝子機能注釈のための生物共通語彙を提供。evidence が明記されているのはすばらしい
- http://www.geneontology.org
- transcription repressor activityで検索
- 数が多すぎるので、フィルターの「Data source」を「TAIR」に「Evidence code」を「IDA」にして[Set filters]
- CCA1, CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1 をクリックして遺伝子の詳細を見る 【evidence codeに注意】
- フィルターの「Evidence code」を「All」にして[Set filters] 【それぞれのevidence codeに着目】
- circadian rhythm (GO:0007623) をクリックしてGOの詳細を見る
- Term Lineageのcircadian rhythmの数字の部分をクリックして、タームに関連する遺伝子のリストを表示する【ここでも、それぞれのevidence codeに着目】
- Evidence CodeをIDA (Inferrd from Direct Assay) に限定するfilterをかけてみる。speciesをA. thalianaに限定してみるなどの操作を行ってみる。IDA, TASなど、複数のEvidence codeを反転させたいときは、Macならcommand key+クリック, windowsの場合はCtrl+クリック。
統合DBプロジェクトにおける、オープンアノテーションへの挑戦。現在進行形
- 遺伝子アノテーションの実施、共有、公開の場を提供
- ウェブアノテーション/ソーシャルブックマーク/URLにアノテーションできるツール
- ゲノムデータベースが遺伝子のURLを提供
- アノテーション = 遺伝子(URL)、ユーザ、コメント、タグ、タイムスタンプ
- タグでゆるやかにアノテーションを分類
- 登録ユーザは自由にアノテーションを追加できる。
_ CyanoGenes?
シアノバクテリアの遺伝子単位のコメント受付。オープンアノテーションの最初期の試み
_ 【実習】DB高度化
統合データベースセンターのサービスをつかってみましょう。
共有、公開、利用がコンセプト。
_ 生命科学データベース横断検索
_ OReFiL オンラインリソースファインダー
_ Alle 略語の正式名称を検索
_ 生物アイコン
_ アナトモグラフィー 解剖学整理棚
_ 統合ウェブサービス - togows.dbcls.jp
_ TogoDB 誰でもデータベース構築 - togodb.dbcls.jp
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